Find CRISPR Sites

CRISPR 사이트 찾기 기능을 통해, 유전체의 특정 영역이나 단일 유전자 서열 내에서 CRISPR 타겟 사이트를 찾아 점수를 부여할 수 있습니다. 여러 서열 또는 서열 그룹에 대해 CRISPR 사이트를 일괄적으로 탐색하고 점수를 부여할 수 있고, Cas9의 3' PAM과 Cpf1의 5' PAM 모두를 지원합니다.

가이드 서열 길이와 PAM 모티프는 사용자 정의가 가능하며, 최적의 CRISPR 사이트 쌍도 자동으로 식별됩니다.

Evaluate Candidates

Candidate site 평가 기능을 통해, 원하는 점수 산정 기준에 따라 heatmap 형식의 주석으로 CRISPR 타겟 사이트를 빠르게 시각적으로 평가할 수 있습니다. 후보 gRNA는 표 형식으로 정렬 및 필터링이 가능하며, 주문이나 추가 분석을 위해 손쉽게 내보낼 수 있습니다. 또한 Doench et al. 2016 등 최신 알고리즘을 활용해 온타겟 활성을 정량적으로 평가할 수 있습니다.

Specificity Scoring

Zhang et al. 2013의 점수 계산법을 기반으로, 가장 특이적인 guide RNA를 선택할 수 있습니다. 선택한 유전자 외 영역이나 추가된 시퀀스 데이터베이스 내에서도 오프타겟 결합 가능성을 확인할 수 있으며, 자체 보유한 특수 또는 독점 시퀀스를 활용해 맞춤형 오프타겟 데이터베이스를 구축하는 것도 가능합니다.

Analyze CRISPR Editing Results

CRISPR 편집 실험에서 얻은 NGS 리드를 손쉽게 정렬하고 클러스터링하며 시각화할 수 있도록 설계된 전용 알고리즘을 제공합니다. HDR, NHEJ, 베이스 에디터 등 다양한 방식으로 유도된 변이의 빈도와 그에 따른 단백질 수준의 영향을 분석할 수 있습니다.