제품특징
NGS Pre-Processing, Mapping &
De Novo Assembly
Import any data type, demultiplex, trim, filter, assemble or map to reference.
Import a Wide Range of Formats
Geneious Prime는 Illumina, PacBio, Nanopore, Ion Torrent, 454를 포함한 거의 모든 시퀀싱 기계에서 나오는 FASTQ, FASTA, BAM, VCF, GFF 및 기타 형식의 데이터를 드래그를 통해 가져오기만 하면 됩니다.
Extensive Pre-Processing
정확한 downstream 분석을 위해서는 clean 데이터가 매우 중요합니다. 필요한 pre-processing tool에 쉽게 접근하여 데이터가 tip-top 형태인지 확인하세요.
- Demultiplex/split by barcode
- Trim and filter by read quality
- Trim adapters
- Merge paired reads
- De-duplicate
- Error correct and normalize
- Filter out chimeras
Reliable Reference Mapping
반복적인 접근법을 사용하는 Geneious Read Mapper는 다른 매핑 알고리즘에 비해 우수한 결과를 제공해주며 구조적 변형을 올바르게 align해줍니다.
조금 다른 것이 필요하다면 Bowtie, TopHat, BBMap을 쉽게 사용할 수 있습니다.
Flexible De Novo Assembly
Geneious Assembler는 모든 유형의 시퀀싱 장비에서 나오는 다양한 길이의 reads를 처리할 수 있습니다. 특히 circular contigs를 생산하는 독특한 능력을 가진 미생물의 assembly에 유용한 기능을 제공합니다.
또는 MIRA, SPAdes, Tadpole, Velvet을 실행하는 것이 쉽고, MAUVE genome alignment는 genome comparison 및 finishing을 위해 제공됩니다.