제품특징
NGS Visualization & Downstream Analysis
Beautiful visualization of annotated genomes and assemblies, powerful variant calling and RNA-Seq expression analysis.
Effortless Visualization and Navigation
단 한번의 클릭만으로 데이터를 시각화하여 결과를 얻을 수 있습니다.
주석이 있는 genome, circular genomes, 매핑된 reads, contigs는 모두 사용자 지정이 가능한 sequence view에 표시됩니다.
표시할 추가 주석의 색 구성표, 그래프 및 트랙을 선택한 다음 동적 주석 검색 및 location jumping 기능을 통해 원하는 항목을 찾습니다.
Powerful SNP Variants Analysis
Geneious 알고리즘 또는 잘 알려진 FreeBayes를 사용하여 SNP/Variant를 찾습니다. 외부 파이프라인 또는 provider에서 제공되는 variant calls 정보가 있는 경우, VCF 파일을 드래그하여 끌어오면 됩니다.
테이블 뷰어를 사용하여 알려진 variant 또는 정렬 및 필터와 프로그램 비교를 통해 새로운 variant를 식별한 다음 동기화된 sequence view로 전환하여 genome context를 확인합니다.
Simple RNA-Seq Expression Analysis
매핑된 reads에서 발현 수준을 계산한 다음 샘플간에 pairwise comparison을 통해 차등 발현된 유전자를 식별합니다. 통계 프로그래밍 언어인 R에 대한 전문 지식이 없으면 표준 DESeq2 package를 사용하여 반복 샘플이 있는 두 조건간의 발현값을 비교합니다.
PCA plot 탭으로 전환하여 주성분 분석을 사용하여 데이터의 품질을 확인한 다음volcano plot으로 전환하여 관심 유전자를 찾습니다. volcano plot에서 유전자를 선택한 후 모든 유전자가 차등 발현을 기반으로한 heatmap을 가진 sequence view에서 곧바로 뛰어넘을 수 있습니다