Geneious Prime는 아래에 명시되지 않은 운영 체제에서도 실행될 수 있으나, 명시되지 않은 버전에서는 테스트되지 않았으며, 해당 시스템에서 발생하는 문제에 대해서는 기술 지원이 제공되지 않을 수 있습니다.

Windows

Geneious의 버전에 따라 지원되는 Windows 운영 체제는 다음과 같이 다릅니다:

• Geneious Prime 2025 이상:
  • Windows 10 (버전 1803 이상), Windows 11
• Geneious Prime 2024 이하:
  • Windows 7, 8, 8.1, 10, 11

참고 사항:

• Geneious Prime 2020 이상에서는 32비트 Windows를 지원하지 않습니다.
• 다음 플러그인은 Windows에서 지원되지 않습니다:
  • TopHat, Velvet Optimiser
• 다음 플러그인은 **Windows Subsystem for Linux (WSL)**에서 Ubuntu 22.04 설치 시에만 사용 가능합니다:
  • Spades, Flye, STAR (WSL 설정 관련 자세한 내용은 별도 문서를 참고하세요.)
• Windows Insider Program 버전과 Long-term Servicing Channel (LTSC) 버전은 지원되지 않습니다.

Linux

• Geneious R10 이상:
  • Ubuntu Desktop LTS 20.04, 22.04, 24.04*
• Geneious R9 이하:
  • Ubuntu Desktop LTS 16.04

참고 사항:

• Geneious R10 이상에서는 32비트 Linux를 지원하지 않습니다.
• Linux 설치에 필요한 추가 요구 사항은 어떤 Linux 설정이 지원되는가? 문서를 참고하세요.
• 주의: 기존의 FlexNet 라이선스는 Ubuntu 24.04 LTS 및 Red Hat Enterprise Linux 9과 같은 최신 Linux 버전에서 더 이상 활성화할 수 없습니다. 자세한 내용은 Linux에서 FlexNet 라이선스 지원 종료 안내 문서를 참고하세요.

macOS

Geneious 버전에 따라 지원되는 macOS 버전은 다음과 같습니다:

• Geneious Prime 2024–2025:
  • macOS 12.7 이상†
• Geneious Prime 2023:
  • macOS 10.14 이상
• Geneious Prime 2020–2022:
  • macOS 10.11 이상
• Geneious Prime 2019:
  • macOS 10.8 – 10.15*
• Geneious R10 및 R11:
  • macOS 10.8 – 10.14
• Geneious R9:
  • macOS 10.6 – 10.14 (10.6 사용자는 Java 6을 설치해야 함)
• Geneious 5.5–8.1:
  • macOS 10.6 – 10.11
  • Java 6 설치 필요:
    • macOS 10.6: 링크
    • macOS 10.7–10.11: 링크

* macOS Catalina(10.15)와 완전히 호환되는 버전은 Geneious Prime 2019.2.3뿐입니다. R9–R11 사용자는 Catalina 라이선스 패치를 통해 일부 기능을 사용할 수 있지만, 특정 작업에서 오류가 발생할 수 있습니다.

† 주의: Geneious의 PAUP 플러그인은 macOS 14 Sonoma 이상에서 Python 2.7 지원 중단으로 인해 작동하지 않습니다.

(2024년 업데이트)

실제로 필요한 사양은 사용 목적과 작업량에 따라 달라질 수 있습니다. 아래는 권장되는 최소 사양입니다.

• Operating System: See Supported Operating Systems
• Processor: x86 64-bit
• Memory: 2GB or more
• Hard-disk: 2GB or more of free space
• Video: 1024x768 resolution or higher

2024년 업데이트)

최신 버전의 Geneious Prime은 다운로드 페이지에서 간단히 받아 기존 Geneious Prime이 설치된 같은 위치에 설치하면 됩니다.

이전 버전에 저장된 데이터와 라이선스는 자동으로 새 버전에서 불러와집니다.

주의:

이전 버전에 대한 영구 라이선스(perpetual license)를 보유하고 있다면, 최신 버전으로의 업그레이드를 별도로 구매해야 할 수 있습니다

(2024년 업데이트)

최신 버전의 Geneious Prime 설치 프로그램은 아래 링크에서 다운로드할 수 있습니다:

https://www.geneious.com/download/

이전 버전의 Geneious가 필요한 경우, 해당 버전에 맞는 설치 프로그램을 아래 링크에서 받을 수 있습니다:

https://www.geneious.com/download-previous-versions/

(2024년 업데이트)

라이선스가 허용하는 범위를 초과한 최신 버전의 Geneious로 업그레이드한 경우, 이전 버전으로 다시 다운그레이드할 수 있습니다. 이를 위해서는:

1. 현재 설치된 Geneious 최신 버전을 삭제한 뒤
2. 이전에 사용하던 버전을 다시 설치하면 됩니다.

이전 버전의 설치 프로그램은 아래 링크에서 다운로드할 수 있습니다:

https://www.geneious.com/previous-versions

Geneious를 삭제하더라도 데이터는 보통 별도의 폴더에 저장

되어 있기 때문에 삭제되지 않습니다. 하지만, 보다 안전하게 진행하려면 Geneious 내의

"백업" 버튼 을 이용해 먼저 데이터베이스 백업을 생성하는 것이 좋습니다.

최신 버전의 Geneious를 처음 실행할 때, 데이터베이스를 어떻게 업그레이드할지 선택하라는 메시지가 표시됩니다.

• 기본 설정(default):

  Geneious는 기존 데이터베이스를 백업으로 남기고, 새로운 폴더에 업그레이드된 데이터베이스를 생성합니다.

  이 경우 이전 버전으로 되돌리면, 자동으로 기존 데이터베이스를 인식합니다.

• 자동으로 인식되지 않는 경우:

  메뉴에서 Tools → Preferences → General 탭 → Browse 버튼을 눌러, 이전 데이터베이스 위치를 수동으로 지정해 주세요.

최신 버전을 처음 실행할 때 기존 데이터베이스를 같은 위치에 업그레이드 했다면, 이전 버전으로 복원하기 위해서는 이전에 만든 백업 파일을 이용해 복구해야 합니다.

(2024년 10월 업데이트)

주의 사항

• 아래 절차를 수행해도 Geneious 데이터 폴더는 삭제되지 않습니다.

  • 특별히 지정하지 않은 경우, 해당 데이터 폴더는 사용자의 홈 디렉터리(Home directory) 내에 위치합니다.
  • 기본 폴더명은 예를 들어 Geneious X.Y data 형식이며, X.Y는 설치된 Geneious 버전을 나타냅니다.

• 또한, 프로그램을 제거해도 라이선스 활성화는 자동으로 해제되지 않습니다.

  가능하다면 Geneious를 제거하기 전에 반드시 라이선스 활성화를 해제하시기 바랍니다.

  라이선스 해제 방법은 아래 도움말 문서를 참고하세요:

  How-do-I-release-a-license-from-Geneious

(2023년 업데이트)

이전 컴퓨터에서 라이선스 해제(더 이상 사용하지 않을 경우)

1. 이전 PC에서 Geneious 실행 → Help → Release License 선택.
2. 라이선스 해제 횟수는 제한되어 있으므로 꼭 필요할 때만 수행하세요.
   • 과도한 해제는 라이선스 공유 시도로 간주될 수 있습니다.

새 컴퓨터에 Geneious Prime 새로 설치

• 권장 방법은 프로그램 자체를 복사‧이동하지 말고, 다운로드 페이지 또는 이전 버전 페이지에서 설치 파일을 받아 새로 설치하는 것입니다.
  • 이렇게 하면 라이선스 구성 요소가 새 컴퓨터에 올바르게 설정됩니다.
• 설치 후 최초 실행 시 라이선스를 다시 활성화해야 합니다.

데이터베이스(작업 데이터) 이동

Geneious의 데이터베이스는 프로그램과 별도로 저장됩니다. 일반적으로 사용자 홈 폴더 안의 Geneious X.Y Data(X.Y 는 버전) 폴더입니다.

A. 백업 기능 사용 (권장)

Geneious 내 Backup 기능으로 백업 → 새 컴퓨터에서 복원:

1. 전체 백업(Archive all local data and settings)
   • 데이터베이스 + 설정/환경설정 전체를 하나의 ZIP 아카이브로 저장.
   • 새 PC에서 File → Restore backup… 후 ZIP 파일을 선택(압축 해제 금지).
   • 복원된 DB는 별도의 데이터베이스로 열리며 기존 DB와 병합되지 않습니다.
   • 신규 설치 후 전체 이전할 때 가장 안전한 방법입니다.
2. 특정 폴더 백업(Export selected folder “Local”)
   • Local 또는 하위 폴더를 선택 후 Export.
   • 선택한 폴더와 파일을 하나의 .geneious 파일로 내보냄.
   • 새 PC에서 파일을 드래그하거나 File → Import → Files…로 불러오기.

B. 데이터 폴더 직접 복사(대안)

• Geneious X.Y Data 폴더 전체(숨김 하위 폴더 포함)를 새 컴퓨터로 복사 후

  Geneious에서 Tools → Preferences → General → Browse 로 데이터 경로 지정.

• 주의:

  • 하위 폴더가 하나라도 누락되면 데이터베이스가 손상됩니다.
  • Windows 탐색기는 256바이트 이상 경로를 잘라낼 수 있으므로 특히 주의하세요.

(2024년 업데이트)

최신 버전의 Geneious Prime은 Apple Silicon Mac(예: M1, M2, M3 등의 프로세서)에서 정상적으로 실행됩니다.

다만, 다음 사항을 유의해야 합니다:

• Geneious Prime은 Apple Silicon 아키텍처에 최적화되어 있지 않기 때문에,

  M 시리즈 칩의 성능 향상이 제한적으로 반영될 수 있습니다.

• Geneious Prime은 x86용 Java(프로그램에 포함되어 있음)를 사용하며,

  ARM64/aarch64 기반의 네이티브 Java에서는 실행되지 않습니다.

(2025년 2월 업데이트)

일부 Windows 사용자에게서 Geneious Prime을 2023년 이전 버전에서 업데이트할 때 문제가 발생하는 것으로 알려져 있습니다.

설치 도중 다음과 같은 메시지가 나타날 수 있습니다:

“Geneious Prime 제거 중 오류가 발생했습니다. 이전 버전을 제거한 후, Geneious.com에서 새 버전을 다운로드해 주세요. 자세한 안내: https://help.geneious.com/hc/en-us/articles/360044629092”

이 문제를 해결하려면 아래 절차를 따라 주세요:

1. 기존 Geneious Prime을 먼저 제거합니다.

   (제거 방법은 위 링크의 안내 참고)

2. Geneious 다운로드 페이지에서 원하는 버전을 다운로드합니다.

3. 다운로드한 설치 프로그램을 사용해 새 버전을 설치합니다.

만약 위 과정을 따라도 문제가 지속된다면, Geneious 고객지원팀 또는 ㈜아이브리딩에 문의해 주세요.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime 2021.1 버전부터 macOS Big Sur와 완벽하게 호환됩니다. 하지만 일부 사용자 환경에서는 아래와 같은 문제가 보고되었습니다.

탭 보기에서 대화창이 멈추는 현상

• 문제 원인: macOS Big Sur의 시스템 환경설정 > 일반 > "문서 열기 시 탭 선호" 설정 때문

• 해결 방법:

  • 해당 설정을 “안 함(Never)” 으로 변경하면 문제 해결 가능

  

Find CRISPR Sites 기능 오류

• 영향 받는 기능: Prime 2021에 도입된 Doench et al. 2016 알고리즘 (CRISPR Activity Score 계산)
• 문제 증상: Big Sur에서 알고리즘이 작동하지 않을 수 있음
• 해결 방법 (Intel Mac 사용자 대상):
  • 터미널에서 아래 명령어를 실행하여 pip를 업그레이드
  • python3 -m pip install --upgrade pip
  • sudo나 관리자 권한 없이 실행해야 함

구버전 사용 시 주의사항

• Geneious Prime 2021.0 이하:
  • 컴퓨터 재시작 후 Geneious가 강제 종료되며 재실행되지 않는 문제 발생 가능
  • Prime 2021.1 이상에서 해결됨
• Geneious Prime 2020.2.4 이하:
  • 시스템이 절전 모드로 전환되거나 장시간 대기 상태가 되면 안정성 문제 발생
  • Prime 2020.2.5 및 2021 이상에서 해결됨
• Geneious R9–R11:

  • 공식적으로 Big Sur에서 지원되지 않음

  • 라이선스 패치 적용 시 실행 가능할 수 있으나, 일부 사용자는 다음 오류 발생:

    "Geneious is damaged and can't be opened"

  • 이는 macOS Big Sur가 구버전 Geneious의 앱 서명을 인식하지 못해 발생하는 문제로, 해결 방법이 없습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime는 Ubuntu 18.04 LTS에서 실행이 가능합니다.

보다 구체적으로는 다음과 같습니다:

• Geneious R10, R11, 그리고 Geneious Prime 2019 버전 이상은 Ubuntu 18.04에서 실행할 수 있습니다.

  다만, 아래 조건을 충족해야 합니다:

  • R10 사용자는 R10.2.5 이상으로 업데이트해야 하고
  • R11 사용자는 R11.1.4 이상으로 업데이트해야 합니다.

이전 버전(R9 이하)을 사용 중이라면 Ubuntu 18.04에서는 문제가 생길 수 있어, Ubuntu 16.04 LTS를 유지하는 것이 권장됩니다.

설치 파일은 아래 링크에서 받을 수 있습니다.

https://www.geneious.com/previous-versions

(2024년 업데이트)

Geneious 또는 Geneious Prime을 macOS 10.15 Catalina 이상에서 사용할 경우, 보안이 강화되고 32비트 앱 지원이 종료되었기 때문에 구버전에서는 여러 문제가 발생할 수 있습니다.

Mac에서 구버전을 사용 중이라면, 운영체제를 업그레이드하기 전에 아래의 지침에 따라 Geneious를 최신 상태로 업데이트하거나 패치하는 것을 권장합니다. (macOS 10.12 Sierra 이상에서는 가능)

Geneious Prime 2019 사용자의 경우

• Geneious 내 메뉴에서 Help → Check for Updates를 클릭해 최신 패치(2019.2.3 이상)로 업데이트하세요.
• 또는 공식 웹사이트의 ‘Previous Versions’ 항목에서 2019.2.3 버전 설치 파일을 직접 다운로드할 수 있습니다.
• 이 버전에서는 Catalina에서 발생하던 주요 문제들이 해결되었습니다.
• 단, ClustalW 정렬 도구와 Garli 계통수 작성 도구는 Catalina 대응을 위해 제거되었습니다.

Geneious R11, R10, R9 사용자

• 이들 버전은 Catalina 이상에서 공식적으로 지원되지 않습니다.
• 다만, 라이선스 인증 문제만큼은 아래의 "Catalina Licensing Patch"를 설치하면 해결할 수 있습니다.
• 해당 패치는 라이선스 활성화만 가능하게 해줄 뿐, 다른 Catalina 관련 문제는 해결되지 않습니다.

※ Big Sur 11.4 이상에서는 Geneious 실행 시 "Geneious is damaged and can't be opened" 오류가 나타날 수 있으며,

이는 구버전 앱의 서명이 macOS에 의해 더 이상 인식되지 않기 때문입니다. 이 문제는 별도 해결 방법이 없습니다.

Geneious R8 이하 버전은 최신 macOS와 전혀 호환되지 않습니다.

Catalina에서 패치되지 않은 버전에서 발생하는 대표적인 문제들

1. 라이선스 관련 오류

   • "FNPLicensingService가 컴퓨터를 손상시킬 수 있다"는 경고가 표시될 수 있습니다.

     → 실제로는 컴퓨터에 손상을 주지 않으며, macOS의 서명 오류 인식 때문입니다.

   • "Your license has expired" 또는 "FLEXnet 설치에 문제가 있습니다" 등의 메시지도 함께 나타날 수 있습니다.

     → 2019.2.3 이상 버전 또는 R11~R9용 Catalina 라이선스 패치로 해결 가능합니다.

2. ClustalW 실행 실패

   • Catalina 이상에서는 CPU 구조 문제로 ClustalW 실행이 차단됩니다.
   • 해당 도구는 2019.2.3 이후 버전에서 삭제되었습니다.

3. DNA Fold / RNA Fold Viewer 멈춤 현상

   • "Computing fold - please wait"라는 메시지로 무한 로딩이 발생할 수 있습니다.
   • 2019.2.3 이상 버전에서 해결됨.

4. 외부에서 다운로드한 명령어 실행 도구 작동 안 함

   • Phobos, CAP3, PAUP* 등의 도구는 추가 설정 없이는 실행되지 않으며, Geneious 업데이트만으로는 해결되지 않습니다.

5. 문의/지원 버튼 이용 시 스크린 녹화 권한 요청

   • 스크린샷을 첨부하는 기능을 사용할 경우 macOS에서 "화면 녹화 권한"을 요구할 수 있습니다.
   • 전체 화면이 아닌 Geneious 창만 캡처하려면 권한을 허용할 필요는 없습니다.

6. 알림 표시 권한 요청

   • Geneious는 실제로 알림을 보내지 않지만, macOS가 알림 권한 요청을 표시할 수 있습니다.
   • 허용 여부는 Geneious 기능에 영향을 주지 않습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime를 설치하려면 관리자 권한이 필요합니다.

이는 Geneious 본체뿐만 아니라 함께 설치되는 FLEXnet 라이선스 소프트웨어 때문입니다.

다만 주의할 점이 있습니다:

• 설치 시 관리자 계정으로 설치만 하고, 실제 사용자는 비관리자 계정으로 로그인하는 경우,

  라이선스를 관리자 계정에서 활성화하지 마세요.

그 이유는, Personal 라이선스는 해당 컴퓨터의 한 사용자에게만 적용되기 때문입니다.

만약 관리자 계정에서 라이선스를 먼저 활성화하면,

이후 비관리자 계정에서는 Geneious를 사용할 수 없게 됩니다.

라이선스가 제대로 작동하는지 확인해야 한다면,

관리자 계정에서 활성화 후 반드시 Help 메뉴를 통해 라이선스를 해제(Release License)해야 합니다.

※ 참고로 라이선스 해제는 횟수 제한이 있으므로,

자주 해제했다 다시 사용하는 것은 지양하는 것이 좋습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에는 다양한 기능이 플러그인(plugin) 형태로 제공되며, 이 중 일부는 기본 설치에 포함되어 있지 않습니다.

예를 들어 Sequence Classifier, MAFFT aligner, GenBank 제출 도구, MrBayes 등의 계통수 작성 도구도 플러그인 형태로 제공됩니다.

다음은 플러그인 설치 방법입니다:

1. 일반 플러그인 설치

   Geneious 내에서 아래 경로를 통해 설치할 수 있습니다.

   • 메뉴 경로: Tools → Plugins
   • 여기서 원하는 플러그인을 찾아 바로 설치 가능합니다.

2. 실험용(Experimental) 플러그인 설치

   일부 플러그인은 공식 설치 메뉴에 없으며, Geneious 사용자 커뮤니티에서 개발한 비공식/실험용 플러그인입니다.

   • 예: Augustus, FLASH, SeqPartitioner 등
   • 이 경우 Geneious 공식 웹사이트의 Plugins 페이지에서 .gplugin 확장자로 된 파일을 직접 다운로드해야 합니다.
   • 설치 방법: 해당 .gplugin 파일을 Geneious 창에 드래그 앤 드롭하면 자동으로 설치됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 라이선스 활성화, 플러그인 다운로드, NCBI와 같은 외부 데이터베이스 검색 기능을 사용하려면 인터넷 연결이 필요합니다.

만약 방화벽이 차단 중이거나 프록시 서버를 사용하는 네트워크 환경이라면, 연결 설정을 수동으로 구성해주셔야 합니다.

브라우저에서 프록시 설정 확인하는 방법:

• Chrome: 설정 → 고급 → 시스템 → 컴퓨터의 프록시 설정 열기
• Safari: 환경설정 → 고급 → 프록시 (설정 변경...)
• Firefox: 환경설정 → 네트워크 설정
• Edge: 설정 → 시스템 → 컴퓨터의 프록시 설정 열기

위 브라우저 설정에서 프록시 서버 주소나 자동 구성 스크립트(URL)가 지정되어 있다면,

이 값을 Geneious 내에도 동일하게 입력해야 합니다.

방법:

Geneious 상단 메뉴에서 Tools → Preferences를 클릭하거나,

상단의 Preferences 버튼을 눌러 환경설정을 열고,

General 탭 → Proxy 설정 항목에서 해당 값을 입력하세요.

만약 브라우저에 별도의 프록시 정보가 없다면, 정확한 네트워크 설정을 위해 회사 IT팀에 문의

하시는 것이 좋습니다.

(2025년 2월 업데이트)

Geneious Prime에서 외부 서비스로 데이터를 전송할 수 있는 기능들을 비활성화하고 싶다면, IT 관리자는 각 사용자 PC에 설치된 geneious.properties 파일을 수정하여 설정할 수 있습니다.

이 설정은 조직 내 사용자가 Geneious를 통해 인터넷으로 데이터를 전송하는 것을 방지하는 데 유용합니다.

파일 위치 및 편집 방법

• 해당 파일 경로는 Geneious가 설치된 디렉터리 내에 있습니다.

• geneious.properties 파일을 관리자 권한으로 열어야 하며,

  설정을 적용하려면 #을 제거하거나 새 항목을 추가하면 됩니다.

• 중요한 점은 사용자가 이 파일을 수정할 수 없도록 권한을 제한해야 한다는 것입니다.

비활성화할 수 있는 주요 기능

[공공 서비스 차단 (예: NCBI 등)]

• enable-ncbi-webservices=false

  → NCBI의 모든 웹서비스(BLAST 포함) 차단. 단, 로컬 Custom BLAST는 영향 없음.

• enable-ncbi-databases=false

  → NCBI 데이터베이스 검색 차단 (BLAST는 허용).

• enable-ncbi-blast=false

  → NCBI로의 BLAST 실행 차단 (DB 검색은 허용).

• enable-plugin-installation=false

  → 사용자의 플러그인 설치 차단 (일부 플러그인은 외부 서비스와 연결됨).

• enable-install-custom-code-workflows=false

  → 사용자 정의 코드 워크플로우 설치 차단.

• override-property-com.biomatters.iseek.plugin.com.biomatters.plugins.uniprot.UniProtPlugin=false

  → UniProt 검색 기능 차단.

• override-property-com.biomatters.plugins.socialnetworking.sharingEnabled=false

  → 이메일이나 트위터로 스크린샷 공유 비활성화 (버전 11.1 이상).

[Biomatters 사에서 제공하는 온라인 기능 차단]

• override-property-com.biomatters.plugins.usageTracking.usageTrackingEnabled=false

  → 익명 사용 통계 수집 기능 비활성화.

• override-property-com.biomatters.iseek.standard.preferences.generalPrefs.checkForNewVersions2=false

  → 자동 업데이트 확인 기능 비활성화. (사용자 이메일, OS, 버전 정보 전송 차단)

• override-property-com.biomatters.iseek.plugin.com.biomatters.plugins.feedback.SendFeedbackPlugin=false

  → “지원 문의(Contact Support)” 기능 비활성화 (첨부 파일 전송 방지).

• override-property-com.biomatters.geneious.common.talkback.geneious.talkbackEnabled=false

  → 오류 발생 시 개발사에 보고하는 기능 비활성화 (버전 11.1 이상).

[특정 플러그인 사용 차단]

• disable-plugins=com.biomatters.plugins.cloud.CloudPlugin

  → Geneious Cloud Database 기능 비활성화.

• disable-plugins=com.biomatters.plugins.luma.LumaPlugin

  → Luma 플러그인 비활성화.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime을 실행할 때마다

"accept incoming network connections"라는 메시지가 반복해서 뜨는 경우,

이는 Mac의 방화벽 기능이 활성화되어 있기 때문입니다.

가능하다면, 시스템 환경설정 > 보안 및 개인정보 보호 > 방화벽 메뉴에서

방화벽을 꺼주는 것이 가장 확실한 방법입니다.

만약 방화벽을 끌 수 없는 환경이라면,

Geneious를 실행할 때마다 ‘허용(Allow)’ 버튼을 눌러야 하며

자동으로 이 알림을 없애는 설정은 현재로서는 어렵습니다.

이 문제가 생기는 배경은 2014년부터 Apple이 애플리케이션의 디지털 서명 보안 요건을 강화하면서, Geneious에서 메모리 설정 등을 사용자 임의로 변경할 수 없게 되었고,

이로 인해 방화벽이 매번 연결을 확인하게 되었기 때문입니다.

지속적으로 불편하다면, IT 관리자나 네트워크 보안 정책 담당자와 방화벽 예외 설정을 협의해 보시는 것도 방법입니다.

(2024년 업데이트)

Mac에서 Migration Assistant(마이그레이션 도우미)를 사용해 Geneious Prime을 새 컴퓨터로 옮기는 경우, FLEXnet 라이선스 시스템이 손상될 수 있습니다.

이 문제를 방지하려면 아래 절차를 따라주세요.

이전 Mac에서 먼저 라이선스를 해제하세요.

• Geneious 실행 후 메뉴에서 Help → Release License 선택
• 라이선스를 해제하지 않고 옮기면 "Invalid license" 또는 "Failed to launch Flexnet" 오류가 발생할 수 있습니다.

새 Mac에서 Geneious 실행 후 라이선스를 다시 입력

• 하지만, 이미 오류가 발생했다면 아래 조치가 필요합니다.

문제 해결 방법 (오류 발생 시)

다음 폴더와 파일들을 직접 삭제하여 Geneious 및 Flexnet 관련 설치 흔적을 완전히 제거해야 합니다:

• /Applications/Geneious.app
• /Library/Application_Support/Geneious
• /Library/Preferences/Flexnet Publisher
• /Library/Application_Support/Flexnet Publisher

삭제 후, 아래 링크에서 최신 설치 파일을 다운로드하여 재설치하면 됩니다.

Geneious 다운로드 페이지

(2024년 업데이트)

“the Geneious application bundle is damaged” 라는 메시지가 나타나는 경우 대부분 Mac OS X 10.8 Mountain Lion에서 Geneious를 실행할 때 발생합니다.

이는 Geneious 5.6.4 이하 버전이 디지털 서명이 되어 있지 않기 때문입니다.

Mountain Lion에서는 기본적으로 Mac App Store 또는 인증된 개발자의 앱만 실행 허용하도록 보안 설정이 되어 있어서 이러한 경고가 발생합니다.

해결 방법

1. 시스템 환경설정에서 보안 및 개인정보 보호(Security & Privacy) 항목으로 이동합니다.

2. Preferences→Security & Privacy→General

   'Allow applications downloaded from:' 항목을 “Anywhere” 으로 변경합니다.

   (해당 옵션이 보이지 않을 경우, 좌측 하단의 자물쇠 아이콘을 클릭해 잠금을 해제해야 변경 가능합니다.)

3. 이후 Geneious를 다시 설치하면 정상적으로 진행됩니다.

참고로 Geneious 5.6.5 이상 버전부터는 디지털 서명이 포함

되어 있어, 기본 보안 설정에서도 Mountain Lion에서 문제없이 설치가 가능합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime의 Windows용 MSI 설치 파일도 제공됩니다.

해당 MSI 설치 프로그램은 Geneious 글로벌 공식 웹사이트에서 다운로드하실 수 있습니다:

https://www.geneious.com/download-previous-versions

필요한 버전이 명확하다면 "Previous Versions" 페이지에서도 MSI 파일을 찾을 수 있습니다.

설치 자동화나 IT 배포용으로 MSI 파일이 필요한 경우 유용하게 사용할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious를 업그레이드한 후 “java.lang.OutOfMemoryError” 오류가 발생하는 경우,

이는 업그레이드 과정에서 메모리 설정이 기본값으로 초기화되어,

대용량 파일을 처리하기에 메모리가 부족해서 생기는 문제입니다.

이 문제를 해결하려면 Geneious의 메모리 할당량(Xmx 설정)을 수동으로 늘려야 합니다.

Mac에서 설정 변경 방법

1. Geneious.app 아이콘을 우클릭 → "패키지 내용 보기(Show Package Contents)" 선택
2. Contents 폴더 안의 Info.plist 파일을 엽니다
3. 아래 두 항목 중 해당 시스템에 맞는 항목을 수정합니다:

• 32비트 Mac:

  VMOptions.i386=-Xmx1000M

  → 숫자(1000)를 원하는 MB 용량으로 변경

• 64비트 Mac:

  VMOptions.x86_64=-Xmx1000M

  → 예: -Xmx4000M으로 바꾸면 약 4GB 메모리 할당

※ -Xmx 항목이 두 군데 있으니, 사용하는 시스템에 맞는 쪽만 수정해야 합니다.

Windows에서 설정 변경 방법

1. Geneious가 설치된 폴더로 이동

2. 다음 파일 중 하나 또는 둘 다 열어야 합니다:

   • Geneious.default.64bit.vmoptions
   • Geneious.current.vmoptions

3. 파일 내에서 Xmx로 시작하는 줄을 찾아 메모리 용량(MB)을 적절히 늘려줍니다.

   예: -Xmx2000M → -Xmx6000M (6GB 할당)

(2024년 업데이트)

Geneious Prime의 사용자 매뉴얼은 다음 경로를 통해 확인할 수 있습니다.

1. 온라인 매뉴얼

   최신 버전의 매뉴얼은 웹에서 직접 열람할 수 있습니다:

   https://geneious.co.kr/resource/manual/

   https://manual.geneious.com/en/latest/

2. Geneious 프로그램 내에서 다운로드

   Geneious를 실행한 후 상단 메뉴에서

   Help → User Manual을 선택하면,

   현재 설치된 버전에 맞는 매뉴얼 PDF를 확인하거나 저장할 수 있습니다.

3. 플러그인 전용 매뉴얼

   Microsatellite plugin과 Sequence Classifier plugin에 대한 매뉴얼도 별도로 제공됩니다.

   해당 플러그인을 사용하는 경우, 플러그인 설치 시 또는 공식 웹사이트에서 관련 문서를 확인하실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

논문에 Geneious 또는 Geneious Prime을 인용하려면, 사용하는 버전에 따라 아래와 같이 작성하시면 됩니다.

• Geneious R11 이하 버전 인용 시

  Methods(방법) 섹션에 다음과 같이 작성하세요:

  "Geneious x.x.x (https://www.geneious.com)"

  (x.x.x 에는 현재 사용하고 계신 버전을 기입하시면 됩니다.)

  예:"Geneious 8.1.9 (https://www.geneious.com)"

• Geneious Prime 인용 시

  Methods 섹션에 다음과 같이 작성합니다:

  "Geneious Prime 20XX.x.x (https://www.geneious.com)"

  (20XX.x.x 에는 년도와 현재 사용하고 계신 버전을 기입하시면 됩니다.)

  예:"Geneious Prime 2023.1.1 (https://www.geneious.com)"

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에 대한 다양한 튜토리얼은 아래 링크에서 확인하실 수 있습니다:

Geneious Prime Tutorials 페이지

이 튜토리얼들은 실제 예제를 기반으로 구성되어 있어,

Geneious의 주요 기능들을 단계별로 익히기에 매우 유용합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime 및 이전 모든 Geneious 버전의 릴리즈 노트(release notes)는 공식 웹사이트에서 확인할 수 있습니다. 아래 링크를 참고하세요.

Geneious 릴리스 노트 보기

(2024년 업데이트)

Geneious Prime는 연구 용도로 제공되는 소프트웨어이며, 의료·임상 환경에서 요구되는 정식 밸리데이션에 맞춰 인증된 제품은 아닙니다. 따라서 해당 규정 준수 여부와 밸리데이션 책임은 최종 사용자가 직접 부담하셔야 합니다.

다만 Geneious 팀은 보안 관점에서 국제표준 ISO 27001:2022(정보보안경영시스템) 인증을 획득해 운영·개발 절차와 클라우드 호스팅 환경의 보안성을 검증받았습니다.

정확도 측면에서도 Geneious 내부 테스트를 거쳐 품질을 유지하려 노력하고 있으나, 모든 데이터·파라미터 조합에서 100 % 정확성을 보장할 수는 없습니다. 결과에 대해 높은 신뢰도가 필요한 연구·업무라면 실제 사용 조건과 동일한 도구·데이터·파라미터로 자체 검증 절차를 진행하실 것을 권장드립니다.

데이터 무결성 관련 기능으로는

• Geneious Cloud의 권한 기반 데이터 보관, 파일 Info → History 탭을 통한 변경 이력 기록

• 문서 계보(부모·자식) 추적

• 관리자용 설정 고정 기능(Advanced Administration)

등이 제공됩니다.

단, 이러한 기능이 21 CFR Part 11에 요구되는 모든 감사 추적(audit trail)·전자 서명 전부를 완벽히 대체하지는 않으므로, 규제 환경에서 사용하실 경우 별도의 시스템·절차적 통제가 필요합니다.

Geneious 측에서는 공식 밸리데이션 문서를 제공하지 않으므로, 실제 버전과 사용 조건에 맞춰 자체 밸리데이션 보고서를 작성해 두시는 것이 좋습니다. 문제가 발견될 경우 Geneious 지원팀에 신고해 주시면 개선에 참고하겠다는 방침도 덧붙여 드립니다.

(2024년 업데이트)

Geneious의 최종 사용자 사용권 계약서(EULA, End User License Agreement)는 아래 링크에서 확인하실 수 있습니다:

Geneious License Agreement

(2020년 업데이트)

Geneious의 VPAT(Voluntary Product Accessibility Template)는

미국 장애인법(Section 508 of the Rehabilitation Act)에 따른 접근성 준수 여부를 문서화한 자료입니다.

이 문서는 주로 미 연방 정부나 공공기관에서 구매 여부를 평가할 때 사용되며,

전자정보기술 제품이 장애인 접근성을 얼마나 지원하는지를 사전에 판단하는 데 도움을 줍니다.

Geneious의 VPAT는 아래 링크에서 확인하실 수 있습니다:

https://www.geneious.com/vpat

(2024년 업데이트)

Geneious Prime는 미국 장애인 접근성 법령인 Rehabilitation Act Section 508을 명시적으로 위반하지 않도록 설계되었으며,

소프트웨어 기능은 해당 규정과 충돌하지 않도록 유지되고 있습니다.

다만, Geneious는 현재 Section 508 전 항목에 대해 완전한 준수(Full Compliance)를 보장하는 상태는 아니며, 앞으로의 개발 과정에서 완전한 접근성 준수를 목표로 개선을 지속하겠다는 입장을 밝히고 있습니다.

관련 내용을 포함한 전체 라이선스 계약서(EULA)는 아래에서 확인할 수 있습니다:

Geneious License Agreement

(2025년 1월 업데이트)

Geneious Prime에서 verify/._verify.dat 파일이 감지되었다는 오류 메시지가 나타난 경우, 이는 데이터베이스 폴더 내에 예상치 못한 파일이 존재함을 의미합니다. 이 오류는 주로 다음 두 가지 원인으로 발생합니다.

• Dropbox, OneDrive 같은 동기화 서비스 사용 시

  • 이들 서비스는 파일을 백업·동기화하는 과정에서 숨겨진 임시 파일이나 복사본(.DS_Store, ._파일 등)을 생성할 수 있습니다. Geneious는 이러한 파일을 데이터 손상 위험 요소로 간주하며 오류를 발생시킵니다.

  • 해결 방법: Geneious 데이터베이스는 Dropbox, OneDrive 등 클라우드 동기화 폴더에 보관하지 마세요.

    로컬 디스크 또는 Geneious Cloud 같은 전용 공간을 사용하는 것이 좋습니다.

• Mac에서 exFAT 포맷 외장하드 사용 시

  • exFAT는 macOS의 확장 속성(extended attributes)을 지원하지 않기 때문에,

    macOS는 별도로 “ ._ ” 파일 을 생성하여 메타데이터를 저장합니다.

  • Geneious는 이 파일들을 예외 상황으로 인식해 오류를 표시할 수 있습니다.

  • 해결 방법: 외장하드를 APFS 포맷(macOS 전용 파일 시스템)으로 다시 포맷하면 이러한 문제가 해결됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime의 데이터베이스는 프로그램이 설치된 위치와는 별도로 저장됩니다.

기본적으로 사용자의 홈 디렉터리에 저장되며, 폴더 이름은 사용하는 Geneious 버전에 따라 다릅니다.

예를 들어 Geneious Prime 2024를 사용하는 경우, 폴더 이름은 Geneious 2024 Data입니다. 2023 버전은 Geneious 2023 Data가 되며,

Mac이나 Windows에서는 /Users/사용자명/Geneious 2024 Data 또는 C:\Users\사용자명\Geneious 2024 Data와 같이 보이고,

Linux에서는 .geneious2024data처럼 숨김 폴더 형태로 저장됩니다.

(2025년 6월 업데이트)

Geneious Prime에서 데이터베이스 저장 위치를 변경하거나 기존 데이터베이스 폴더를 불러오려면 아래 방법을 따라 주세요.

상단 메뉴에서 Tools → Preferences → General로 들어갑니다.

그 안에 있는 Data Storage Location 항목에서 변경할 수 있습니다.

새로운 위치로 옮기려면 직접 경로를 입력하거나 Browse 버튼을 눌러 폴더를 선택한 후,

"move my documents to the new location"을 선택하면 기존 데이터가 새 위치로 이동됩니다.

이미 존재하는 다른 데이터베이스 폴더를 불러오고 싶은 경우에도 마찬가지로 Browse 버튼을 눌러 해당 폴더를 지정하면 됩니다.

선택한 폴더가 유효한 Geneious 데이터베이스 폴더라면 자동으로 불러와집니다.

(2025년 6월 업데이트)

Geneious Prime의 로컬 데이터베이스는 주기적으로 백업해두는 것이 중요합니다.

특히 Geneious가 데이터베이스에 접근 중인 상태에서 백업하면 손상될 위험이 있으므로, 아래 방법을 따라 안전하게 백업하세요.

가장 안전한 방법은 Geneious 내의 메뉴에서 File → Back Up Data를 이용하는 것입니다.

이 기능을 사용하면 Geneious가 자동으로 작업을 중단하고, 전체 데이터베이스(설정 포함)를 zip 파일로 압축하여 백업해 줍니다.

단, 이 방식은 Cloud 데이터베이스나 Shared 데이터베이스에 있는 파일은 포함하지 않습니다.

이런 파일들을 함께 백업하고 싶다면, 먼저 해당 파일들을 로컬 폴더로 옮긴 뒤 백업하세요.

백업을 저장할 드라이브에는 충분한 여유 공간이 필요합니다.

백업 파일의 용량은 현재 데이터베이스 폴더 크기와 거의 같습니다.

백업한 파일을 복원하려면 Geneious를 열고 File → Restore Backup으로 들어가 zip 파일을 선택하면 됩니다.

단, 이 경우 새로운 별도의 데이터베이스로 복원되며 기존 데이터와 자동으로 합쳐지지는 않습니다. 기존 데이터베이스에 병합하고 싶다면 “백업을 기존 데이터와 병합하고 싶어요” 항목을 참고하면 됩니다.

또한 Time Machine 같은 일반 시스템 백업 도구를 사용해도 가능하긴 하지만,

Geneious가 실행 중일 때 백업된 파일은 일부 누락될 수 있으므로, Geneious가 꺼진 시간대의 백업을 사용하는 것이 좋습니다.

이런 백업에서 복원하려면 해당 데이터베이스 폴더를 백업 드라이브에서 사용자 폴더로 옮긴 후,

Geneious에서 Tools → Preferences 진입 후 새 위치를 지정하면 됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious 백업 도구를 사용해 .backup.zip 형식으로 데이터베이스 백업을 생성한 경우, 이를 복원하려면 Geneious를 열고 File → Restore Backup으로 이동하세요.

.backup.zip 파일은 자체적으로 완전한 데이터베이스이며, 기존 Geneious 데이터베이스에 병합하여 복원할 수는 없습니다. 백업을 복원할 폴더를 선택하라는 메시지가 표시되면, 반드시 비어 있거나 존재하지 않는 새로운 폴더를 선택하거나 새 폴더명을 입력해야 합니다. Geneious가 해당 폴더를 생성하여 그곳에 백업 데이터를 복원합니다.

백업이 추출된 후에는 Load Restored Data 버튼을 클릭하면 백업된 데이터를 Geneious에 불러올 수 있습니다.

주의할 점은, 이 방식으로 백업을 복원하면 기존 Geneious에 있던 데이터는 대체되지만, 기존 데이터 자체가 삭제되는 것은 아닙니다. 기존 데이터와 복원된 데이터를 병합하는 방법에 대해서는 “백업을 기존 데이터와 병합하고 싶어요” 문서를 참조하세요.

만약 .geneious 형식의 개별 파일만 가지고 있다면, 이 파일들을 Geneious 창에 드래그 앤 드롭해서 기존 데이터베이스에 불러올 수 있습니다.

Time Machine이나 타사의 시스템 백업 도구로 데이터베이스를 백업한 경우에는 먼저 백업된 데이터베이스 폴더를 백업 드라이브에서 사용자 디렉터리로 옮기고, Geneious에서 Tools → Preferences로 이동한 뒤 해당 폴더를 데이터 저장 위치로 설정하면 됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 여러 컴퓨터에서 데이터베이스에 접근하려면 몇 가지 방법이 있습니다.

첫째, 가장 권장되는 방법은 Geneious Cloud를 사용하는 것입니다. 2024년 3월 21일 이후에 구입한 라이선스가 있다면 Geneious Cloud 기능을 사용할 수 있고, 이를 통해 데이터 백업과 여러 컴퓨터에서의 접근이 가능합니다. 설정도 간단하고 안정적입니다.

두 번째 방법은 공유 데이터베이스를 사용하는 것입니다. 이 방법은 SQL 서버를 설정할 수 있는 환경이 필요하고, 네트워크에 연결된 컴퓨터들이 모두 같은 서버를 참조하게 됩니다. 다만 이 방식은 IT 지식이 어느 정도 필요하고, 세팅 전 IT 팀과 상의하는 것이 좋습니다.

세 번째는 외장 하드나 USB 드라이브에 데이터를 저장하는 방식입니다. 이 방법은 기술적으로 간단하지만 속도가 느려질 수 있고, Geneious를 끄지 않고 드라이브를 분리하면 데이터가 손상될 위험이 있기 때문에 주의가 필요합니다. 항상 안전하게 제거하고 자주 백업하는 것이 중요합니다.

마지막으로, 클라우드 동기화 서비스나 네트워크 드라이브에 Geneious 데이터베이스를 직접 저장하는 것은 권장되지 않습니다. 충돌이나 손상 위험이 크기 때문입니다. 대신, 데이터를 .geneious 파일로 내보내서 다른 컴퓨터에서 불러오는 방식은 가능합니다.

(2024년 업데이트)

여러 사용자가 동일한 Geneious 데이터베이스에 접근하려면 두 가지 방법이 있습니다.

첫 번째는 Team 라이선스를 구독하고 Geneious Cloud를 이용하는 것입니다.

Geneious Cloud는 권한 관리 기능이 포함된 공유 작업 공간을 제공하며, 서버를 따로 설치하거나 유지 관리할 필요 없이 안전하게 데이터를 공동 사용하고 관리할 수 있습니다. 공동 작업을 위한 가장 간편하고 안정적인 방법입니다.

두 번째는 직접 서버를 구축해서 Shared Database(공유 데이터베이스)를 설정하는 것입니다.

이 방법은 내부 SQL 서버를 설정한 후, Geneious가 해당 서버에 연결하여 데이터를 공유하는 방식입니다.

보다 복잡한 설정이 필요하며, 사용 전 IT팀과의 협의가 권장됩니다. 설정 방법은 Geneious 사용자 설명서의 "Shared Databases" 챕터에서 확인할 수 있습니다.

참고로, 일반적인 로컬 데이터베이스(예: "Geneious 2024 Data" 폴더)는 여러 사용자가 동시에 공유해서 사용할 수 없습니다.

이 폴더는 개인 사용자 전용이며, 공유 목적으로 쓰이면 데이터 손상 가능성이 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious 데이터베이스는 가능하면 내부 하드 드라이브에 저장하거나, Geneious Cloud를 사용하는 것이 가장 안전합니다. 어떤 저장 방식을 선택하든 정기적인 백업은 필수입니다.

외장 드라이브(USB 등)에 저장하는 것도 가능합니다. 다만 Geneious의 속도가 느려질 수 있으며, 드라이브를 분리하기 전에 반드시 Geneious를 종료하고 안전하게 제거해야 합니다. 외장 장치는 연결이 끊어지는 일이 종종 있기 때문에, 데이터 손상의 위험이 있고 그만큼 자주 백업을 해두는 것이 중요합니다. 이 방법을 사용하려면 Geneious에서 Tools → Preferences로 이동해 Data Storage Location을 외장 드라이브의 폴더로 변경하면 됩니다.

Dropbox, Google Drive 같은 클라우드 동기화 서비스에 데이터베이스를 직접 저장하는 것은 권장되지 않습니다. 동기화 중 충돌이나 파일 손상 위험이 크기 때문입니다. 다만 백업 파일을 클라우드에 업로드하는 용도로는 사용할 수 있습니다.

Samba, NFS 등 네트워크 드라이브도 마찬가지로 데이터를 직접 저장하는 용도로는 추천되지 않습니다. 속도가 느리고, 세팅이 올바르지 않으면 데이터 손실이 발생할 수 있습니다. 만약 기관 정책상 네트워크 드라이브 사용이 필수라면, IT 부서에 Geneious Shared Database 구성을 요청해보는 것이 좋습니다. 네트워크 드라이브 역시 백업 저장용으로는 유용하게 사용할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 ‘Backup’ 버튼을 사용하여 ‘Archive all data and settings’ 옵션으로 데이터베이스를 백업한 경우, 생성된 backup.zip 파일은 전체 데이터베이스의 복사본입니다. 이 파일을 ‘Restore Backup’ 기능으로 복원하면 백업이 새 데이터베이스로 추출됩니다. 복원 과정 마지막 단계에서 ‘Load Restored Data’를 클릭하면 Geneious의 Sources 패널에 표시되는 기존 데이터베이스가 해당 백업 데이터베이스로 대체됩니다.

원래 데이터베이스로 다시 전환하려면 Tools → Preferences로 이동하여 Data Storage Location을 기존 데이터 폴더로 변경하십시오. 일반적으로 이 폴더는 사용자 디렉터리에 위치한 ‘Geneious X.Y Data’ 폴더입니다.

백업 데이터와 기존 데이터를 하나의 데이터베이스 폴더에 통합하려면 다음 절차를 따라 주세요.

1. File → Restore Backup 메뉴로 백업을 복원하고, 프롬프트에서 ‘Load Restored Data’를 클릭합니다.
2. Sources 패널에서 ‘Local’ 폴더(또는 필요한 특정 폴더)를 선택합니다.
3. File → Export → Export Folder를 선택하여 선택한 폴더를 .geneious 파일로 내보냅니다.
4. Tools → Preferences로 이동하여 Data Storage Location을 원래 데이터베이스 폴더로 변경합니다. 기존 데이터가 다시 로드됩니다.
5. 단계 3에서 저장한 .geneious 파일을 Geneious 창으로 끌어다 놓거나 File → Import → Files로 가져옵니다.

.geneious 형식의 파일만 보유한 경우, 해당 파일을 Geneious 창에 끌어다 놓으면 기존 데이터베이스로 바로 가져올 수 있습니다.

시스템 백업이나 타사 백업 도구로 데이터베이스를 백업한 경우, 먼저 백업 드라이브에서 데이터베이스 폴더를 사용자 디렉터리로 복사하십시오. 그런 다음 Geneious에서 Tools → Preferences에 들어가 Data Storage Location을 해당 폴더로 설정하면 데이터베이스를 불러올 수 있습니다.

(2025년 6월 업데이트)

Geneious를 업그레이드하더라도 기존 데이터는 자동으로 새 버전으로 이전되므로 일반적으로 데이터가 손실되지 않습니다.

다만, 메이저 버전 업그레이드(예: 2023에서 2024로 변경)의 경우, 새 버전을 처음 실행할 때 이전 버전 데이터를 백업할 것인지 묻는 메시지가 표시됩니다.

그럼에도 불구하고, 예기치 못한 상황에 대비해 업그레이드 전에 별도로 전체 데이터를 백업해 두는 것을 권장합니다. 백업은 Geneious 내의 File → Back Up Data 메뉴를 통해 진행할 수 있습니다.

만약 새 버전에서 실행 시 이전 데이터 폴더를 자동으로 찾지 못하는 경우에는,

Tools → Preferences → General로 이동하여 Data Storage Location을 직접 이전 폴더(예: Users/사용자명/Geneious 20XX Data)로 지정하면 이전 데이터를 불러올 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

일반적으로 Geneious 6 이상 버전에서는, 상위 버전(Geneious 7.0 이상)에서 .geneious 형식으로 내보낸(exported) 데이터를 불러올 수 있습니다. 단, 내보낼 때 호환 가능한 옵션을 선택한 경우에만 가능합니다.

하지만 Geneious 데이터 디렉토리 전체(Geneious X.Y Data 폴더)는 그대로 하위 버전에서 불러올 수 없습니다. 데이터를 사용하려면 반드시 .geneious 파일로 내보내기 후 다시 가져오기(import) 해야 합니다.

공유 데이터베이스(Shared Database)를 사용하는 경우에는, 각 문서는 가장 마지막으로 수정한 버전 이상의 Geneious에서만 열 수 있습니다. 예를 들어 Geneious 2024에서 수정된 문서는 그보다 이전 버전에서는 열리지 않습니다.

또한 Geneious 5.6 이하 버전은 하위 호환성이 없기 때문에, Geneious 6 이상에서 만든 .geneious 파일을 5.6 이하에서 열 수 없습니다.

한편, 같은 소수점 버전 내에서는 호환성이 유지됩니다. 예를 들어 8.1.7에서 생성된 데이터는 8.1.x 버전 어디에서든 문제없이 열 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

DropBox와 같은 동기화 서비스를 이용해 Geneious 데이터베이스를 저장하는 것은 권장되지 않습니다.

그 이유는 Geneious 데이터베이스는 내부적으로 다양한 파일과 설정이 긴밀히 연결되어 있기 때문에, 모든 변경 사항이 완전히 동기화되어야만 정상적으로 유지됩니다. 하지만 클라우드 동기화는 전송 지연이나 연결 끊김이 발생하기 쉽고, 이로 인해 파일이 완전히 업로드되지 않으면 나중에 다른 컴퓨터에서 동기화할 때 로컬 데이터베이스가 손상될 수 있습니다.

정리하면, 동기화 서비스를 데이터 백업 파일 저장소로 사용하는 것은 가능하지만, 실시간 작업용 데이터베이스를 직접 저장하는 용도로 사용하는 것은 피하는 것이 안전합니다.

(2023년 업데이트)

“Failed to load document contents” 오류는 일반적으로 데이터베이스 내 파일이 손상되어 더 이상 열 수 없을 때 발생합니다.

이러한 문제는 대부분 데이터베이스를 네트워크 드라이브, USB 플래시 드라이브, 또는 Dropbox 같은 동기화 프로그램에 저장했을 때 발생합니다. 이런 저장소는 연결 속도나 안정성이 충분하지 않아 파일이 정상적으로 기록되지 못하고, 그 결과 데이터가 손상될 수 있습니다.

이렇게 손상된 파일은 대부분 복구가 어렵지만, 이후 문제가 더 발생하지 않도록 하기 위해 아래 조치를 취하는 것이 좋습니다:

1. 데이터베이스를 로컬 드라이브(내부 하드디스크)로 옮깁니다.
2. 손상된 파일을 제거하고, 새롭게 정상적인 데이터베이스를 재구성합니다.

관련 참고 항목으로는

• “데이터를 외부 드라이브나 네트워크 드라이브에 저장하고 싶어요”

• “데이터가 손상된 경우 어떻게 다시 만들 수 있나요?”

  이 두 가지 문서가 Geneious의 Databases 카테고리 내에 안내되어 있습니다.

(2024년 업데이트)

로컬 데이터베이스가 손상되었을 경우, 아래 단계에 따라 새 데이터베이스를 생성하고 기존 데이터를 복구할 수 있습니다.

1. 먼저 현재 데이터베이스에 있는 Local 폴더(모든 문서 포함)를 .geneious 파일로 내보냅니다.

   이를 위해 Geneious의 Backup 버튼을 사용할 수 있지만, 이때 반드시 “Export local folder”를 선택해야 하며, “Archive all local data…”는 선택하지 않아야 합니다.

   내보낸 파일은 하드 드라이브의 임시 위치에 저장합니다.

2. 다음으로, 사용자 폴더 안에 새로운 비어 있는 데이터베이스 폴더를 생성합니다.

   기존 폴더와 구분하기 위해 이름을 예를 들어 "Geneious X.Y Data New"처럼 지정하는 것이 좋습니다.

   (X.Y는 사용 중인 Geneious 버전 번호입니다.)

3. Geneious에서 Tools → Preferences → General로 이동해,

   방금 생성한 폴더를 새로운 데이터 저장 위치(Data Storage Location)로 설정합니다.

   이때 기존 데이터베이스를 이동하지 말고,

   반드시 “Create an empty database at the new location” 옵션을 선택합니다.

   이렇게 하면 Geneious 내에 비어 있는 Local 폴더가 표시됩니다.

4. 마지막으로, 1단계에서 내보낸 .geneious 파일을 Geneious 창으로 끌어다 놓으면,

   손상되지 않은 상태로 데이터가 새 데이터베이스에 복원됩니다.

(2024년 업데이트)

데이터를 잃어버린 것처럼 보이는 경우, 아래 단계를 통해 데이터를 다시 찾을 수 있습니다.

1. 데이터베이스 폴더 이름이 비표준인 경우

   예를 들어, 백업에서 복원한 데이터베이스를 사용 중이거나, 이전 버전의 Geneious 데이터베이스를 새로운 버전에서 불러온 경우

   (예: Geneious 9.0 데이터를 "Geneious 8.1 Data"라는 폴더에서 사용) 해당 데이터가 보이지 않을 수 있습니다.

2. 사용자 폴더 내 데이터베이스 위치 확인

   일반적으로 Geneious 데이터베이스는 사용자 디렉터리 내에 Geneious X.Y Data 형식으로 저장됩니다.

   사용자 디렉터리로 이동하여 여러 데이터베이스 폴더 중에서 최근에 사용된 폴더를 찾기 위해 각 폴더의 수정 날짜와 용량을 확인하세요.

3. Geneious에서 데이터베이스 경로 변경

   Geneious를 열고, Tools → Preferences → General 탭으로 이동합니다.

   거기서 “Data Storage Location” 항목의 Browse 버튼을 눌러, 위에서 찾은 가장 최근 데이터가 있는 폴더를 선택하세요.

   그러면 해당 폴더 내 데이터가 Geneious에 다시 로드됩니다.

4. 데이터를 찾은 경우 백업 권장

   데이터를 찾았다면, File → Back Up Data 기능을 이용해 .geneious 형식으로 안전하게 백업해 두는 것이 좋습니다.

   불필요한 옛날 폴더가 많다면 정리도 함께 해두는 것이 좋습니다.

안전한 데이터 관리를 위해 항상 정기적인 백업을 해주세요.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서는 검색 기능을 위해 Lucene 인덱서를 사용합니다.

인덱서가 작동 중일 때는 Geneious 창의 왼쪽 하단 Sources 패널 아래에 “Updating Search Index”라는 표시가 나타납니다.

인덱서가 계속 작동 중인 상태로 멈추는 이유는 다음과 같습니다:

1. 매우 큰 문서가 포함된 경우

   크기가 큰 문서를 인덱싱할 때 시간이 오래 걸리거나 멈추는 경우가 있습니다.

2. 손상된 문서가 데이터베이스에 있는 경우

   문서가 손상되었을 경우 인덱서가 해당 문서에서 멈출 수 있습니다.

이럴 경우:

• 인덱싱 표시 위에 마우스를 올리면 문제가 되는 문서의 이름이 툴팁으로 나타납니다.
• 해당 문서를 삭제하거나 안전한 장소에 내보낸 후, Geneious를 재시작하면 인덱서가 정상적으로 완료될 수 있습니다.

또한,

• 인덱싱 중일 때 표시를 클릭하면 일시 중지할 수 있습니다.

• 이는 하드 드라이브 사용을 줄여 다른 작업이 원활하게 수행되도록 돕지만,

  일시 정지 상태에서는 효소 리스트 검색이나 프라이머 테스트와 같은 일부 기능이 제대로 작동하지 않을 수 있으므로

  작업이 끝난 후에는 인덱서를 반드시 재시작해야 합니다.

(2024년 업데이트)

Operations Table 오류는 다음과 같은 형식의 메시지로 나타납니다:

• “Error saving data for completed operation, it will not show up in the Operations Table after restarting Geneious”
• “Unable to read saved list from disk. Some previously run local operations will be missing from the Operations Table”

이러한 오류는 분석 수행 중 데이터베이스 연결이 끊겨 Geneious가 디스크에 데이터를 제대로 기록하지 못했을 때 발생합니다.

결과적으로 operationTableCallbackRows.xml 파일이 손상되어 발생하는 문제입니다.

해결 방법

1. Geneious Data 폴더를 엽니다.
   • 일반적으로 사용자 폴더 내 Geneious X.Y Data 폴더에 위치합니다 (X.Y는 Geneious 버전).
   • 예: /Users/사용자이름/Geneious 2024 Data
2. 해당 폴더 안의 operationTableCallbackRows.xml 파일을 삭제합니다.
3. Geneious를 재시작하면 오류가 사라지고, Operations Table이 초기화됩니다.

단, 이전에 실행한 일부 작업 내역은 더 이상 표시되지 않을 수 있습니다.

향후 이런 문제를 방지하려면 로컬 디스크에 데이터베이스를 저장하고, 클라우드 동기화 드라이브나 네트워크 드라이브는 피하는 것이 좋습니다.

(2025년 5월 업데이트)

2024 버전부터 Geneious Prime은 이메일 기반 로그인(Email Sign In) 방식을 도입했습니다.

새로운 구독이나 무료 체험은 더 이상 라이선스 키 없이 이메일과 비밀번호만으로 활성화할 수 있습니다.

Geneious Prime 실행 후

• 처음 실행 시 나타나는 "Activate a License" 버튼을 클릭하거나
• 메뉴에서 Help > Activate a License 선택

활성화 방식 선택

• Geneious Prime 2024 이상에서는 “Email Sign In”을 선택

  

로그인 정보 입력

• Geneious 구입 시 사용한 이메일 주소를 입력
  • 또는, 관리자 또는 Geneious Support로부터 받은 초대 이메일의 주소 사용
• 이미 MyAccount 계정이 있다면 비밀번호 입력 후 진행
• MyAccount가 없다면 계정 생성(Create one) 클릭하여 가입
• 비밀번호를 잊은 경우 Forgot password를 클릭하여 비밀번호 재설정 가능

     성공적으로 로그인하면 Geneious Prime은 해당 이메일 주소에 연결된 활성 구독을 자동으로 확인합니다.

• 다음 단계에서 라이선스 약관 동의 화면이 나타나며, 동의해야 활성화가 완료됩니다.
• "Start using Geneious Prime" 버튼이 나오면 활성화가 완료된 것입니다.

라이선스 키 방식 (License Key Activation)

구버전 스타일의 라이선스 키 (형식: XXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXX)를 가지고 있는 경우:

1. 활성화 창에서 License Key 옵션 선택
2. 이메일 주소와 라이선스 키 입력
3. Activate 버튼 클릭 → 활성화 완료

플로팅 라이선스 방식 (Floating License)

기관용 공유 라이선스를 사용하는 경우:

1. License Server 옵션 선택
2. Floating License Manager가 설치된 컴퓨터의 호스트 이름/주소 및 포트 번호(기본값: 27001) 입력
3. Activate 클릭 → 라이선스 서버에 접속하여 사용 권한 확보 후 활성화

※ 관련 정보는 IT 관리자에게 문의

※ 추가적인 질문 사항

Q. 얼마나 자주 활성화해야 하나요?

A. 일반적으로 한 번만 활성화하면 됩니다. 단, 하드 드라이브 교체 또는 초기화 시 재활성화가 필요할 수 있습니다.

Q. 인터넷 연결 없이 활성화할 수 있나요?

A. 불가능합니다. Geneious는 인터넷 기반 라이선스 검증 시스템을 사용합니다. 다음 사이트에 접속 가능해야 합니다:

• https://isul.geneious.com/

• https://isulapi.geneious.com/

  (포트: HTTPS 443)

※ 구버전 라이선스의 경우:

• https://licensing.biomatters.com 또는 https://licensing.geneious.com

Q. “You're offline. Please connect to the Internet…” 오류가 발생해요

A. 위 사이트에 접속 가능한 인터넷 환경인지 확인하십시오. 기관 방화벽이 차단 중일 수 있습니다.

(2025년 4월 업데이트)

일부 Windows 사용자는 이메일 기반 활성화 중 라이선스 서버에 연결되지 않는 문제를 겪을 수 있습니다. 또한, 플러그인 다운로드나 외부 DB(NCBI 등) 검색이 되지 않는다면, 먼저 다음 순서대로 점검해 보시기 바랍니다.

인터넷 연결 확인

• Geneious에서 외부 연결이 가능한지 점검합니다.
• “Geneious Prime 내에서 인터넷 연결 설정을 하고 싶어요” 가이드를 참고합니다.

Hosts 파일 확인 및 수정

호스트 파일에 Geneious 서버 경로가 차단된 경우 활성화가 실패할 수 있습니다.

수정 방법

1. 파일 탐색기에서 다음 경로로 이동: C:\Windows\System32\drivers\etc\hosts
2. hosts 파일을 메모장 등 텍스트 편집기로 엽니다.
   • 편집이 안 될 경우, 바탕화면 등으로 복사한 후 수정하고, 다시 원래 위치로 덮어씌워 주세요.
3. 아래와 같이 다음 도메인이 포함된 라인을 찾습니다:
   • 127.0.0.1 isul.geneious.com
   • 127.0.0.1 isulapi.geneious.com
   • 이런 라인이 있다면 삭제하세요.

4. 파일을 저장하고 다시 원래 위치(etc 폴더)에 덮어씌워 줍니다.
5. 위 과정들을 완료한 후 Geneious를 실행합니다.

(2024년 업데이트)

라이선스를 최대 횟수만큼 이미 활성화한 경우, 다른 컴퓨터에서 Geneious를 활성화하려면 기존에 사용 중인 컴퓨터 중 하나에서 라이선스를 해제해야 합니다.

라이선스를 해제하려면 Geneious 상단 메뉴에서 Help → Release License를 선택하세요.

만약 기존에 활성화했던 컴퓨터에 더 이상 접근할 수 없거나, 해당 컴퓨터를 포맷한 경우에는 Geneious 지원팀에 연락해 도움을 요청해 주세요.

(2025년 5월 업데이트)

㈜아이브리딩에서는 Personal 및 Team 라이선스를 제공하며 다음과 같습니다.

Team 라이선스

조직 또는 다수의 사용자를 위한 플랜입니다.

• 이메일 로그인 기반 활성화 (라이선스 키 불필요)
• 사용자당 최대 2대의 컴퓨터에서 사용 가능
• My Account에서 사용자 및 장치 관리 가능
• Seat 추가 및 관리 실시간 가능
• Geneious Cloud 워크스페이스를 통한 협업 및 프로젝트 관리 지원

Personal 라이선스

개인이 직접 구매해 사용하는 라이선스입니다.

• 본인 명의로 구매하고 본인이 사용하는 경우에만 활성화 가능
• 개인 전용 클라우드 워크스페이스 제공
• 최대 2대의 컴퓨터에서 사용 가능
• 데이터를 안전하게 백업하고 언제 어디서든 접근 가능

Subscription Plan Comparison

(2024년 업데이트)

개인용(Personal) Geneious 라이선스는 한 명의 사용자만 사용할 수 있지만, 최대 2대의 컴퓨터에 설치하여 사용할 수 있습니다.

예를 들어, 집과 사무실 컴퓨터에서 동시에 활성화가 가능합니다.

단, 두 컴퓨터 모두 같은 사용자가 사용하는 경우에만 허용됩니다.

(2025년 8월 업데이트)

플랜의 구독이 종료되기 이전에 라이선스 갱신 의사 여부를 확정해 주셔야 합니다.

플랜이 종료되기 전 저희가 확인 메일을 발송해 드리고 있으며, 라이선스 갱신 의사가 있으신 경우, 절차에 따라 안내하여 드립니다.

(2021년 업데이트)

Geneious Prime의 구독 플랜은 1년 단위로 운영되며, 구독 기간 동안 다음과 같은 혜택이 제공됩니다.

• 모든 최신 버전(업그레이드) 제공
• 기능 업데이트 및 버그 수정 포함
• 기술 지원 서비스 이용 가능

구독이 유효한 기간 동안 Geneious Prime의 최신 기능과 안정적인 지원을 모두 누릴 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

• 제한 모드(restricted mode)로 전환됩니다.

  → 제한 모드에서는 데이터 열람, 파일 가져오기 및 내보내기는 가능하지만, 대부분의 기능이 비활성화됩니다.

• 구독 만료 전 만료 알림이 제공됩니다.

• 클라우드 워크스페이스가 포함된 플랜인 경우,

  → 만료일로부터 30일간 클라우드 데이터가 유지됩니다.

• Geneious Prime의 모든 기능을 계속 사용하려면 구독을 갱신해야 합니다.

(2024년 업데이트)

개별 연구실 구성원 여러 명이 Geneious를 함께 사용하고자 한다면 Teams 구독 플랜이 가장 적합합니다.

Teams 플랜의 장점은 다음과 같습니다:

• 여러 사용자를 위한 관리 기능 제공

  → 라이선스를 사용자별로 관리할 수 있어 편리합니다.

• 공유 클라우드 워크스페이스 제공

  → 실험 데이터를 안전하게 공유하고, 팀원 간의 협업과 중앙 집중형 데이터 관리가 가능합니다.

따라서 실험실 내 공동 사용 및 효율적인 라이선스/데이터 관리를 원한다면 Teams 플랜을 선택하는 것이 바람직합니다.

(2024년 업데이트)

2020년 9월 1일부터 Geneious Prime 구독을 갱신하면 새로운 라이선스 키를 받지 않고, 기존 라이선스 키의 만료일이 자동으로 연장되도록 변경되었습니다.

만약 구독을 갱신했음에도 불구하고 라이선스 만료일이 업데이트되지 않았다면 다음 사항을 확인하세요:

1. 인터넷에 연결되어 있는지 확인하세요.
2. Geneious Prime 2020.2 이상 버전을 사용하고 있는지 확인하세요.

※ Geneious Prime 2020.2 미만 버전에서는 자동 갱신 기능이 지원되지 않으므로, 버전 업데이트가 불가능한 경우에는 info@ibreeding.kr 에 문의하여 해결 방법을 안내받으세요.

(2024년 업데이트)

Personal 라이선스(Trial 라이선스를 제외한 정식 라이선스)의 경우, 동시에 한 대의 컴퓨터에서만 Geneious를 실행할 수 있습니다. 만약 동일한 라이선스로 실행 중인 Geneious가 감지되면, "multiple users detected"라는 메시지가 표시되며 Geneious는 제한 모드로 열리게 됩니다.

이 오류를 해결하려면:

1. Geneious를 실행 중인 모든 인스턴스(컴퓨터 또는 사용자 계정)를 완전히 종료하세요.
2. 이후 하나의 인스턴스만 실행하면 정상적으로 사용 가능합니다.

※ 이때 실행 중인 Geneious는 다른 컴퓨터일 수도 있고, 같은 컴퓨터 내의 다른 사용자 계정이거나, 동일 컴퓨터에서 설치된 다른 버전의 Geneious일 수도 있습니다.

(2024년 업데이트)

네, Geneious 라이선스는 특정 운영체제에 제한되지 않으며, Windows, Mac, Linux 등 다양한 운영체제에서 사용할 수 있습니다.

운영체제에 맞는 Geneious 버전을 공식 웹사이트에서 다운로드 및 설치한 후, 해당 환경에서 라이선스를 활성화하시면 됩니다.

즉, 동일한 사용자라면 서로 다른 운영체제에서 Geneious를 사용할 수 있습니다. 단, 동시 사용 기기 수 제한(예: 2대까지)은 라이선스 유형에 따라 적용되므로 이에 유의하세요.

(2024년 업데이트)

새로 구매한 라이선스를 사용하여 이전 버전의 Geneious를 실행할 수 있는지는 라이선스 종류에 따라 다릅니다. 만약 이전 버전 실행이 필요한데 라이선스가 작동하지 않는 경우, info@ibreeding.kr 에 문의하시기 바랍니다.

또한 버전 간 데이터 이전에는 다음과 같은 제한 사항이 있습니다:

• 로컬 데이터베이스(Local Database)는 서로 다른 버전 간 공유할 수 없습니다.
• 그러나 .geneious 형식으로 내보낸 폴더 및 파일은 Geneious R6 이후 버전까지 호환 가능합니다.

즉, 일부 제한은 있지만, 내보내기 및 가져오기 기능을 통해 과거 버전과의 데이터 연동이 어느 정도 가능합니다.

(2024년 업데이트)

하드 드라이브가 초기화된 경우에는 기존 장치에서의 라이선스 해제를 직접 수행할 수 없기 때문에, Geneious 측에서 수동으로 해제해야 합니다. info@ibreeding.kr 에 문의해주세요.

문의 시 포함해야 할 정보:

• 구매 시 사용한 이메일 주소
• 라이선스 키(만약 있다면)
• 계정에 등록된 사용자 이름(있는 경우)
• 어떤 이유로 라이선스를 해제할 수 없는지 간단한 설명 (예: 하드 드라이브 손상, 운영체제 재설치 등)

향후 동일한 문제를 예방하기 위해, 장치를 교체하기 전에는 Geneious → Help → Release License 기능으로 사전에 해제하는 것을 권장합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime 구독 라이선스에는 사용자 및 장치 활성화에 대한 공정 사용(fair use) 한도가 설정되어 있습니다. 일반적으로 모든 시트(seat)는 특정 사용자 또는 특정 장치에 할당되어야 하며, 지속적으로 시트를 여러 사용자가 공유하는 방식(floating seat)은 허용되지 않습니다.

다만 아래와 같은 예외적인 경우에는 시트 재할당이 허용됩니다.

• 사용자가 조직을 떠나는 경우
• 사용자가 컴퓨터를 교체하거나 운영체제를 재설치해야 하는 경우

이러한 상황에서는 장치 비활성화 및 재활성화를 통해 시트를 재할당할 수 있으며, 이 과정은 공정 사용 한도 내에서 이루어져야 합니다. 한도를 초과하게 되면 일정 기간 동안 시트 재할당 및 장치 변경이 제한될 수 있습니다.

이 제한은 일정 시간이 지나면 자동으로 해제되지만, 긴급하게 조정이 필요한 경우 info@ibreeding.kr 에 요청하여 도움을 받을 수 있습니다.

(2024년 업데이트) Geneious에서 라이선스를 해제하려면, 더 이상 해당 컴퓨터에서 Geneious를 사용하지 않을 때 메뉴 상단의 'Help'에서 'Release License'를 선택하면 됩니다. 이 작업은 인터넷에 연결되어 있어야 하며, Geneious가 서버와 통신해 해당 컴퓨터에서의 라이선스 사용을 해제하게 됩니다.

단, 이 기능은 현재 사용 중인 컴퓨터에서만 라이선스를 해제할 수 있으며, 다른 컴퓨터의 라이선스를 원격으로 해제하는 것은 불가능합니다. 또한, Geneious 프로그램을 삭제하더라도 라이선스는 자동으로 해제되지 않으므로 별도로 해제 작업을 해주어야 합니다.

라이선스 해제는 일정 기간 내에 횟수 제한이 있으며, 너무 자주 해제할 경우 다른 사람과 라이선스를 공유하려는 시도로 간주될 수 있으므로, 꼭 필요한 경우에만 해제해야 합니다.

(2025년 6월 업데이트)

Geneious Cloud는 데이터를 안전하게 보관할 수 있는 클라우드 기반 작업 공간을 제공합니다. 자체 서버를 구축하거나 관리할 필요 없이, Geneious에서 관리하는 클라우드 환경을 이용할 수 있습니다.

• Team(팀) 구독을 이용하면 액세스 권한을 제어할 수 있는 공동 작업 및 중앙 데이터 관리가 가능한 공유 작업 공간을 제공합니다.
• Personal(개인) 구독을 이용하면 데이터가 자동 백업되며, 어떤 컴퓨터에서든 접근 가능합니다.

사용 방법은 해당 섹션의 Geneious 클라우드 시작하기를 참고하세요.

2024년 3월 21일 이후 geneious.com을 통해 구매한 모든 신규 구독에는 클라우드 작업 공간이 포함됩니다. 구독 중인데 아직 Geneious Cloud를 사용할 수 없는 경우, 추가 옵션에 대해 궁금하다면 연락해 주세요.

(2025년 6월 업데이트)

Geneious Cloud는 ISO27001 인증을 받은 안전한 환경에서 관리됩니다.

데이터 보안에 관한 자세한 사항은 https://www.geneious.com/security/에서 확인할 수 있습니다.

(2025년 6월 업데이트)

1. 적절한 라이선스 유형을 보유하고 있는지 확인합니다.
   2024년 3월 21일 이후 구매한 모든 신규 사용자 기반 구독에는 Geneious 클라우드 작업공간이 포함되어 있습니다.
   기존의 레거시 라이선스(옛날 라이선스)를 사용 중이라 Geneious 클라우드에 접근할 수 없다면, 신규 구독 플랜으로 전환에 관련하여 문의해 주세요.
2. 최신 버전의 Geneious Prime으로 업데이트를 진행합니다.
   Geneious Prime 메뉴에서 Help → Check for Updates를 클릭해 최신 버전인지 확인합니다.
   Geneious Cloud는 Geneious Prime 2024.0 버전 이상에서만 사용 가능하며, 기능은 지속적으로 개선되고 있습니다.
3. 로그인 또는 회원가입
   Geneious Prime 좌측 메뉴에서 Cloud를 선택합니다.
   이미 My Account 계정이 있다면, 해당 이메일과 비밀번호로 로그인할 수 있습니다.계정이 없다면, Geneious Prime 내의 My Account 페이지에서 새 계정을 생성할 수 있습니다.
   
4. 데이터 가져오기(Import)
   Geneious Cloud에서 작업을 시작하려면, My Data 폴더 또는 새로 만든 폴더에 데이터를 불러옵니다. 불러오기 방법은 드래그 앤 드롭, 상단 툴바의 "Add" 버튼, 또는 메뉴의 File → Import 기능을 이용할 수 있습니다.
   Cloud 폴더나 Workspace 폴더에는 직접 데이터를 가져올 수 없습니다.
   
   또한, 로컬 데이터베이스에 저장된 데이터는 자동으로 Geneious 클라우드로 업로드되지 않습니다.
5. 데이터 백업하기
   Geneious Cloud에 저장된 데이터는 클라우드에 안전하게 보관되므로 이미 자동 백업되고 있습니다.
   하지만, 오프라인 백업을 추가로 보관하는 것을 권장합니다. 데이터의 복사본을 로컬 데이터베이스에 저장하거나, Geneious 클라우드 폴더를 Geneious 포맷으로 내보내면 됩니다.
   
   Geneious Cloud에서 데이터를 삭제하면, 해당 데이터는 먼저 'Deleted Items' 폴더로 이동되며, 삭제 전 알림이 표시됩니다.

           클라우드 데이터베이스의 'Deleted Items' 폴더에 있는 문서는 30일 후 자동 삭제되며, 폴더 안에서 각각의 만료일도 확인할 수 있습니다. (이 기능은 로컬 문서에는 적용되지 않습니다)

           단, 삭제된 항목 폴더에서 완전히 삭제(Delete)할 경우에는 복구가 불가능하며, 이에 대한 알림이 제공됩니다.

(2025년 6월 업데이트)

불가능 합니다. Geneious Cloud는 Geneious가 관리하는 AWS 인프라에 호스팅됩니다.

(2025년 6월 업데이트)

Geneious Prime은 데스크탑 응용 프로그램이며, 브라우저에서 실행하실 수 없습니다. Geneious Cloud는 Geneious Prime 내에서 데이터를 클라우드에 저장하는 기능만 제공하며, 실제 계산(연산) 작업은 여전히 로컬 컴퓨터에서 수행됩니다.

(2025년 6월 업데이트)

기술적으로는 가능합니다. 하지만 모든 데이터는 분석을 위해 로컬 컴퓨터로 다운로드해야 하므로 속도가 느릴 수 있고, 데이터 저장 및 분석을 위한 충분한 로컬 저장 공간이 필요합니다.

만약 클라우드에서 NGS 데이터 분석을 원하는 경우 연락해 주세요.

(2025년 6월 업데이트)

플랜별 저장 용량은 https://www.geneious.com/pricing/에서 확인할 수 있습니다.

추가 저장 공간이 필요하면 별도 문의해주세요.

(2025년 6월 업데이트)

할당된 용량을 초과할 경우, 공간이 확보될 때까지 추가 데이터 업로드가 제한됩니다. 초과된 용량에 대해 자동으로 추가 비용이 청구되지는 않습니다.

(2025년 6월 업데이트)

라이선스 만료 후 데이터 처리에 관해서는 라이선스 관련 질문 섹션의 라이선스 플랜 구독이 만료되면 어떻게 되나요? 를 참고하실 수 있습니다.

(2025년 5월 업데이트)

Geneious Cloud에 저장된 데이터는 Geneious에서 안전하게 보관하며 이미 백업되어 있습니다. 그럼에도 불구하고, 별도의 오프라인 백업을 권장합니다.

• 로컬 데이터베이스에 데이터를 복사하거나, Geneious 형식으로 내보내기하여 오프라인 복사본을 저장할 수 있습니다.
• Geneious Cloud에서 데이터를 삭제하면 'Deleted Items' 폴더로 이동된다는 알림이 나타납니다.
  
   

• Cloud 데이터베이스의 'Deleted Items' 폴더에 있는 문서는 30일 후 자동 삭제됩니다. 삭제된 항목 폴더에서 문서의 만료일을 확인할 수 있습니다. (이 내용은 로컬 문서에는 적용되지 않습니다.)
  
• Deleted Items' 폴더는 로컬 데이터베이스와 클라우드 데이터베이스에 각각 따로 존재하며, 항목 복구가 가능합니다. 하지만 이 폴더에서 항목을 삭제하면 영구적으로 제거되며 복구가 불가능하다는 알림을 받게 됩니다.
  

(2025년 6월 업데이트)

로컬 데이터베이스에 있는 데이터는 자동으로 Geneious Cloud에 백업되지 않습니다. 로컬 데이터를 클라우드에 백업하려면 직접 데이터를 클라우드로 복사해야 합니다.

Geneious Prime의 로컬 데이터베이스에 대해서는 Geneious 백업 도구를 사용하여 정기적으로 백업할 것을 권장합니다.(데이터베이스 관련 질문 섹션의 로컬 데이터베이스를 백업하고 싶어요 를 참고하실 수 있습니다.) 또한 로컬 데이터베이스 백업은 클라우드 데이터베이스의 문서를 포함하지 않습니다.

(2025년 6월 업데이트)

가능하지만 몇 가지 제한 사항이 있습니다.

Shared Database (공유 데이터베이스)에서 Geneious Cloud로 데이터 이동은 Geneious Prime 내에서 드래그 앤 드롭으로 쉽게 할 수 있습니다. 하지만 액세스 권한은 수동으로 다시 설정해야 하고, 몇 가지 추가 고려사항이 있습니다.

공유 데이터베이스에서 Geneious 클라우드로 마이그레이션을 원하시면 저희에게 연락해주세요.

(2025년 6월 업데이트)

그룹의 IT 관리자는 Geneious 설치 디렉토리 내의 geneious.properties 파일을 수정하여 Geneious 클라우드 사용을 차단할 수 있습니다. 아래 라인에서 주석처리 되어있는 “#”을 제거한 뒤, 조직의 모든 컴퓨터에 이 파일을 배포하면 사용자들이 클라우드를 이용할 수 없게 됩니다.

• disable-plugins=com.biomatters.plugins.cloud.CloudPlugin

자세한 사항은 Geneious Prime 설치관련 섹션의 Geneious Prime 기능 중 외부 서비스로 데이터를 전송하는 기능을 비활성화 하고 싶어요 를 참고하실 수 있습니다.

개별적으로 Geneious 클라우드를 비활성화하려면 Geneious 내 Tools → Preferences → Plugins and Features → Customize Feature 으로 이동한 뒤 “Geneious Cloud Workspace” 항목을 비활성화 하시면 됩니다.

(2025년 7월 업데이트)

Geneious Cloud의 Workspace Export는 조직의 클라우드 작업 공간에 저장된 모든 데이터를 특정 시점 기준으로 다운로드가 가능하도록 구성된 "스냅샷(snapshot)" 형태입니다.

사용자들의 개인 문서와 공유 문서뿐만 아니라, 데이터 간의 호환을 위한 폴더 구조도 함께 포함되어 있습니다. 다만, 이 기능의 주된 목적은 데이터의 기록과 추적성을 보장하기 위한 것이며, 일반적인 데이터 백업 용도로 권장되지는 않습니다. Geneious 클라우드는 이미 자체적으로 시스템 전반에 걸쳐 예기치 못한 상황에 대비한 내부 백업 시스템을 운영 중입니다.

시작하기

Geneious Cloud의 Workspace Export 를 수행하는 방법은 다음과 같습니다. 우선적으로 이 기능은 사용자의 클라우드 작업 공간 전체 데이터를 하나의 스냅샷 형태로 생성하여 Geneious 서버에 저장하고, 언제든지 다운로드할 수 있도록 합니다.

1. 먼저 Geneious 클라우드의 관리자 권한이 있는지 확인합니다.
2. https://app.geneious.eu/workspace-export 에 접속 후 로그인합니다.
3. 로그인 후 왼쪽 내비게이션 메뉴에서 "Workspace Exports"를 선택합니다.
4. "Prepare New Export" 버튼을 클릭하여 새 데이터 스냅샷 생성을 시작할 수 있습니다.

이를 통해 사용자의 전체 작업 공간에 대한 스냅샷이 생성되며, 데이터 크기에 따라 완료까지 수 시간이 소요될 수 있습니다. 진행 상황은 왼쪽 하단의 Jobs 위젯을 통해 확인하실 수 있으며, 브라우저를 닫거나 다른 페이지로 이동하여도 작업은 백그라운드에서 계속 진행됩니다.

작업이 완료되면 다운로드 버튼이 나타나며, 이 버튼을 클릭하면 데이터 다운로드를 위한 링크와 함께 구체적인 안내가 포함된 페이지로 이동합니다.

생성된 데이터 스냅샷은 해당 작업 공간의 모든 클라우드 관리자들과 공유되며, 모든 관리자 권한을 가진 사람들은 스냅샷을 생성, 확인 및 다운로드가 가능합니다.

스냅샷 다운로드 하기

스냅샷은 여러 개의 zip 파일로 나누어 다운로드됩니다. 이를 통해 대용량의 작업공간도 안정적으로 다운로드 하실 수 있으며, 작업공간 크기에 따라 여러 개의 파일을 다운로드해야 할 수 있습니다.

압축 파일의 모든 파트가 완전히 다운로드 되고 나서 압축 해제가 가능합니다.

1. 방법 1: Web UI 로 다운로드

   주의할 점은, 다운로드가 완료될 때까지 브라우저를 열어두고 인터넷 연결을 유지하여야 합니다. 만약 중간에 다운로드가 중단되더라도 이어받기가 가능합니다.

   1. Web UI 에서 스냅샷을 엽니다.
   2. Download All 을 클릭합니다.
   3. 모든 압축파일이 컴퓨터에 다운로드 됩니다.

2. 방법2: Python 스크립트를 통한 다운로드 (대용량 작업공간에 권장)

   대용량 데이터를 다룰 경우에는 Geneious 에서 제공하는 Python 다운로드 스크립트를 사용하는 것이 안정적이며, 효율적입니다.

   브라우저 없이도 다운로드가 가능하며, 다운로드 실패 또는 연결이 끊겨도 자동으로 다시 시도합니다.

   해당 섹션의 “내보내진 대용량 작업공간을 다운로드 하는 방법” 항목을 참고하실 수 있습니다.

스냅샷 압축 해제 하기

모든 압축 파일 파트를 다운로드한 후에는 압축을 해제해야 합니다. 7-zip 과 같은 압축 해제 프로그램 사용을 권장드립니다.

압축을 해제하면, Geneious 클라우드에서 사용하던 폴더 구조가 그대로 복원되며, 각 문서는 .geneious 확장자로 저장됩니다. 즉, 클라우드 내 문서들이 로컬 환경에서 동일한 구조로 재현됩니다.

• Windows
  • 7-zip 등 대용량 파일 압축 해제를 지원하는 툴을 활용
    
• macOS
  • 터미널을 실행합니다. (Spotlight 또는 Utilities 에서 찾을 수 있습니다.)
  • cd ~/Downloads 를 입력하고 엔터
  • unzip 을 입력하되, unzip 뒤 한 칸을 띄어쓰기를 넣어줍니다.
  • 이후 .zip 확장자를 가진 첫 번째 파일을 터미널 창에 드래그 앤 드롭하고 엔터
  • 문제가 발생할 경우, macOS에서도 7-Zip 사용을 권장합니다.
• Linux
  • 리눅스에서는 7-Zip 사용을 강력히 권장합니다.
  • 대부분의 배포판에 포함된 Info-ZIP의 unzip 유틸리티는 멀티 파트 ZIP 압축 해제에 적절히 대응하지 못하는 문제가 있으므로 사용 시 오류가 발생할 수 있습니다.

스냅샷에 포함되는 항목

Geneious 클라우드를 통해 생성되는 스냅샷에는 다음이 포함됩니다.

• 작업 공간에 보이는 모든 문서
  • 각 문서는 원래의 폴더 경로 구조를 그대로 유지한 채 zip 파일에 저장됩니다.
• Referenced documents
  • 폴더 트리 상에 직접 보이지는 않지만, 다른 문서에서 참조가 되고 있는 문서들도 스냅샷에 포함됩니다. 해당 문서를 참조하는 .geneious 파일 안에 함께 저장됩니다.
  • 하나의 문서가 여러 다른 문서에서 참조된 경우, 동일한 참조 문서가 여러 .geneious 파일에 중복으로 포함될 수도 있습니다.

내보내기 중 오류 등으로 인해 누락된 문서가 존재하면, 해당 문서 목록은 SKIPEED_DOCUMENTS.csv 파일에 기록되어 스냅샷 압축 파일에 함께 포함되게 됩니다.

스냅샷에 문서가 누락되었다고 판단될 경우에는, 문의 시에 이 csv 파일을 함께 제공해주셔야 문제 해결에 도움이 됩니다.

워크플로우는 스냅샷에 포함되지 않습니다

제한 사항

Geneious 클라우드 스냅샷에는 몇 가지 제한 사항이 존재합니다.

• 각 그룹 조직은 동시에 두 개의 스냅샷만 보관할 수 있습니다.
• 그렇기 때문에 새로운 스냅샷을 생성하기 위해서 지난 스냅샷을 삭제하여야 합니다.
• 스냅샷은 Geneious Prime 또는 다른 소프트웨어에서 사용하기 전에 압축을 풀어야 합니다.

2025년 7월 업데이트)

만약 생성한 작업 공간 내보내기(Workspace Export)의 용량이 매우 크고, 데이터 파트가 많다면, 인터넷 연결의 품질과 지속성, 로컬 파일 시스템의 저장 공간 제약, 보안 이슈 등 여러 요인으로 인해 다운로드 과정에 문제가 생길 가능성이 있기 때문에 일반적인 웹 브라우저와 노트북 또는 데스크톱을 이용한 다운로드 방식은 현실적으로 비효율적일 수 있습니다.

이러한 상황에서는 브라우저 탭을 계속 열어두거나, 노트북을 이동하면서도 끊김 없는 Wi-Fi 연결을 유지할 필요 없이, 스크립트를 이용한 다운로드 방식을 고려하는 것이 좋습니다.

이 문서 하단에는 Python으로 작성된 자동 다운로드 스크립트가 첨부되어 있으며, 해당 스크립트를 사용하면 중단 없이 견고하게 작동하는 non-interactive 다운로드가 가능합니다. 사용자는 원하는 장비에서 이 스크립트를 실행함으로써 안정적이고 효율적인 대용량 데이터 다운로드를 수행할 수 있습니다.

사전 준비 사항

1. 문서 하단에 첨부된 python 스크립트를 다운로드합니다.
2. Python 3.x 설치
   • 스크립트를 실행하려면 python 이 필요합니다. 대부분의 Linux 및 macOS 는 python이 기본적으로 설치되어 있으나, 없는 경우에는 공식 웹사이트에서 다운로드 할 수 있습니다.
3. 필수 라이브러리 설치
   • 스크립트는 requests와 boto3라는 Python 라이브러리를 필요로 합니다. 이를 설치하려면 다음 명령어를 터미널에 입력하세요
   • python3 -m pip install requests boto3
4. API 키 생성
   • Geneious 클라우드 계정의 API 키가 필요합니다. 아직 API 키가 없다면, “API 키 관리” 페이지를 참조하여 생성 방법을 확인하세요.
   • 만약 그룹 조직에서 API 키 기능이 비활성화되어 있고, 웹 브라우저를 통해 직접 다운로드하는 것이 어려운 상황이라면, 문의하여 도움을 요청하시기 바랍니다.
5. 관리자 권한
   • 스크립트를 사용해 Workspace Export 데이터를 생성하거나 다운로드하려면, 사용자는 Geneious 클라우드 내에서 Admin role 을 가지고 있어야 합니다.
     
      

사용 방법

Python 스크립트의 기본 사용법은 다음과 같습니다.

• python3 download_workspace_export.py --geneious-cloud-api-url https://api.geneious.eu <api-key> <workspace-export-id>

여기서 <api-key>와 <workspace-export-id> 부분은 본인의 실제 API 키와 작업공간 내보내기 ID로 각각 대체한 후, 터미널에서 해당 명령어를 실행하면 됩니다.

작업공간 내보내기 ID는 Geneious 클라우드 웹 인터페이스에서 확인할 수 있으며, 다음 스크린샷을 통해 위치를 참고할 수 있습니다.

추가 세부 사항

위에서 소개한 스크립트 사용 예시는 대부분의 사용자가 속해 있는 유럽(EU regional instance)을 기준으로 작성된 것입니다. 하지만, 만약 사용 중인 Geneious Cloud 웹 인터페이스 주소가 https://biologics.geneious.com 또는 https://app.geneious.com이라면, 이는 미국(US regional instance)에 해당하므로, --geneious-cloud-api-url 인자에 반드시 https://api.geneious.com을 지정해야 합니다.

Python 스크립트는 작업공간 내보내기(Workspace Export) 데이터를 멀티 파트 ZIP 파일 형식으로 순차적으로 다운로드하며, 대부분의 일시적인 네트워크 오류에 대해서는 자동으로 복구 기능이 작동합니다. 그러나 예기치 못한 치명적 오류로 인해 중단될 경우, 스크립트 출력 메시지를 확인하여 다운로드가 실패한 파트 번호를 파악한 뒤, 다음과 같은 형식으로 해당 파트부터 다운로드를 재개할 수 있습니다.

• python3 download_workspace_export.py --geneious-cloud-api-url https://api.geneious.eu/ --from-part-number <part-number> <api-key> <workspace-export-id>

여기서 주의할 점은 파트 번호는 1번부터 시작하지만, 어떤 숫자를 입력하더라도 해당 번호 이상에서 유효한 첫 번째 파일부터 다운로드가 재개됩니다.

다운로드가 완료되면, 다운로드된 ZIP 파일들을 압축 해제해야만 Geneious Prime이나 다른 프로그램에 데이터를 다시 가져올 수 있습니다. 대부분의 운영체제는 첫 번째 ZIP 파일에서 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하고 ‘압축 해제’를 선택하면 나머지 파트들을 자동으로 이어서 압축을 풀어줍니다. 또는, 7-Zip과 같은 전용 도구를 사용하여 멀티 파트 ZIP 파일 전체를 폴더 구조로 복원할 수 있습니다.

대용량 Workspace Export를 이 방식으로 다운로드할 경우, 다운로드 전체 시간 동안 인터넷 연결이 안정적으로 유지될 수 있는 컴퓨터, 고속 네트워크 환경, 그리고 전체 데이터를 저장할 수 있는 충분한 저장 공간이 확보된 환경에서 진행하는 것이 바람직합니다.

만약 스크립트 실행 중 문제가 발생한다면, 문의를 통하여 도움을 받으시기 바랍니다. 이때 실행한 명령어와 터미널에 출력된 메시지를 함께 제공해야 문제 해결에 도움이 됩니다.

단, 실제 API 키는 절대 포함하지 않도록 주의해 주세요. API 키는 보안상 중요한 정보로, 타인과 공유해서는 안 됩니다.

Python 스크립트 다운로드: download_workspace_export.py

(2025년 3월 업데이트)

Geneious Prime에서는 조직의 관리자가 Public REST API와 상호작용하는 자동화 작업을 설정할 수 있도록 API 키를 생성할 수 있습니다. 이 API 키는 기존 사용자라면 누구나 생성할 수 있으며, 필요에 따라 전용으로 서비스 계정을 별도로 만들어 사용할 수도 있습니다.

이렇게 전용 계정을 활용하면 데이터 접근 권한을 보다 명확하고 체계적으로 관리할 수 있는 장점이 있습니다. 단, 이 계정도 일반 사용자와 동일하게 Seat limit에 포함된다는 점에 유의해야 합니다.

API 키 생성하기

키는 Cloud 탭을 통해 생성 및 관리하실 수 있습니다.

해당 위치에서 API 키 섹션이 보이지 않는 경우, 현재 사용자가 조직 내 관리자 권한을 가지고 있지 않거나, 조직 자체가 API 키 기능에 대한 접근 권한을 보유하고 있지 않을 수 있습니다. 이 경우, 조직의 IT 팀에 문의하거나 Geneious에 문의해 주시기 바랍니다.

“Create” 를 클릭하여 새로운 API 키를 생성하실 수 있습니다.

이름을 지정하는 것은 단순히 API 키를 효율적으로 관리하기 위함이며, 생성 일자나 용도와 같은 정보를 포함하면 더 유용하게 활용할 수 있습니다.

API 키는 최초 1회만 확인할 수 있으므로, 반드시 안전하게 저장해 두시기 바랍니다.

API 키 확인 및 관리

API 키를 생성한 경우, 해당 키들은 위에 표시된 것처럼 Cloud 탭에서 확인할 수 있습니다. 각 키별로 마지막 사용 시각과 생성일도 함께 확인할 수 있습니다.

API 키를 삭제하고 싶다면, 해당 키를 선택한 후 "Revoke" 버튼을 클릭하세요. 해당 API 키는 즉시 비활성화되며 삭제되고, 이후에는 API 키 목록에 더 이상 표시되지 않습니다.

Geneious 클라우드 웹 작업공간 관리하기

Geneious Cloud의 웹 기반 작업공간 관리 기능을 통해 조직의 관리자는 사용자, 그룹, 기타 설정을 직접 관리할 수 있습니다. 또한, 관리자는 조직 내에서 누가 생성했는지와 상관없이 모든 API 키를 열람하고 관리할 수 있는 권한을 가집니다.

웹 앱을 사용하여 API 키를 생성하는 방법에 대한 자세한 내용은 다음 문서를 참고하실 수 있습니다.

https://help.geneiousbiologics.com/hc/en-us/articles/360061567172-Managing-API-Keys

(2025년 5월 업데이트)

Geneious 클라우드의 작업 공간 관리 기능이 웹 기반으로 전환되었습니다. 사용자는 언제 어디서든 웹 브라우저를 통해 사용자, 그룹 및 작업공간 설정을 직접 관리할 수 있습니다.

이 변경에 따라, 해당 기능은 Geneious Prime 2025.1 버전에서는 제거되었지만, 여전히 해당 웹 페이지로 연결되는 링크는 Geneious Prime 2025.1 내에서 제공됩니다.

Geneious Cloud 사용자는 새로운 작업공간 관리 페이지에 다음 링크를 통해 접근할 수 있습니다.

• https://app.geneious.eu

클라우드 작업 공간에 유저를 추가, 수정, 활성 및 비활성

공유 그룹 생성 및 관리

(2025년 5월 업데이트)

Geneious 클라우드의 작업 공간 관리 기능이 웹 기반으로 전환되었습니다. 사용자는 언제 어디서든 웹 브라우저를 통해 사용자, 그룹 및 작업공간 설정을 직접 관리할 수 있습니다.

이 변경에 따라, 해당 기능은 Geneious Prime 2025.1 버전에서는 제거되었지만, 여전히 해당 웹 페이지로 연결되는 링크는 Geneious Prime 2025.1 내에서 제공됩니다.

Geneious Cloud 사용자는 새로운 작업공간 관리 페이지에 다음 링크를 통해 접근할 수 있습니다.

• https://app.geneious.eu

클라우드 작업 공간에 유저를 추가, 수정, 활성 및 비활성

공유 그룹 생성 및 관리

(2025년 7월 업데이트)

라이선스를 활성화하는 데에 어려움을 겪고 계시다면 라이선스 관련 질문 섹션의 라이선스를 활성화 하는 방법을 알고 싶어요 를 참고하실 수 있습니다.

초기 설정

Team 또는 Enterprise 구독을 구매하면, 해당 라이선스의 소유자는 첫 번째 관리자로 로그인하여 구독을 관리하고 사용자를 추가하는 방법에 대한 안내 이메일을 받게 됩니다. 이 소유자는 동시에 클라우드 작업공간의 최초 관리자가 되며, 관련 내용은 아래 클라우드 작업공간 관리 항목에서 자세히 확인할 수 있습니다.

과거에 Geneious의 구 버전 라이선스 모델을 사용한 적이 있다면, 이제는 라이선스 키를 배포하거나 라이선스 서버를 설치할 필요가 없다는 점에 유의해야 합니다. 대신, 사용자를 이메일 주소로 초대하고, 초대 받은 사용자가 비밀번호를 설정하여 소프트웨어를 활성화하는 방식으로 전환되었습니다. 이는 Microsoft Office나 Adobe Creative Cloud와 유사한 사용자 인증 방식입니다.

만약 기존 My Account 계정이 없다면, Geneious 라이선스에 접근하고 이를 관리하기 위해 계정을 새로 생성해야 합니다.

이미 해당 이메일 주소로 My Account가 존재한다면, 기존 계정으로 로그인하여 라이선스 세부 정보를 확인할 수 있습니다.

라이선스를 구매했지만 직접 소프트웨어를 사용할 계획이 없다면, 사용자 목록에서 본인을 삭제해도 무방합니다. 이 경우에도 여전히 라이선스를 관리하고 클라우드 작업 공간을 운영하는 관리자 역할은 유지됩니다.

라이선스에 사용자 초대하기

관리자는 My Account에 로그인한 후, [Seats] > [Add] 옵션을 통해 이메일 주소를 입력하여 사용자를 구독에 초대할 수 있습니다.

초대받은 사용자에게는 Geneious를 Email Sign In 방식으로 활성화하는 방법에 대한 안내 이메일이 발송됩니다.

사용자가 활성화를 완료하면, 관리자는 활성화된 사용자 목록을 확인할 수 있으며, 그에 따라 사용자 추가, 삭제, 디바이스 관리, 검색 및 목록 내보내기(Export) 등의 작업을 수행할 수 있습니다.

추가 관리자 지정하기

라이선스 소유자가 부재 중일 경우를 대비해 추가 관리자를 지정하는 것을 권장드립니다.

추가하려면 [Settings] 메뉴로 이동한 후, Alternate Admins 항목에 해당 사용자의 이메일 주소를 입력하고 [Add] 버튼을 클릭하면 됩니다.

추가된 관리자는 사용자를 추가하거나 삭제할 수 있는 권한을 가지지만, 라이선스 seat를 차지하지 않으며, 별도로 권한이 부여되지 않는 한 클라우드 작업 공간에는 접근할 수 없습니다.

클라우드 작업공간

Team 및 Enterprise 구독을 사용하면 Geneious 클라우드 공유 작업공간에 접근할 수 있으며, 이를 통해 동료들과 데이터를 손쉽게 공유하고 협업하며, 모든 데이터를 하나의 위치에 통합할 수 있습니다.

라이선스에 초대된 사용자는 처음 라이선스를 활성화할 때 자동으로 클라우드 작업공간에 로그인되며, Cloud → Workspace 경로 아래에 자신의 사용자 이름이 표시된 개인 폴더를 확인할 수 있습니다. 이 폴더는 기본적으로 비공개(private)로 설정되어 있습니다.

모든 사용자는 Workspace 폴더 내에 새로운 상위 폴더를 직접 생성할 수 있으며, 해당 폴더에 대해 누가 열람하거나 편집할 수 있는지 권한을 설정할 수 있습니다. 관리의 복잡성을 줄이기 위해, 권한은 최상위 폴더에만 설정할 수 있으며, 하위 폴더들은 해당 상위 폴더와 동일한 권한을 공유합니다.

예를 들어, 조직 내 특정 프로젝트나 부서 전용의 폴더를 새로 만들고, 'Manage Sharing' 기능을 통해 관련 구성원들에게 접근 권한을 부여할 수 있습니다. 기본적으로는 상위 폴더를 생성한 사용자만 접근할 수 있으며, 폴더를 우클릭한 뒤 나오는 드롭다운 메뉴에서 사용자 추가 및 권한 관리를 설정할 수 있습니다.

클라우드 작업공간 관리

클라우드 작업공간의 관리자 역할은 앞서 설명한 My Account와는 별도로 관리됩니다.

최초에는 라이선스를 구매한 계정 소유자(구매자)만이 클라우드 작업공간의 관리자 권한을 가지며, 이후에는 필요에 따라 관리자 포털을 통해 추가 관리자를 지정할 수 있습니다. 이는 초기 관리자가 부재 중일 경우를 대비하여 반드시 권장되는 설정입니다.

클라우드 작업공간 관리는 다음 웹 포탈에서 수행할 수 있습니다.

• https://app.geneious.eu/

해당 포털의 사용 방법에 대한 안내는 Geneious 클라우드 공유 및 설정 관리하기 문서를 통해 확인하실 수 있습니다.

관리자(라이선스 소유자 포함)라 하더라도 모든 폴더를 자동으로 열람할 수 있는 권한은 없으며, 오직 공유된 폴더만 볼 수 있습니다.

사용자의 개인 폴더는 해당 사용자가 비활성화 처리되기 전까지는 관리자도 열람할 수 없습니다.

자주 묻는 질문

• 클라우드에 파일을 생성하면 기본적으로 비공개인가요, 아니면 모든 사용자에게 공유되나요?
  • 파일이 생성되는 상위 폴더의 공유 권한 설정에 따라 결정됩니다. 루트 작업공간(Workspace) 하위에 직접 생성한 폴더는 기본적으로 비공개입니다.
• 개별 파일 단위로 공유가 가능한가요, 아니면 폴더 단위로만 공유되나요?
  • 공유 권한은 폴더 단위로만 설정할 수 있으며, 개별 파일 단위로는 설정할 수 없습니다.
• My Account에서 사용자를 삭제하면 어떻게 되나요?
  • 해당 사용자는 Geneious에서 제한 모드(restricted mode)로 전환되며, 클라우드 작업공간에서 로그아웃되고, 그 사용자가 가지고 있던 비공개 데이터는 클라우드 작업공간 관리자에게 자동 이전됩니다.
• My Account에서 디바이스가 비활성화되면 어떻게 되나요?
  • 해당 디바이스는 제한 모드로 전환되며, 클라우드에는 읽기 전용(read-only)으로 로그인된 상태가 유지됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime는 높은 수준의 메모리와 CPU 성능을 요구하며, 더 이상 32비트 운영 체제에서는 지원되지 않습니다. NGS(Next Generation Sequencing) 데이터를 분석할 경우 최소 16GB의 RAM을 권장하며, 분석하려는 유전체의 크기, 데이터셋의 용량, 수행하는 분석의 종류에 따라 이보다 훨씬 더 많은 메모리가 필요할 수 있습니다.

Geneious Prime은 일반적으로 사용 가능한 최대 메모리(RAM)를 자동으로 할당합니다. 이는 보통 컴퓨터가 가진 전체 메모리에서 약 2GB를 제외한 값입니다. 특정 작업에 할당되는 메모리의 양을 직접 설정하는 것은 일반적으로 불가능하지만, 메모리 부족 문제가 자주 발생한다면 다음 사항을 점검하는 것이 좋습니다.

• 첫째, 데이터셋에 적합한 알고리즘 또는 분석 방법을 사용하고 있는지 확인해야 합니다. 분석 속도가 느릴 경우에는 “정렬이 너무 오래 걸려요” 등 Geneious 기능 관련 항목을 참고해보시기 바랍니다.
• 둘째, 좌측 하단 Sources 패널 아래에 있는 메모리 사용량 표시줄을 확인하여 실제로 Geneious가 사용하는 메모리량을 파악해야 합니다. 분석을 수행하지 않고 있음에도 불구하고 많은 메모리를 사용하는 것으로 보인다면, 인덱서(Indexer)가 실행 중인지 확인하고, 불필요한 메모리를 해제하기 위해 표시줄을 클릭하여 강제로 가비지 컬렉션(garbage collection)을 실행할 수 있습니다. 관련 내용은 ‘분석을 하지 않는데도 너무 많은 메모리를 사용하는 것 같아요’ 항목을 참고하세요.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 사용할 수 있는 최대 메모리(RAM)를 늘리려면 다음과 같이 설정하면 됩니다.

1. Geneious Prime 상단 메뉴에서 Tools → Preferences로 이동합니다.
2. General 탭에서 “Max memory available to Geneious” 항목의 값을 원하는 만큼 증가시킵니다.
3. 변경 사항을 적용하려면 Geneious Prime을 재시작해야 합니다.

Windows Vista, 7, 8, 10에서는 이 설정을 변경하려면 관리자 권한으로 Geneious를 실행해야 합니다.

즉, Geneious를 종료한 뒤, 아이콘을 오른쪽 클릭 → 관리자 권한으로 실행(Run as administrator)을 선택하여 다시 실행한 후 설정을 변경하세요.

이렇게 하면 Geneious가 사용할 수 있는 메모리 한도를 늘릴 수 있어, 대용량 데이터를 다룰 때 보다 안정적으로 작동할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

• 화면 왼쪽 하단의 Sources 패널 아래에 있는 Memory Usage Bar(메모리 사용량 표시줄)을 확인하세요.

  이 바는 Geneious가 사용할 수 있는 총 메모리와 현재 사용 중인 메모리 양을 보여줍니다.

• 만약 이 표시줄이 보이지 않는다면, Tools → Preferences → Appearance and Behavior 탭으로 이동하여 표시 설정을 활성화하세요.

유의사항:

• Geneious는 Java Virtual Machine (JVM) 내에서 실행되므로, 작업 관리자(Task Manager, Windows)나 활동 모니터(Activity Monitor, Mac)에서 보는 메모리 사용량은 JVM 전체 사용량이며, Geneious 단독의 정확한 메모리 사용량은 아닙니다.
• 또한 Geneious 내에서 실행되지 않고 외부에서 실행되는 PAUP, PHYML 등의 플러그인이 사용하는 메모리는 메모리 바에 포함되지 않습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 1GB 이상의 RAM을 할당할 수 없는 이유는 사용 중인 운영 체제가 32비트(32-bit)이기 때문입니다.

32비트 운영 체제에서는 애플리케이션이 사용할 수 있는 최대 메모리 한계가 1GB로 제한되어 있습니다. 이로 인해 Geneious에서도 1GB 이상의 메모리 할당이 불가능합니다.

64비트 운영 체제로 업그레이드하세요. 그리고 64비트 버전의 Geneious Prime을 설치해야 더 많은 RAM을 할당할 수 있습니다.

64비트 환경에서는 Geneious가 훨씬 더 많은 메모리를 사용할 수 있으므로, 특히 대용량 NGS 데이터나 복잡한 분석을 수행할 때 필수적입니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 아무런 분석을 수행하지 않고 있을 때에도 메모리 사용량이 많아 보이는 이유는, Java 메모리 관리 방식 때문입니다.

Geneious는 Java Virtual Machine(JVM) 상에서 실행되며, JVM은 사용했던 메모리를 즉시 반환하지 않고 일정량을 유지합니다. 이로 인해 메모리 사용량이 점점 올라가거나 갑자기 떨어지는 것처럼 보일 수 있습니다.

Geneious Prime에서 대용량 계통분석(예: PAUP 또는 PHYML을 이용한 분석)을 실행하고 있음에도 불구하고 메모리 사용량이 거의 보이지 않는 것처럼 나타나는 이유는, Geneious의 메모리 사용량 표시줄에는 외부 플러그인에서 사용하는 메모리가 포함되지 않기 때문입니다.

PAUP, PHYML과 같은 일부 분석 플러그인은 Geneious 내부에서 실행되는 것이 아니라, 독립된 외부 프로그램으로 실행되며, Geneious와는 별도로 시스템 자원을 사용합니다. 따라서 Geneious 내의 메모리 표시줄에는 이러한 외부 프로그램이 사용하는 메모리가 나타나지 않습니다.

실제 메모리 사용량을 확인하고 싶다면, Windows의 작업 관리자(Task Manager)나 macOS의 활동 모니터(Activity Monitor)와 같은 시스템 모니터링 도구를 통해 확인해야 합니다. 이들 도구에서는 Geneious 외부에서 실행 중인 PAUP, PHYML 등의 프로세스가 사용하는 메모리와 CPU 자원을 확인할 수 있습니다.

Geneious Prime이 내부적으로 메모리를 거의 사용하지 않는 것처럼 보여도, 외부 플러그인을 통해 실행되는 분석에서는 상당한 시스템 자원이 사용될 수 있으며, 이를 확인하려면 시스템 수준의 모니터링이 필요합니다.

Geneious Prime에 모든 RAM을 할당했더니 컴퓨터 속도가 느려지는 경우가 종종 발생합니다. 이는 운영체제가 원활하게 작동하기 위해 필요한 메모리까지 Geneious에 할당해버렸기 때문입니다.

Geneious는 Java Virtual Machine(JVM) 상에서 작동하는데, JVM이 실행되면 Geneious에 할당된 메모리는 운영체제에서 사용할 수 없습니다. 따라서 Geneious에 과도한 메모리를 할당하면, 운영체제가 사용할 수 있는 메모리가 부족해져 전체 시스템 속도가 현저히 느려질 수 있습니다.

• RAM이 8GB 이하인 경우: 전체 RAM의 절반까지만 Geneious에 할당하세요.
• RAM이 8GB 초과인 경우: 최소 4GB는 운영체제에 남겨두고, 나머지를 Geneious에 할당하세요.

16GB RAM을 가진 컴퓨터라면 Geneious에 12GB까지 할당할 수 있지만, 이보다 더 많이 할당하면 시스템 성능에 영향을 줄 수 있습니다.

(2025년 1월 업데이트)

Geneious Prime 2022 버전부터는 그래픽 사용자 인터페이스(GUI) 없이도 Command Line Interface을 통해 Geneious 작업을 실행할 수 있습니다.

필수 조건

• 해당 컴퓨터에 정품 Geneious Prime이 설치되어 있어야 합니다.

• 라이선스는 GUI 상에서 활성화했거나, 또는 geneious.properties 파일을 이용해 사전에 설정되어 있어야 합니다.

  (자세한 방법은 Geneious 사용자 매뉴얼의 Advanced Administration 챕터 참고)

• 사용할 플러그인이 있다면, 반드시 GUI의 Plugins 메뉴를 통해 사전 설치해야 합니다.

운영체제별 설정

• Windows / Linux
  • 별도의 설정 없이 설치 후 바로 CLI 사용이 가능합니다.
  • 명령줄(Command Prompt 또는 Terminal)을 열고 geneious라고 입력하면 실행됩니다.
• macOS
  • macOS에서는 geneious 명령을 모든 디렉토리에서 실행할 수 있도록 심볼릭 링크(symlink)를 직접 생성해야 합니다.
  • CLI를 사용하기 위해 터미널에서 geneious 명령어를 인식하게 설정해야 합니다. 아래 명령어를 입력해 심볼릭 링크를 생성하세요: sudo ln -sf /Applications/Geneious\\ Prime.app/Contents/Resources/app/resources/geneious /usr/local/bin

기본 명령 형식

geneious -i <입력파일> --operation <작업명> [옵션들] -o <출력파일>

특정 분석 작업을 수행하는 명령어는 기본적으로 위의 형식을 따릅니다.

자주 사용하는 명령어

• 사용 가능한 모든 작업 목록 보기: geneious --list
• 특정 작업의 세부 옵션 보기: geneious --options-for <작업명>
• 고급 옵션 포함해서 보기: geneious --options-for <작업명> --advanced
• CLI 사용 예시 보기: geneious --examples

Geneious 데이터베이스 내 문서 사용하기 (2022.2 이상)

Geneious Prime 2022.2부터는 로컬(Local) 또는 공유(Shared) 데이터베이스의 문서를 .geneious 파일로 내보내지 않고도 내부 데이터베이스에 있는 문서를 CLI에서 직접 사용할 수 있습니다.

문서를 CLI 명령어에 입력할 때는 데이터베이스 이름 뒤에 콜론(:)을 붙이고, 그 뒤에 Geneious 내의 폴더 경로와 문서 이름을 적습니다.

예를 들어 로컬 데이터베이스에서 문서를 사용하고 싶다면 -i "Local:folder/folder/document" 형식으로 작성합니다.

공유 데이터베이스의 경우에는 -i "my_shared_database:folder/folder/document" 형식으로 입력하면 됩니다.

my_shared_database는 사용자의 공유 데이터베이스 이름을 의미하며, folder/folder/document는 Geneious 내부에서 해당 문서가 위치한 경로입니다.

Geneious 데이터베이스에서 CLI로 파일을 가져오거나 내보내는 추가 예시는 User Manual의 Command Line Interface(CLI) 관련 장을 참고하시기 바랍니다.

또한 명령줄 인터페이스(CLI)는 옵션 프로파일 파일(options profile file) 또는 Geneious 워크플로우 파일(workflow file)과 함께 사용할 수 있습니다. 이를 통해 알고리즘 옵션 설정을 단순화하고 반복 작업을 자동화할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime 2022.0부터 다크 모드(Dark Mode) 기능이 제공됩니다. 이 기능을 사용하려면, 상단 메뉴에서 Tools → Preferences로 이동한 후, Appearance and Behaviour 탭을 선택하세요. 여기서 Color Theme 항목을 Geneious Dark Theme으로 변경하면 다크 모드가 적용됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime 2020부터는 문서, 폴더, 작업 등을 보다 쉽게 찾을 수 있도록 향상된 검색 인터페이스가 제공됩니다.

검색을 시작하려면 Geneious 화면 우측 상단에 있는 Search 박스를 클릭하거나, 단축키 Shift + Ctrl (또는 Cmd) + F를 사용하세요.

검색창을 처음 클릭하면 최근에 열었던 문서 및 폴더 목록이 나타나므로, 자주 사용한 파일을 빠르게 다시 열 수 있습니다.

검색창에 텍스트를 입력하면 일치하는 결과가 실시간으로 업데이트됩니다. 기본적으로 검색은 로컬 및 공유 데이터베이스의 모든 폴더를 대상으로 수행됩니다. 검색 범위를 현재 폴더로 제한하려면 검색 설정에서 "Everywhere"를 "This folder"로 변경하세요.

또한 "Match" 옵션을 통해 전체 필드를 검색할지, 아니면 문서 이름만 검색할지를 선택할 수 있습니다.

이러한 설정은 검색 창을 닫을 때까지 유지됩니다.

고급 검색(Advanced Search) 기능을 사용하면 선택한 폴더 내 문서에 대해 보다 세부적인 조건으로 검색할 수 있습니다.

예를 들어, 특정 문서 필드 내의 단어나 문장을 찾거나, 여러 조건을 조합하여 검색할 수 있습니다.

이를 사용하려면 "Selected Folder"에서 Advanced Search를 클릭한 다음, More Options 버튼을 눌러 추가 조건을 설정하세요.

검색할 문서 필드는 가장 왼쪽의 드롭다운 메뉴에서 선택할 수 있으며, 검색 조건을 제한하는 옵션은 가운데 메뉴에서 선택할 수 있습니다.

여러 필드를 동시에 검색하거나 다수의 검색어를 사용하고자 할 경우에는 ‘+’ 버튼을 클릭하여 조건을 추가할 수 있습니다.

검색 창 상단에서 ‘모든 조건(All)’을 만족해야 할지, 또는 ‘하나라도 해당(Any)’하면 될지를 선택할 수 있습니다.

고급 검색 옵션에 대한 자세한 내용은 Geneious 사용자 매뉴얼의 4.2.1을 참고하세요.

필터링 기능

Geneious Prime 2021.1부터는 문서 테이블 상단에 빠른 필터(Quick Filter) 기능이 포함되어 있습니다.

사용 방법은 다음과 같습니다:

1. 문서 테이블 위의 필터 아이콘을 클릭하세요.
2. 검색하고자 하는 텍스트를 입력하세요.
3. 입력한 텍스트와 일치하는 문서만 테이블에 표시되며, 나머지 문서는 숨겨집니다.
4. 전체 문서를 다시 보려면 필터 박스를 지우거나 닫기 하세요.
   

이 필터 기능은 NCBI와 같은 공용 데이터베이스에서 검색할 때에도 실시간 필터링 용도로 사용할 수 있습니다.

필터 박스에 원하는 텍스트를 입력하면, 원래의 검색 조건(입력한 검색어) 과 필터 텍스트를 모두 만족하는 문서만 화면에 표시됩니다.

이를 통해 검색 결과가 많은 경우에도 원하는 문서를 신속하게 추려낼 수 있습니다.

Geneious에서 특정 기능이나 도구의 위치를 기억하지 못할 경우, 상단의 검색창에 해당 기능명을 입력하면 됩니다.

입력한 내용과 일치하는 작업(Operations) 이 검색되며, 해당 기능이 Geneious 메뉴 내 어디에 위치하는지도 함께 표시됩니다.

이 기능은 특히 Workflow를 찾을 때에도 유용하게 사용할 수 있습니다.

검색창에 작업명을 입력하면, 오른쪽 항목 아래에 해당 작업이 Geneious 메뉴의 어디에 위치하는지 표시됩니다.

표시된 결과를 클릭하면, 해당 작업의 옵션 설정 창이 열려 바로 실행할 수 있습니다.

특정 문서 내에서 서열, 주석(annotation), 또는 서열 이름에 포함된 특정 모티프(motif)를 검색하려면, 검색창에서 Find in 'Selected Document’ 옵션을 클릭하세요.

이 기능은 편집(Edit) 메뉴나 단축키 cmd(또는 ctrl)-F를 통해서도 실행할 수 있습니다.

검색이 완료되면, 일치하는 영역이 문서 내에서 자동으로 선택되어 표시됩니다.

문서 내에서 서열 모티프(sequence motif)를 검색하는 또 다른 방법은 Annotate and Predict 메뉴 아래의 Find Motifs 기능을 사용하는 것입니다.

이 방법은 다음과 같은 추가 기능을 제공합니다:

• Allow mismatches: 지정한 모티프와 약간 다른 서열도 탐지할 수 있습니다.
• PROSITE 형식 패턴 지원: PROSITE 스타일의 정규 표현을 이용한 서열 패턴 검색이 가능합니다.

검색된 모티프는 해당 서열에 annotation 형태로 표시됩니다.

2023년 업데이트)

Geneious Prime은 RNA-Seq 데이터를 다룰 수 있으며, 다음과 같은 기능을 제공합니다.

RNA-Seq 데이터의 정렬 (Reference 기반)

Geneious Prime(R9 버전 이상)에서는 Geneious RNA assembler를 사용하여 RNA-Seq 리드를 유전체 참조 서열(reference genome)에 정렬할 수 있습니다. 이 assembler는 다음과 같은 기능을 지원합니다:

• novel intron을 탐지하여 정확한 스플라이싱 지점을 파악할 수 있습니다.
• junction annotation, CDS, mRNA annotation 등을 바탕으로 리드를 정확히 mapping할 수 있습니다.
• fusion gene을 탐지할 수 있습니다.

Transcriptome de novo Assembly

전사체 de novo 조립을 위해 Geneious는 SPAdes assembler(SPAdesRNA 모드)를 제공합니다. SPAdes를 사용할 때 데이터 유형을 RNA로 설정하면 됩니다.

Geneious 자체 assembler는 de novo 전사체 조립에는 적합하지 않기 때문에, 해당 목적으로는 SPAdes 사용을 권장합니다.

유전자 발현 분석 (Expression Analysis)

Geneious R8 이상에서는 디지털 유전자 발현 분석 기능이 제공됩니다.

• TPM, RPKM, FPKM 계산: 개별 샘플에 대해 발현량을 계산하고, 결과를 heatmap 형식으로 reference 서열에 annotation으로 표시합니다.
• 샘플 간 발현 비교:
  • 복제 샘플이 없는 경우 Geneious의 기본 비교 도구를 사용할 수 있습니다.
  • 복제 샘플이 있는 경우 DESeq2를 이용한 분석이 가능합니다.
  • 이를 위해 각 샘플에 대해 발현량을 계산하고 결과 트랙을 저장한 후, reference 서열을 선택하여 비교를 실행합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime은 자동화를 위해 두 가지 기능을 제공합니다.

첫째, Geneious R7부터 제공되는 워크플로우(Workflow) 기능을 사용하면 그래픽 사용자 인터페이스(GUI) 내에서 여러 작업을 순차적으로 구성하여 자동화된 분석 파이프라인을 만들 수 있습니다.

이 기능은 Tools > Workflows 메뉴에서 접근할 수 있으며, 자주 수행하는 분석 과정을 미리 정의하여 반복 작업을 줄이고 일관된 결과를 얻는 데 유용합니다.

둘째, Geneious Prime 2022부터는 명령줄 인터페이스(Command Line Interface, CLI)가 도입되어 GUI 없이도 Geneious 작업을 실행할 수 있습니다.

CLI를 사용하면 외부 스크립트나 서버 환경에서 Geneious를 자동으로 실행할 수 있으며, 라이선스가 활성화된 설치 환경에서 geneious 명령어로 분석을 수행할 수 있습니다.

워크플로우와 CLI는 독립적으로 사용할 수도 있고, 함께 활용하여 더욱 정교한 자동화 작업을 구성할 수도 있습니다. CLI에서는 명령어를 통해 입력 파일, 수행할 작업, 설정 옵션, 출력 파일 등을 지정할 수 있으며, 복잡한 분석도 스크립트로 반복 실행할 수 있습니다.

보다 자세한 사용법과 예시는 Geneious 사용자 매뉴얼의 "Command Line Interface" 및 "Workflows" 섹션에서 확인할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime는 멀티스레드를 지원하므로, 여러 개의 코어를 사용하는 환경에서는 동시에 여러 작업을 병렬로 실행할 수 있습니다. 다만, 하나의 분석 작업에서 여러 코어를 사용하는 기능은 모든 분석에 적용되는 것은 아니며, 아래와 같은 일부 작업에 한해 다중 코어를 활용할 수 있습니다.

멀티코어 사용이 가능한 분석 작업:

🔹De novo assembly

• Geneious
• Tadpole
• Velvet
• SPAdes
• Flye (Geneious Prime 2020 이상)

🔹 Reference mapping

• Geneious
• Bowtie
• Bowtie2
• TopHat
• BBMAP
• Minimap2 (Geneious Prime 2020 이상)

🔹 다중 서열 정렬 (Multiple alignment)

• MAFFT
• Clustal Omega (Geneious Prime 2020 이상)

🔹 Custom BLAST

• BLAST+ (NCBI Blast+)

RAxML의 일부 tree building 알고리즘을 제외하고, 대부분의 계통수 생성 알고리즘은 멀티코어를 사용하지 않습니다. 이들은 애초에 병렬 처리가 가능하도록 설계되지 않았기 때문에 다중 CPU를 활용할 수 없습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious R10 이상 버전에서는 동일한 문서를 데이터베이스 내 여러 위치에 동기화된 복사본( alias) 형태로 만들 수 있습니다. 이 기능은 컴퓨터의 심볼릭 링크(symlink) 또는 바로가기와 유사하며, 별칭이나 원본 중 어느 쪽에서든 변경을 가하면 원본 문서에 반영됩니다.

🔹 alias 생성하기

• 방법 1: 문서를 복사한 후, 원하는 위치에서 Edit → Paste Alias를 선택합니다.
• 방법 2: 문서를 드래그하여 다른 폴더로 옮기되,

  • Windows: Ctrl + Shift

  • Mac: Command + Option

    키를 누른 상태에서 드래그 앤 드롭합니다.

🔹 alias 문서의 특징

• alias 문서는 문서 아이콘 위에 작은 곡선 화살표가 표시됩니다.
• alias 문서를 우클릭하고 Go to Alias Source를 선택하면 원본 문서 위치로 이동할 수 있습니다.
• alias을 원본과 연결되지 않은 독립된 문서로 전환하고 싶을 경우:
  • alias 문서를 선택한 후 File → Save As를 클릭하면 새로운 독립 문서가 생성됩니다.

주의 사항

• 서로 다른 데이터베이스(Local ↔ Shared) 간에는 별칭을 만들 수 없습니다.

  예: 로컬 데이터베이스의 문서를 공유 데이터베이스 폴더에 별칭으로 넣을 수 없음.

(2021년 업데이트)

1. 상단 메뉴에서 Edit → Find in Document 를 선택합니다.
2. 검색 조건에서 In Sequence Names 옵션을 선택합니다.
3. 찾고자 하는 시퀀스 이름을 입력합니다.
4. 다음 중 원하는 방식으로 검색합니다:
   • Find Next: 다음에 일치하는 시퀀스를 하나씩 순차적으로 찾습니다.
   • Find All: 입력한 이름과 일치하는 모든 시퀀스를 한 번에 표시합니다.
     
      

검색된 시퀀스를 추출하는 방법

1. 원하는 시퀀스 이름으로 검색한 후, Search 창에서 Close를 클릭하여 창을 닫습니다.

   → 이때 검색된 시퀀스들은 시퀀스 뷰어 상에서 선택된 상태로 유지됩니다.

2. 시퀀스 뷰어 상단의 Extract 버튼을 클릭합니다.

   → 선택된 시퀀스를 별도의 시퀀스 목록(Sequence List)으로 추출합니다.

3. 검색 결과가 복수 개일 경우, 해당 시퀀스들을 모두 새 목록으로 추출합니다.

   → 결과가 1개만 있을 경우, 해당 단일 시퀀스가 추출됩니다.
   

시퀀스 이름별로 개별 검색 및 추출 (반복 작업)

• 앞서 설명한 단일 이름 검색 및 추출 과정을 각 시퀀스 이름마다 반복합니다.

  → 간단하지만 많은 수의 시퀀스를 추출할 경우 비효율적입니다.

Extract Sequences by Name 워크플로우 사용 (권장)

• Geneious R8 이상 버전에서는 다음 경로를 통해 여러 이름 기반 시퀀스를 한 번에 추출할 수 있습니다:

  Workflows 메뉴 → Run Workflow → 드롭다운에서 Extract Sequences by Name 선택

• 해당 워크플로우를 실행하면, 추출하고자 하는 시퀀스 이름들을 콤마 또는 줄바꿈으로 구분하여 입력할 수 있으며, 해당 이름들과 일치하는 시퀀스만 추출됩니다.
  

Geneious에서 여러 시퀀스를 이름 기준으로 추출할 때

시퀀스 이름 입력 방법

추출하려는 시퀀스 이름들을 입력합니다. 각 이름은 사용자가 선택한 구분자(예: 쉼표, 줄바꿈 등)로 구분합니다.

이 기능들은 Workflows → Run Workflow → Extract Sequences by Name 메뉴에서 실행할 수 있습니다.
 

• Match partial names (부분 일치 허용)

  이 옵션을 선택하면, 입력한 이름과 부분적으로만 일치하는 시퀀스도 함께 추출됩니다.

• Extract partial name matches to separate documents (부분 일치 결과 분리 저장)

  위의 부분 일치 결과를 정확히 일치하는 시퀀스와 별도의 목록으로 저장합니다.

  → 일치 정도에 따라 결과를 분리해서 보고자 할 때 유용합니다.

Extract inverse instead (역방향 추출)

입력한 이름과 일치하지 않는 시퀀스만 추출합니다.

→ 특정 시퀀스를 제외하고 나머지를 추출하고자 할 때 사용합니다.

Geneious는 검색 결과와 일치하는 시퀀스를 자동으로 추출하여, filtered_<문서이름> 형식의 새 파일로 저장합니다. 즉, 검색된 시퀀스들은 원본 목록에서 분리되어, 자동으로 이름이 지정된 새로운 시퀀스 리스트로 만들어집니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime는 Nicking enzyme (니킹 엔도뉴클레아제) 절단 부위를 탐지할 수 있습니다.

"Find Restriction Sites" 도구 사용

Geneious Prime의 Restriction Analysis 기능을 사용하면 nicking enzyme의 절단 부위를 찾고 주석(annotation) 처리할 수 있습니다.

1. Nicking enzyme 리스트 불러오기

   Geneious에서 제공하는 .geneious 파일(상업적으로 사용 가능한 nicking enzyme 목록 포함)을 가져옵니다.

2. Candidate Enzymes 설정

   Restriction Analysis 탭에서 위에서 불러온 enzyme 리스트를 Candidate Enzymes로 설정합니다.

3. Advanced 설정 조정

   [Advanced] 버튼을 눌러 탐지하고자 하는 enzyme 유형(예: nicking, double-stranded 등)을 선택할 수 있습니다.
   
    

   이 nicking enzyme 리스트는 REBASE (Restriction Enzyme Database)의 데이터를 기반으로 제공됩니다.

   Nicking Enzymes.geneious

   해당 리스트를 사용하실 경우 출처를 반드시 인용해 주세요: http://rebase.neb.com

(2024년 업데이트)

Geneious R8 이후 버전부터는 EMBOSS 도구들이 기본 내장되어 있지 않고, 외부 플러그인 형태로 제공됩니다.

이전 버전에서 Annotate and Predict 메뉴에 있던 EMBOSS 도구들을 사용하려면, Plugins 메뉴에서 설치 해야 합니다.

EMBOSS 단백질 분석 플러그인(EMBOSS Protein Analysis Plugin)에는 항원성 영역을 예측하는 antigenic, 신호 펩타이드 절단 부위를 예측하는 sigcleave, 단백질 2차 구조를 예측하는 garnier가 포함되어 있습니다.

EMBOSS 뉴클레오타이드 분석 플러그인(EMBOSS Nucleotide Analysis Plugin)에는 전사인자 결합 부위를 찾는 tfscan과 단백질 코딩 영역을 예측하여 그래프로 보여주는 tcode 기능이 포함되어 있습니다.

이 플러그인들을 설치하면, tcode는 Graphs 탭에서 확인할 수 있으며, 나머지 기능들은 Annotate and Predict 메뉴에 표시되어 기존과 동일한 방식으로 사용할 수 있습니다. 각 도구에 대한 자세한 설명과 사용법은 Geneious 사용자 설명서 또는 EMBOSS 공식 문서를 참고하면 됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious의 Tools 메뉴에 있던 “Download Annotation Tracks” 기능은 더 이상 사용할 수 없습니다. 이 기능은 원래 Broad Institute에서 제공하던 annotation track 데이터를 다운로드하기 위한 기능이었으나, Broad Institute 측의 데이터 구조 변경으로 인해 Geneious와의 호환이 중단되었기 때문에 해당 기능이 제거되었습니다.

따라서 Geneious 8.1 버전부터는 이 기능이 아예 메뉴에서 사라졌으며, 그 이전 버전을 사용하는 사용자들도 해당 기능은 더 이상 작동하지 않습니다.

annotation 데이터가 필요한 경우, Broad Institute나 다른 공개 데이터베이스(NCBI, Ensembl 등)에서 직접 파일(GFF, GTF 등)을 다운로드하여 Geneious에 수동으로 불러와야 합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious 7.0 및 6.1.7 이하 버전에서는 UniProt 검색 서비스가 더 이상 작동하지 않습니다.

이는 EBI(European Bioinformatics Institute) 측의 서비스 방식 변경으로 인해 발생한 문제입니다.

• 이 문제는 Geneious 7.1 이상 버전에서 해결되었으며,
• Geneious R6 사용자의 경우에는 6.1.8 버전부터 정상적으로 작동합니다.

따라서 UniProt 검색 기능을 사용하려면 반드시 해당 이상 버전으로 업그레이드해야 합니다.

(2023년 업데이트)

이미 확인된 ORF, CDS 또는 mRNA 영역에 대해 BLAST를 사용해 서열을 주석(annotation) 하고자 한다면, Geneious의 Annotate by BLAST 도구를 활용할 수 있습니다.

이 기능은 선택한 유형의 주석(ORF, CDS, mRNA)을 찾아 번역한 후, 지정한 BLAST 단백질 데이터베이스에 대해 blastp를 수행합니다. BLAST 결과에서 얻은 주석은 유사도 임계값을 충족하는 경우 원본 서열에 직접 추가됩니다.

Annotate by BLAST 기능을 이용한 서열 주석 방법

1. 서열에 ORF, CDS 또는 mRNA 주석 추가하기

   아래 두 가지 방법 중 선택할 수 있습니다.

   • Annotate and Predict 메뉴의 Find ORF 옵션 또는 Glimmer 플러그인을 사용해 ORF 주석 추가
     

   • Augustus 플러그인을 활용해 CDS 또는 mRNA 주석 추가
     
     

2. 주석이 달린 뉴클레오타이드 서열을 선택한 후 Annotate and Predict 메뉴에서 Annotate by BLAST 도구를 선택합니다.

   • 나타나는 창에서, 주석 유형(ORF, CDS 또는 mRNA)을 드롭다운에서 선택하고, 해당 서열의 Genetic code를 설정합니다.
     

3. BLAST를 수행할 데이터베이스를 선택합니다.
   • Maximum Hits 옵션에서 반환할 최대 BLAST 결과 수를 설정할 수 있으며, 동일한 영역에 여러 결과가 일치할 경우, 최상위 결과만 주석에 반영됩니다.

4. 필요한 경우에 similarity 슬라이더를 조정하여 번역된 주석 및 BLAST 결과 간 유사도 임계값을 설정할 수 있습니다.

5. OK를 클릭하면 BLAST 검색이 수행되며, 검색 수행 동안에도 Geneious 의 다른 기능을 사용할 수 있습니다.

검색이 완료되면, BLAST 결과의 주석이 역번역되어 유사도 기준을 만족하는 경우에 원본 서열에 자동으로 옮겨집니다.

주석은 원래 뉴클레오타이드 서열의 주석 속성과 함께, BLAST 결과의 출처와 유사도(%) 정보도 포함합니다.

* 참고사항

• 주석이 많은 경우, NCBI BLAST 대신 사용자 지정 custom BLAST 를 권장드립니다.
• BLAST 데이터베이스가 클수록 검색 속도는 느려집니다.
• 사용자 지정 BLAST 설정 방법은 다음을 참고하실 수 있습니다. 내 커스텀 데이터베이스를 이용해서 시퀀스에 주석을 부여하고 싶어요
• 사용자 지정 BLAST 데이터베이스는 주석이 포함된 서열 또는 NCBI에서 포맷된 DB 파일로 구성되어야 하며, FASTA 파일처럼 주석이 없는 서열은 사용하실 수 없습니다.

추가 옵션

More option 메뉴에서는 E-value, word size, substitution matrix, 사용할 CPU 수 등 다양한 BLAST 파라미터를 설정할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

아래는 Geneious Prime에서 시퀀스를 빠르게 탐색, 선택 및 편집할 때 사용할 수 있는 키보드 단축키 목록입니다. (Windows와 Mac에서 다를 경우, Windows 단축키가 먼저 표시되고, Mac 단축키는 괄호 안에 표시되어 있습니다. Mac에서는 alt키를 option키로 사용합니다.)

시퀀스 탐색 및 이동 단축키

• 좌우 화살표 : 좌우로 1개의 염기(base)씩 이동
• 상하 화살표 : 위아래로 1개의 시퀀스씩 이동
• PgUp/PgDn : 위아래로 10개 시퀀스씩 이동
• Home/End : 시퀀스의 처음이나 끝으로 이동
• Ctrl+[화살표] (Alt+[화살표]) : 10개씩 빠르게 이동
• Ctrl+[PgUp/PgDn] (Alt+[PgUp/PgDn]) : 첫 번째 또는 마지막 시퀀스로 이동
• Alt+[마우스 클릭] : 확대 (Zoom In)
• Alt+Shift+[마우스 클릭] : 축소 (Zoom Out)
• Alt+[마우스 휠] : 줌 확대/축소
• Alt+[드래그] : 드래그로 지정한 영역 확대
• Ctrl+Alt+[드래그] (Command+Alt+[드래그]) : 화면 이동 (Pan)
• Shift+Ctrl+Alt+[드래그] (Shift+Command+Alt+[드래그]) : 빠른 화면 이동 (Fast Pan)
• Shift+[마우스 휠] : 좌우 스크롤

시퀀스 선택 단축키

• 마우스 드래그 : 클릭 후 드래그하여 영역 선택.

  (Ctrl/Command를 누르고 클릭하면 여러 영역 선택 가능)

• 주석(Annotation) 클릭 : 주석된 영역 클릭 시 해당 영역 선택.

  (Ctrl/Command로 다중 선택 가능)

• 시퀀스 이름 클릭 : 전체 시퀀스 선택

• 전체 선택 : Ctrl+A (Command+A)

• 더블 클릭 : 1개의 염기 선택

• 세 번 클릭 : 하나의 시퀀스 내 연속된 블록 선택

• 네 번 클릭 : 여러 시퀀스에 걸쳐 블록 선택

• Shift+[클릭] : 선택 영역 확장 (처음 클릭 후 Shift 클릭한 곳까지 선택)

• Ctrl+[드래그] (Command+[드래그]) : 기존 선택 영역에 추가 선택

• Shift+[화살표] : 1 염기씩 선택 확장

• Shift+Ctrl+[화살표] (Shift+Alt+[화살표]) : 10 염기씩 선택 확장

• Shift+Ctrl+PgDn (Shift+Alt+PgDn) : 선택된 영역을 모든 시퀀스로 확장 (컬럼 전체 선택)

• Esc : 선택 취소

시퀀스 편집 단축키 (편집 모드 허용 후 사용 가능)

시퀀스를 편집하려면 Allow Editing(편집 허용) 버튼을 먼저 클릭해야 합니다. 기본적인 텍스트 편집과 동일하게 염기를 삽입하거나 삭제할 수 있습니다.

(추가 또는 삭제 시, 일반적으로 방향은 오른쪽이며, 왼쪽 방향으로 변경하려면 Shift를 누르고 편집합니다.)

• 복사(Copy) : Ctrl+C (Command+C)
• 잘라내기(Cut) : Ctrl+X (Command+X)
• 붙여넣기(Paste) : Ctrl+V (Command+V)
• 되돌리기(Undo) : Ctrl+Z (Command+Z)
• Space 또는 '-' : Gap 삽입
• Shift+Backspace/Delete : 왼쪽 염기들을 삭제된 영역으로 이동
• Shift+[염기] : 왼쪽 방향으로 염기 삽입하며 나머지 염기를 왼쪽으로 이동
• 클릭 후 드래그 : 선택된 영역을 마우스로 드래그하여 이동하거나, 빠르게 갭(gap)을 삽입 가능

(2024년 업데이트)

서열을 열고 "Display" 탭으로 이동한 후, "Translation options" 항목에서 "Show amino acid numbering" 옵션을 체크합니다. 이 설정을 하면 아미노산 번호가 뉴클레오타이드 서열 하단에 함께 표시되어, 서열 상에서 각 코돈에 해당하는 아미노산의 위치를 직관적으로 확인할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Annotate from Database 도구를 이용하여 데이터베이스 내에 있는 "유사한" 서열로부터 정보를 자동으로 부여하고, 하나 이상의 서열에 주석을 입력하실 수 있습니다. 이를 위해 Geneious는 유사성을 판단하기 위해 BLAST와 유사한 방식의 비교를 수행합니다.

기본적으로는 Geneious Plasmid Features 데이터베이스가 주석 소스로 사용됩니다.이 데이터베이스는 promoter, terminator, tag, 복제 개시점, marker gene 등 흔히 사용되는 플라스미드 기능 요소들을 포괄적으로 포함하고 있습니다.

이 외에도, 사용자는 개인 맞춤형 주석 데이터베이스를 생성하고 사용할 수 있습니다. 이 때, Reference Features 폴더 내에 해당 데이터베이스를 저장하는 것을 추천드리며, 이 폴더는 항상 Local 폴더 하에 위치하므로 쉽게 접근하실 수 있습니다.

사용자 지정 주석 데이터베이스를 생성하기 위해 Geneious 내 새 폴더를 만들고, 주석 소스로 사용할 서열들을 해당 폴더에 넣습니다. 이 서열들은 주석이 포함되었거나 포함되지 않은 뉴클레오타이드 또는 단백질 서열일 수 있습니다. (GenBank 참조 유전체, 펩타이드, BLAST 결과, 과거 사용자가 직접 주석을 부여한 서열 등)

사용자 지정 데이터베이스를 이용한 서열 주석 절차

1. 주석하고자 하는 서열을 선택한 후 우측 패널의 Live Annotate & Predict 탭으로 이동하여 Annotate From... 옆 체크박스를 활성화합니다. 만약 100개 이상의 서열 목록을 주석하시는 경우, Annotate and Predict 메뉴를 통해 Annotate from Database 기능을 사용하세요.
2. Source 레이블 옆에 있는 폴더 이름을 클릭합니다.
3. 나타나는 창에서, 주석 소스로 사용할 서열이 저장된 폴더를 선택한 후 OK를 클릭합니다.
4. Best Match 옵션을 선택하여 주석 데이터베이스 내 동일 유형 항목이 타겟 서열의 동일한 영역에 중복되는 경우 가장 일치도가 높은 주석 하나만 부여되게끔 하실 수 있습니다. 단, 프라이머 주석은 모두 부여됩니다.
   
    
5. Similarity 슬라이더를 조정하여 주석 표시를 실시간으로 조절하실 수 있습니다.
6. Apply 버튼을 클릭하여 선택한 주석을 서열에 추가하실 수 있습니다. 일부 주석만 부여를 원하신다면, 시퀀스 상 또는 주석 테이블에서 원하는 주석만 선택 후 Apply 를 누르시면 됩니다.
   

부여된 주석은 출처 정보 및 일치도 등 주석 상세 정보를 포함하게 됩니다. 해당 주석은 원래 타겟 서열과의 정렬 정보를 확인할 수 있는 링크 또한 함께 제공됩니다.



 

고급 설정(Advanced Options)

Apply 버튼 옆 Advanced Option 를 통해 설정을 세부적으로 조정하실 수 있습니다.

• 부여할 주석 유형 설정
• Length 설정
• CDS 구간 설정
• Best match 기준 설정

Geneious Prime 2019.2 이상에서는 주석이 없는 서열도 사용하실 수 있으며, 이 경우 “Unannotated sequence (transferred as Misc Feature type annotations)” 옵션을 활성화하여 해당 서열 전체 길이에 걸쳐 이름과 동일한 misc feature 주석이 존재하는 것처럼 인식되어 부여됩니다.

Source CDS 와 가까운 ORF 에 맞게 CDS 구간 경계를 자동 조정 가능한 옵션도 존재하며, “Adjust CDS boundaries by up to X bp to match nearest ORF” 항목에서 설정하실 수 있습니다. 또한 Best match 임계값도 설정 가능합니다.

더 나은 속도를 위해 50bp 이상의 소형 유전체에 주석을 부여할 경우엔 index length를 뉴클레오타이드의 경우 최대 15, 단백질의 경우 최대 6으로 설정하는 것을 추천드립니다. 20bp 이하의 매우 짧은 서열의 경우, 길이를 더 줄여야 하실 수도 있습니다.

단백질 서열 데이터베이스를 활용한 뉴클레오타이드 주석

단백질 서열을 기준으로 뉴클레오타이드 서열을 주석하려면 Advanced Option에서 “Protein Sequences” 항목을 활성화해야 합니다.

Geneious는 뉴클레오타이드 서열을 6개 프레임 단위로 번역하여 단백질 서열 데이터베이스와 비교합니다.

BLAST를 이용한 주석

이전에 확인된 ORF를 BLAST로 검색하여 유전체를 주석하려는 경우, Annotate from Database를 이용해 BLAST 결과를 주석으로 전이할 수 있습니다. 또한 BLASTX를 사용해 뉴클레오타이드 서열 목록을 단백질 DB에 정렬 및 주석하는 데 사용할 수 있습니다.

예를 들면 미토콘드리아 유전체에 주석된 ORF들을 선택한 뒤, 일괄적으로 BLAST 를 수행한 다음 매칭된 영역에서 주석 결과를 추출하고, 결과 폴더를 Source 형태로 지정하여 원본 서열에 주석을 부여할 수 있습니다

주의하셔야 할 점은 BLAST 결과는 ORF 를 추출하면서 원본 서열과의 연결 고리가 끊기기 때문에 직접적으로 원래 서열에 주석을 부여할 수는 없습니다. 그러므로 BLAST 결과 폴더를 Source로 지정하여야 합니다.

• Annotate from Database 사용 시에 Advanced Option 에서 “Include subfolders” 체크
• “Source” 형태의 annotation type 은 query 서열이 아닌 BLAST hit 고유 정보이므로 주석에서 제외하도록 설정하는 것을 권장드립니다.

시퀀스에 BLAST hit 주석 정보가 확인되면 Apply 버튼을 눌러 서열에 해당 정보를 적용하세요.

(2024년 업데이트)

서열 자체를 원형 또는 선형으로 변환하려면, 해당 서열을 선택한 후 상단 메뉴에서 Sequence → Circular Sequence (또는 Linear Sequence)를 선택합니다. 이 기능은 서열의 실제 형식을 바꾸는 것으로, 예를 들어 플라스미드 서열을 원형으로 정의하거나, 필요 시 다시 선형으로 바꿀 수 있습니다.

한편, 원형 서열을 단순히 선형 형태로 표시하고 싶다면, Display 탭에 있는 "Linear view on circular sequences" 옵션을 사용하면 됩니다. 이 설정은 보기 방식만 바꾸는 것으로, 서열 자체는 여전히 원형 상태를 유지하되, 선형 형태로 화면에 표시됩니다. 반대로, 선형 서열은 단순히 보기만 원형으로 바꾸는 것이 불가능하며, 반드시 위의 변환 절차를 거쳐야 합니다.

즉, 원형 ↔ 선형 전환은 서열 형식을 바꾸는 기능이고, 보기 모드는 화면에 어떻게 보여줄지 결정하는 설정이므로, 목적에 따라 구분하여 사용해야 합니다.

(2021년 업데이트)

원형 서열의 시퀀스 시작 위치 변경

• 원형 DNA나 플라스미드와 같이 순환 구조를 가진 서열의 경우, 시작 지점은 임의로 설정되어 있습니다.
• Sequence → Change Residue Numbering 기능을 사용하면, 특정 유전자나 기능 부위가 시작 번호 1번이 되도록 기점을 조정할 수 있습니다.
  
  
  
  
   

선형 서열의 번호 재설정

• 선형 서열은 일반적으로 1번부터 시작하여 끝까지 번호가 매겨져 있습니다.
• 하지만 다음과 같은 경우, 기존 번호 외에 새로운 번호 체계를 추가할 수 있습니다:
  1. 해당 서열이 전체 유전체의 일부분일 때 → 실제 유전체상의 위치를 반영하도록 번호 조정
  2. 특정 유전자의 위치를 기준으로 해당 유전자의 시작점을 1번으로 설정하고 싶을 때
  3. 유전자가 역방향(반대 방향)으로 존재할 경우 → 번호를 역순으로 재설정
     
     

(2024년 업데이트)

기존 메타데이터 유형에 새로운 필드 추가

1. 서열 문서를 선택한 뒤 상단의 Info 탭을 클릭합니다.
2. Properties 보기에서 Edit meta-data types를 클릭합니다.
   
    
3. 기존에 존재하는 메타데이터 유형 중 원하는 항목을 선택합니다.
4. 오른쪽의 “+” 버튼을 클릭하여 새 필드 이름을 입력합니다.
   
    
5. OK를 눌러 저장하고 Info 창으로 돌아옵니다.
6. Add Meta-data 버튼을 클릭하고 방금 필드를 추가한 메타데이터 유형을 선택하여 서열에 적용합니다.
   
7. 새로 추가된 필드는 Info 탭에서 직접 클릭해 데이터를 입력할 수 있습니다.
   
8. Save 버튼을 눌러 저장하면 해당 정보가 문서에 반영됩니다.

새로운 메타데이터 유형 생성

1. Info 탭 > Edit meta-data types 클릭, 하단의 Create 버튼을 클릭
   
2. 새로운 메타데이터 유형 이름 입력 및 “+” 버튼을 눌러 새로운 필드 추가
   예:

• Country (국가)
• Site (수집지)
• GPS Coordinates
• Date Collected
  ​​​​​​​

3. 완료 후 OK를 눌러 저장
4. Add Meta-data를 클릭하여 해당 유형을 선택 후 문서에 추가
   
   
5. 각 필드에 직접 정보를 입력하고 저장하면, 문서 테이블에도 해당 필드들이 오른쪽에 새로운 열(column)로 자동 추가됩니다.

엑셀 파일로 메타데이터 일괄 추가하고 싶다면?

별도 문서에서 제공되는 엑셀에서 메타데이터 가져오기 방법 메타데이터를 엑셀 스프레드시트 형태로 만들었는데 Geneious 에 어떻게 불러오나요? 가이드를 참고하세요. 문서별로 일괄적으로 정보를 적용할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime 버전 2020.2 이상부터는 히트맵(heat map) 주석 트랙의 색상을 사용자가 원하는 방식으로 커스터마이징할 수 있습니다. 히트맵은 특정 값의 크기에 따라 주석(annotation)에 색을 입혀 시각적으로 정보를 표현하는 방식입니다. 이 기능은 유전자 발현 분석(expression analysis)이나 CRISPR 사이트 예측 시 자동으로 생성되는 주석 트랙에 자주 사용됩니다.

히트맵 색상 편집

1. 히트맵 주석 트랙 우측의 드롭다운 화살표를 클릭합니다.
2. Color by / Heatmap을 선택합니다.
   
   

• 상단에는 주석을 색상으로 구분할 기준이 되는 qualifier 항목이 표시됩니다.
• 아래에는 현재 설정된 색상 스케일이 보입니다.

▪️ Non-numerical / Automatic numerical 선택 시

• 비숫자 값을 갖는 qualifier의 경우 각 고유 값마다 서로 다른 색상을 자동으로 할당하게 됩니다. 숫자 값을 가진 qualifier인 경우엔, 해당 트랙의 색을 기준으로 가장 낮은 값은 밝은 색, 높은 값은 진한 색으로 자동 스케일링됩니다.

▪️ Custom numerical 선택 시

• 사용자 지정한 숫자 범위 사이에서 색상을 정확히 지정 가능합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious R8 이상 버전에서는 연구 목적에 맞는 커스텀(사용자 정의) 번역 테이블(Genetic code table)을 추가할 수 있습니다. 먼저 DNA 서열이 포함된 문서를 Geneious에서 엽니다. 문서를 열고 상단의 ‘Sequence view(서열 보기)’로 이동한 뒤, 화면 우측 또는 상단에 위치한 ‘Display(디스플레이)’ 패널을 엽니다. Display 패널 안에서 ‘Translation(번역)’ 섹션을 찾을 수 있으며, ‘Genetic Code(유전 코드)’ 옵션의 오른쪽에 있는 톱니바퀴(설정) 아이콘을 클릭하면 번역 테이블 관리 창이 나타납니다.

아래와 같은 창에서 ‘Add’ 버튼을 클릭하면 새로운 번역 테이블을 추가할 수 있습니다. 이때, 새로 만들 테이블의 기반이 될 기존 번역 테이블을 하나 선택해야 하며, 연구자가 만들고자 하는 번역 코드와 가장 유사한 표준 테이블을 선택하는 것이 편리합니다.

예를 들어, 표준 유전자 코드, 세균, 미토콘드리아 등 여러 표 중 하나를 고를 수 있습니다.

테이블을 선택한 후 OK를 누르면, 직접 번역 테이블을 편집할 수 있는 창이 열립니다.

여기에서 AAs 행과 Starts 행을 필요에 맞게 수정합니다.

• AAs(Amino Acids) 행은 각 코돈이 어떤 아미노산으로 번역되는지에 대한 정보를 한 글자 아미노산 코드로 입력하는 부분입니다.
• Starts 행은 각 코돈이 번역 개시(시작) 코돈으로 사용되는지를 지정합니다. 예를 들어, Methionine의 경우 ‘M’으로 입력합니다.

포맷이나 입력 방식에 대해 자세한 설명이 필요할 경우, 다음(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c)을 참고하면 코돈 표 형식과 작성법을 확인할 수 있습니다.

모든 내용을 수정한 후에는 새 번역 테이블의 이름을 입력합니다. 연구 목적이나 생물 종, 적용 조건이 명확히 드러나도록 이름을 지정하면 관리에 용이합니다. 마지막으로 OK를 클릭하면 해당 번역 테이블이 Geneious 내 ‘Genetic Code’ 목록에 추가됩니다. 이후부터는 번역 옵션에서 새롭게 추가한 테이블을 자유롭게 선택하여 DNA 서열을 번역할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious에서는 여러 개의 문서나 서열 이름을 한꺼번에 변경할 때

Batch Rename(일괄 이름 변경)기능을 사용할 수 있습니다.

이 기능은 메뉴의 Edit > Batch Rename 으로 수행할 수 있습니다.

(2025년 1월 업데이트)

Prokka에서 생성한 GenBank (.gbk) 파일이 Geneious Prime에서 제대로 열리지 않는 문제가 발생할 수 있습니다.

이는 LOCUS 라인에서 contig 이름과 염기서열 길이 사이에 공백이 빠진 Prokka의 버그 때문입니다.

예: LOCUS w.thymelicus_acteon.SP_TA_344_1664073 bp DNA linear contig 이름(w.thymelicus_acteon.SP_TA_344_1)과 염기 길이(664073 bp) 사이에 공백이 빠져 있는 것입니다. 이를 아래와 같이 수정해야 합니다:

• LOCUS w.thymelicus_acteon.SP_TA_344_1 664073 bp DNA linear

즉, 344_1664073 같이 한 덩어리로 인식되는 부분을 contig 이름 + 공백 + 길이 정보로 나누어 줘야 합니다. 이 수정은 일반 텍스트 편집기(Notepad, 메모장 등)에서 .gbk 파일을 열어 수동으로 수행할 수 있습니다.

수정 후 파일을 저장하고 다시 Geneious에서 열면 정상적으로 불러올 수 있습니다.

이 문제는 아직 Prokka 쪽에서 해결되지 않았으며, 관련 정보는 아래 GitHub 이슈에서 확인할 수 있습니다:

• https://github.com/tseemann/prokka/issues/661
• https://github.com/tseemann/prokka/issues/337

(2023년 업데이트)

• 우측 상단의 Search 창을 이용해 플라스미드를 검색하고 내보낼 플라스미드들을 모두 선택합니다.

• 상단 메뉴의 Workflow → Export individual sequences as images 를 선택합니다.
  
   
• 이미지 설정 창이 뜨면:
  • 원하는 이미지 형식(예: PNG, PDF)과 크기, 시퀀스의 profile을 설정합니다.
• 설정 후 OK를 클릭하면 저장할 위치를 묻는 팝업이 나타납니다.
  
• 저장 위치를 선택하면 자동으로 플라스미드 지도들을 이미지 파일로 변환하여 저장합니다.
• 변환 및 저장이 완료되면 창이 닫힙니다.
  

  주의사항

  플라스미드 수가 많을 경우 처리에 시간이 다소 걸릴 수 있습니다.

  
  

(2024년 업데이트)

Geneious Prime은 Vector NTI 데이터베이스의 메타데이터, 구조, 계보(lineage) 정보를 보존한 채 가져올 수 있도록 전용 Import 기능을 제공합니다. 이를 통해 Vector NTI에서의 데이터 구성 방식이 Geneious에서도 그대로 유지됩니다.

• Vector NTI 데이터베이스 폴더를 Geneious 창에 직접 드래그하여 가져올 수 있습니다.
• 메뉴에서 File → Import → Vector NTI Database 선택 후, 데이터베이스 폴더 위치를 찾아가서 선택합니다.

Vector NTI Express Designer의 경우

File → Import → Vector NTI Database로 이동한 후, 해당 폴더 내의 vntidesigner.h2.db 파일을 선택합니다.

• Vector NTI Express 데이터베이스 가져오기는 Geneious Prime 2019.2 이상 버전에서 지원됩니다.

Import 이후 기존 Vector NTI의 폴더 구조와 동일하게 문서가 구성됩니다. Vector NTI의 서브셋(subsets)은 Geneious 내에서 별도의 하위 폴더로 추가되며, 본래 문서에 대한 Alias(참조 링크)로 구성됩니다.

계보 정보(Parent-Descendant 관계)도 유지됩니다. 따라서 Geneious에서 부모 문서(Parent)를 수정하면, 후손 문서(Descendant)에도 변경 사항이 반영됩니다. Geneious의 Lineage 탭을 통해 이러한 문서 계보를 확인할 수 있습니다.

Vector NTI에서 제공하는 Data Export 툴을 통한 데이터 이전은 권장되지 않습니다. 이 방법은 정보 손실이 발생할 수 있으므로, 원본 데이터베이스의 사본을 반드시 별도로 보관해야 합니다.

Vector NTI Express 및 Express Designer 데이터베이스의 가져오기는 제한된 샘플에서만 테스트되었기 때문에, 문제가 발생할 경우 Geneious 지원팀에 문의하는 것이 좋습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime 2020.1 이상 버전에서는 .csv 또는 .tsv 형식의 스프레드시트 파일로부터 기존 문서에 메타데이터를 일괄적으로 추가할 수 있습니다.

Geneious 문서와 스프레드시트 간 공통 필드(예: 이름, 시퀀스 ID)가 존재해야 문서에 정확히 매칭됩니다.

메타데이터 필드 사전 준비

스프레드시트의 정보를 Geneious 문서에 추가하기 전에, 해당 정보를 저장할 메타데이터 필드가 Geneious에 미리 설정되어 있어야 합니다.

• Geneious에서 아무 문서나 선택 → Info 탭 → Edit metadata types 클릭합니다.
• 새로운 메타데이터 유형(Type)을 만들거나 기존 유형에 필드(Field)를 추가합니다.
• 예시) "Sampling information"이라는 메타데이터 유형에 Sampling Location, Sampling Date, Freezer Location 등의 필드 추가합니다.

자세한 방법은 “시퀀스에 메타데이터를 추가 하고 싶어요” 문서를 참고하여 주세요

메타데이터 파일 가져오기

1. 메타데이터를 적용할 문서들이 들어 있는 폴더를 선택합니다.
2. 메뉴에서 File → Import → From File 선택, 또는 .csv 파일을 해당 폴더로 드래그 앤 드롭
3. 파일 포맷은 CSV/TSV로 지정합니다
4. Import Documents 창에서 Document type을 Metadata로 선택합니다.
   
    

매칭 설정

• Match document 항목에서 Geneious 문서의 필드와 스프레드시트의 열(column) 중 서로 매칭되는 항목을 지정하기
  • 예시: Geneious의 Document Name ↔ Spreadsheet의 Sample ID
  • 이 항목은 정확히 일치해야 하므로 공백, 대소문자 등을 주의해 줍니다.
  • Result Preview 탭에서 어떤 항목이 매칭되었는지 확인이 가능합니다.

필드 매핑 설정

• Metadata mapping 영역에서 스프레드시트의 각 열을 Geneious의 어떤 필드에 대응시킬지 설정합니다.
• Metadata 드롭다운에서 대상 메타데이터 유형을 선택합니다.
• Fields... 버튼 클릭하여, 스프레드시트의 각 열을 해당 메타데이터 필드에 매핑합니다.
  
   

결과 확인 및 가져오기 완료

• Result Preview 창에서 가져올 정보를 미리보기 및 오류를 파악합니다.
• 문제가 없으면 OK 클릭 하여 줍니다.
• 문서 테이블에 메타데이터 컬럼이 추가되며, 오른쪽으로 스크롤하여 새 필드를 확인할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서의 시퀀스 기능 요소는 Annotation(주석) 이라 불리며, 이는 GenBank에서의 Feature(기능) 에 해당합니다. 각 Annotation은 GenBank의 Qualifier에 대응되는 Property를 포함할 수 있고, Interval은 GenBank에서의 Location descriptor 와 같습니다.

아래는 GenBank 파일에서 권장되는 Feature 이름입니다. 모든 Feature 및 Qualifier 목록은 INSDC 공식 문서 참고하시길 바랍니다.

※ 2014년 12월부터 regulatory는 enhancer, promoter, TATA_signal 등 이전의 세부 항목을 포괄하는 표준 Feature로 통합되었습니다. Geneious는 이러한 구형 Feature도 자동으로 처리합니다.

Geneious Prime에서 Strict GenBank 형식으로 내보내기

GenBank 표준 형식으로 데이터를 내보낼 때 유의사항이 있습니다.

• Locus 이름은 최대 16자로 제한되며, 공백을 사용할 수 없어 언더스코어( _ )로 대체하여야 합니다.
• 비표준 Feature 이름:
  • Geneious는 비표준 Annotation 이름을 misc_feature 로 자동 변환하여 내보낼 수 있습니다.
  • 외부 프로그램과의 호환성을 높이기 위해 표준 Feature 이름만 사용하는 것을 권장드립니다.
• File → Export → Selected Documents 을 통해 내보낼 수 있습니다.

Export 설정 항목은 다음과 같습니다.

• Convert annotations to strict GenBank format

  → 비표준 Feature명을 misc_feature로 변환합니다.

• Allow names longer than 16 characters

• Replace spaces in names with underscores

• Include Meta-data in Comments section of GenBank File

  → Info 탭에 입력된 메타데이터를 COMMENT 영역에 포함시킵니다.
  

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서는 다양한 데이터 파일 형식을 가져올 수 있습니다.

• DNAStar Lasergene
• SnapGene
• Vector NTI
• SAM
• BAM
• GFF
• BED
• VCF 등

이외에 다음을 통해 지원하는 파일 형식을 확인할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

GFF, BED, VCF와 같은 annotation 주석 파일을 가져오려면 다음과 같은 방식으로 진행하실 수 있습니다. 해당 파일들은 보통 서열 정보는 포함하지 않기 때문에, 주석을 부여할 정확한 서열 파일을 함께 제공하여야 합니다.

• 주석 파일과 동일한 이름을 가진 .fasta 파일이 같은 폴더에 있는 경우, Geneious가 자동으로 해당 서열도 함께 가져올지 물어봅니다.
• 또한 주석 파일을 불러올 때, Geneious는 다음 중 선택하라고 합니다.
  • 선택된 시퀀스에 불러오기
  • 현재 폴더에서 동일한 이름의 서열 찾기
  • 파일 내 시퀀스 불러오기
  • 빈 시퀀스로 불러오기: 참조 서열을 못 찾을 경우 “?”로 채워진 가장 시퀀스에 주석이 부여됩니다. 해당 선택지는 추천 드리지 않습니다.
    
     

주의사항:

• GFF/BED/VCF에 명시된 seqid와 Geneious의 시퀀스 이름이 같아야 합니다.
• 시퀀스와 주석 파일의 기반이 되는 reference 가 같아야 합니다. 그렇지 않은 경우에는 위치 불일치의 원인이 됩니다.
   

성공적으로 불러와 졌는지 시퀀스 위에 track 형식으로 표시되는 주석을 확인하세요.

보이지 않는 경우, Annotations and Tracks 탭에서 해당 트랙이 활성화 되었는지 한번 더 확인해주세요.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 부트스트랩(bootstrap proportions), posterior probabilities 등과 같은 support values 가 포함된 계통수를 내보내려면, Nexus 형식(메타주석 포함) 또는 Newick (support value 값 포함) 형식을 사용할 수 있습니다. Newick 형식에서 support value 포함 내보내기는 Geneious 8.1 이상에서만 가능합니다.

(2024년 업데이트)

문서 테이블의 열 정보를 파일로 내보내려면, 문서 테이블에서 해당 정보를 내보낼 문서를 선택한 후 File → Export → Selected Documents로 이동합니다.

나타나는 대화 상자에서 파일 형식으로 Comma-separated table values (csv) 또는 Tab-separated table values (tsv)를 선택한 후 OK를 클릭합니다.

다음 대화 상자에서는 파일을 저장할 위치를 선택하고 OK를 클릭합니다.

이후 나타나는 대화 상자에서 내보내고자 하는 문서 테이블의 열(column)을 선택한 후 OK를 클릭합니다.

결과로 생성되는 .csv 또는 .tsv 파일은 텍스트 기반 파일이며, Excel을 포함한 다양한 프로그램에서 호환되어 열 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime이 DNA 서열을 단백질로 인식하는 경우는 주로 FASTA 형식의 파일을 사용할 때 발생합니다. FASTA 형식은 데이터 타입(DNA, RNA, protein 등)을 명시하지 않기 때문에, Geneious는 파일 내용을 기반으로 자동으로 서열 유형을 추정하려고 합니다.

그러나 서열 내에 염기서열로 해석하기 애매한 문자가 포함되어 있을 경우, Geneious는 이를 단백질 서열로 오인할 수 있습니다.

확실하게 DNA로 인식되도록 하려면, File → Import → From File... 경로를 통해 수동으로 가져오기(import)를 진행하고, 형식(format) 및 데이터 타입(type)을 직접 지정하여 불러오면 됩니다.

(2024년 업데이트)

FASTA 파일 형식은 매우 널리 사용되며, 많은 프로그램과 데이터베이스가 각자의 방식으로 헤더 줄에 필요한 정보를 넣도록 변형한 버전을 사용합니다.

Geneious는 FASTA 파일 description line의 표준 형식을 따릅니다. 이는 NCBI뿐 아니라 여러 출처에서 생성된 FASTA 파일을 모두 불러올 수 있도록 하기 위함입니다.

FASTA 파일의 기본 구조는 다음과 같습니다.

Name Description ATGTCGATGCAT

공백이 들어가지 않는 서열 이름(Name)이 먼저 오고, 그 뒤에 공백 한 칸을 넣은 다음 설명(Description)이 이어집니다.

Geneious는 이 정의를 이용해 헤더 줄을 분석하고, 가져오기(import) 과정에서 서열 이름과 설명을 구분합니다. 따라서 첫 번째 공백 뒤에 오는 모든 내용은 Geneious 문서 테이블의 “Description” 칸으로 들어갑니다.

이름 부분에는 공백이 들어가면 안 되며, 만약 공백이 있다면 언더스코어( _ ) 같은 기호로 대체해 하나의 항목으로 유지해야 합니다.

파일을 불러온 뒤에는 Geneious의 ‘Batch Rename’(Edit → Batch Rename) 기능을 사용해 언더스코어를 제거할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime 2019.2부터는 Text View 탭을 통해 시퀀스나 정렬 결과를 서식이 존재하는 텍스트 형식 또는 일반 텍스트 형식으로 표시 및 내보내기할 수 있습니다.

시퀀스 출력 (단일 또는 다중 시퀀스)

1. 시퀀스나 시퀀스 목록(DNA 또는 단백질)을 선택한 후 Text View 탭으로 이동합니다.
2. Format: 드롭다운 메뉴에서 GenBank, Custom, Don't reformat 중 선택합니다.
   • Custom을 선택한 후 Display options 버튼을 클릭합니다.
   • Formatting Options 창이 열립니다.

2. 표시 설정 (Custom 모드에서)

• Plain text 또는 Rich text 중 선택할 수 있습니다.
• 시퀀스 이름/설명 표시 여부를 설정합니다.
• 대소문자 표시 여부를 설정합니다.
• Reverse Complement 표시 여부를 설정합니다.
• 번역(Translation): 특정 프레임 또는 CDS annotation 영역 기준에 따라 아미노산으로 번역합니다.
  • CDS 어노테이션이 선택되어 있으면 해당 영역을 “Specified regions”로 자동 지정할 수 있습니다.
• 레이아웃 설정:
  • 줄당 염기 수
  • 넘버링 위치 및 간격
  • 마진 폭
  • ruler 여부
  • Separate bases 사용 시 염기 구분이 가능합니다. (이때 ruler 사용은 불가합니다.)
• Rich text 선택 시, Sequence colors로 원하는 영역 색상을 표시할 수 있습니다.
  

3. 정렬(Alignment) 보기

1. 정렬 파일 1개 선택
2. Text View 탭에서 Custom 또는 Don't reformat 을 선택합니다.
3. Display options 버튼을 클릭합니다.
4. Highlight bases 설정에서 Consensus와 비교하여 일치/불일치 염기를 강조 할 수 있습니다.
5. 레이아웃 및 색상 설정이 가능합니다.
   
   

4. 내보내기

• Copy full sequence: 표시된 텍스트를 클립보드로 복사합니다. (색상 포함)
• Save as .txt: 서식 없이 일반 텍스트 파일로 저장합니다.

참고: CDS가 여러 엑손(Exon)으로 이루어져 있고, 엑손의 시작/끝이 코돈 중간에 걸쳐 있다면, 정확한 번역을 위해 코돈 위치에 맞게 좌표를 수동으로 조정해야 할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서는 출판용 고해상도 이미지를 다음과 같이 내보낼 수 있습니다:

• 메뉴에서 File → Save As Image File...을 선택합니다.

• 만약 JPG 또는 PNG 형식으로 내보낸다면, 기본 해상도는 낮기 때문에 400% 정도로 증가시킬 것을 권장합니다.

  (JPG와 PNG는 점으로 구성된 래스터 이미지라 확대 시 품질이 떨어집니다.)

더 좋은 선택지는 확대해도 품질이 유지되는 벡터 형식입니다:

• PDF 또는 EPS: 확대해도 깨지지 않으며, 학술 출판용으로 적합합니다.
• SVG: Adobe Illustrator나 Inkscape에서 편집할 수 있습니다.
• EMF (Geneious 6.0 이상):
  • Windows에서 PowerPoint에서 편집 가능
  • Mac 또는 Linux에서 LibreOffice Draw에서 가능
  • 주의: Mac용 PowerPoint는 EMF 파일을 수정할 수 없습니다!

따라서, SVG 또는 EMF 형식으로 저장하면 그래픽 편집이 가능하면서도 이미지 품질을 유지할 수 있어 출판용 이미지 제작에 가장 적합합니다.

(2024년 업데이트)

Windows에서 Muscle 5.1을 실행할 때 오류 코드 -1073741515가 발생하는 경우, 이는 해당 프로그램에 필요한 Visual C++ 재배포 가능 패키지(Visual C++ Redistributable)가 설치되어 있지 않기 때문에 발생하는 문제입니다. Muscle 5.1은 실행을 위해 vcomp140.dll 파일이 반드시 필요하며, 보통 다음과 같은 경로에 위치합니다.
C:\Windows\System32\vcomp140.dll

이 문제를 해결하려면 다음 중 하나를 수행해야 합니다:

1. Visual C++ Redistributable for Visual Studio 2015 설치하기
   • 다운로드: https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=48145
   • 이 설치를 완료하면 vcomp140.dll 파일이 자동으로 시스템 디렉토리에 추가되어 Muscle 5.1이 정상 작동하게 됩니다.
2. vcomp140.dll 파일을 수동으로 System32 폴더에 복사

• 신뢰할 수 있는 출처에서 DLL 파일을 직접 다운로드한 후 C:\Windows\System32 디렉토리에 복사하면 됩니다.
• 단, 이 방법은 보안상 위험할 수 있으므로 Microsoft의 정식 설치를 권장합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime은 여러 개의 어셈블리 모델을 제공하고 있습니다. Tools 메뉴 내 Plugins에서 다양한 모델을 플러그인 형식으로 간단하게 설치할 수 있으며, 각각의 알고리즘은 input 데이터의 유형, 정확도, 처리 속도, 메모리 사용량 등에 있어서 차이점이 있기 때문에 사용자의 데이터와 목적에 따라 적절한 모델을 선택함으로써 더 나은 분석 결과를 얻으실 수 있습니다.

Geneious는 사용자를 위해 결정 트리를 제공하여 어셈블러 모델 선택에 있어서 가이드를 제시하고 있습니다. 추가로 Geneious Prime에서 제공하는 어셈블리 모델 간 특징과 장단점을 정리해 드립니다.

Geneious (지니어스)

• Geneious Prime에 기본 탑재된 mapper로, 사용자 인터페이스와 완벽하게 통합되어 있어 초보자도 사용이 매우 쉽습니다. 작은 유전체나 플라스미드처럼 비교적 단순한 시퀀스의 매핑에 적합하며, GUI 상에서 정렬 결과를 시각적으로 확인할 수 있어 결과 검토가 직관적입니다. 다만 대용량 시퀀싱 데이터나 복잡한 반복 서열을 포함하는 경우에는 처리 속도가 느릴 수 있고, 분석 규모에 따라 메모리 사용량이 높은 편입니다.

BBMap

• 복잡한 유전체나 복잡도가 비교적 낮은 서열(tandem repeats 등)이 많은 경우에 효과적인 mapper입니다. Illumina는 물론 PacBio, Nanopore과 같은 다양한 시퀀싱 플랫폼에서 생성된 리드를 모두 처리할 수 있는 유연성이 강점입니다. 빠르고 민감하게 매핑할 수 있지만, 파라미터가 다양해 처음 사용할 때는 설정에 익숙해지는 데 시간이 필요할 수 있습니다. 반복서열이 많은 샘플이나 환경 메타지놈 분석에 적합합니다.

minimap2

• Long 리드를 위한 대표적인 mapper로, Nanopore 및 PacBio 에 최적화되어 있습니다. 속도가 매우 빠르고 메모리 효율도 우수하며, 짧은 리드도 지원하지만, 100bp 이하의 리드 정렬에서는 정밀도가 떨어질 수 있습니다. RNA와 DNA 모두 매핑 가능하며, 단일 엑손 유전자나 전체 유전체 조립 후 교정에도 활용됩니다.

Bowtie2

• 짧은 Illumina 리드를 빠르고 정확하게 매핑할 수 있도록 설계된 도구입니다. 메모리 사용량이 낮고 정렬 속도가 빨라 대용량 WGS 데이터 분석에도 적합합니다. 하지만 긴 리드나 에러율이 높은 시퀀싱 결과에는 적합하지 않으며, 스플라이스 인식이 없어 RNA-seq에는 사용할 수 없습니다. 반복서열이 적고 변이 탐지가 주 목적인 경우에 추천됩니다.

STAR

• RNA-seq 분석을 위한 대표적인 스플라이스 정렬 도구로, cDNA 리드를 기준으로 정확하고 빠르게 exon-exon junction을 인식합니다. splice junction 예측, 퓨전 유전자 탐색 등에 강점이 있으며, 대부분의 RNA-seq 분석 파이프라인에서 널리 사용됩니다. 단점으로는 인덱스를 생성할 때 메모리를 많이 요구하며, 전체 유전체 크기에 따라 수십 GB의 메모리를 필요로 할 수 있습니다.

Geneious RNA assembler (지니어스)

• Geneious Prime에 내장된 RNA 전용 mapper로, Illumina 기반의 RNA-seq 데이터를 쉽게 분석할 수 있도록 GUI 기반으로 설계되어 있습니다. 사용자는 몇 가지 간단한 설정만으로 맵핑을 시작할 수 있으며, 정렬 후 곧바로 유전자 발현량 계산이나 차등 발현 분석으로 이어질 수 있는 장점이 있습니다. 다만 STAR에 비해 속도가 느릴 수 있으며, 복잡한 옵션 설정이 필요한 상황에서는 제한이 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime은 여러 개의 어셈블리 모델을 제공하고 있습니다. Tools 메뉴 내 Plugins에서 다양한 모델을 플러그인 형식으로 간단하게 설치할 수 있으며, 각각의 알고리즘은 input 데이터의 유형, 정확도, 처리 속도, 메모리 사용량 등에 있어서 차이점이 있기 때문에 사용자의 데이터와 목적에 따라 적절한 모델을 선택함으로써 더 나은 분석 결과를 얻으실 수 있습니다.

Geneious는 사용자를 위해 결정 트리를 제공하여 어셈블러 모델 선택에 있어서 가이드를 제시하고 있습니다. 추가로 Geneious Prime에서 제공하는 어셈블리 모델 간 특징과 장단점을 정리해 드립니다.

Geneious (지니어스)

• Geneious Prime에서 기본으로 내장되어 있는 알고리즘입니다. 인터페이스와 통합이 잘 되어 있어 사용이 쉽습니다. 큰 contig를 생산할 수 있고, 조립에 누락된 unused reads 리스트를 추출할 수 있으며, circular 형태의 contig 또한 생산할 수 있습니다. 높은 메모리를 요구하고, 속도가 비교적 느리며 100Mbp가 넘는 대형 유전체 조립은 어렵습니다.

Spades

• Spades는 long read, short read, sanger 데이터를 폭넓게 지원하지만 Illumina short read 데이터에 최적화되어 있습니다. 강력한 정확도를 자랑하며, RNA 및 metagenome 데이터에도 이용될 수 있습니다. 원핵생물과 같이 작은 유전체에 특화되어 있으며, 높은 메모리를 요구하고, 또한 coverage가 너무 낮다면 구동이 어렵습니다.

Velvet

• Velvet은 plugin으로 설치할 수 있으며 Illumina short read에 특화되어 있습니다. de Brujin 기반의 어셈블러임에도 속도가 빠르며, 메모리 효율적입니다. 작은 유전체를 포함하여 긴 유전체도 조립할 수 있습니다. 긴 반복서열 또는 gap이 포함된 서열에는 정확도가 떨어집니다.

Tadpole

• Tadpole은 Illumina short read에 특화되어 있으며 매우 빠른 속도를 자랑하면서도 조립 오류율이 낮은 어셈블러입니다. K-mer 기반 어셈블러이므로 작은 유전체에 특화되어 있으며, 대형 유전체에는 매우 많은 메모리가 요구됩니다. 스캐폴드를 조립하지 않습니다.

MIRA

• MIRA는 plugin으로 설치할 수 있으며 short read를 포함하여 sanger, long read 플랫폼인 PacBio 및 454 데이터를 지원하며, Overlap-Layout-Consensus 알고리즘 기반으로 높은 정확도를 제공합니다. 계산량이 매우 크므로 많은 리소스를 요구하는 대형 유전체 조립은 어렵습니다.

Flye

• Flye는 plugin으로 설치할 수 있으며 long read 플랫폼에 특화된 어셈블러 있습니다. 속도가 빠르며, metagenome분석에도 사용될 수 있습니다. 긴 반복서열을 효과적으로 처리하여 대형 유전체 조립에서 높은 정확도를 보여줍니다. 메모리 사용량이 많고, Short read 조립은 지원하지 않으며 long read 플랫폼의 한계로 Pilon, Racon 등으로 short read polishing 추가 오류 보정 작업이 필요합니다.

2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 Sanger F (Forward) 및 R (Reverse) 서열 쌍을 조립하려면, Geneious의 De novo assembler를 사용하여 각 쌍의 forward/reverse 서열을 정렬하고 하나의 consensus 서열로 만드는 방식이 일반적입니다. 이 과정은 시퀀스 이름을 기준으로 자동으로 일괄 처리할 수 있으며, 다음과 같은 단계로 진행됩니다.

1. 서열 품질 정리 (Trimming)

   먼저, Annotate & Predict → Trim Ends 메뉴를 통해 품질이 낮은 서열의 양 끝을 잘라냅니다. 이때 Error probability limit을 0.05로 설정하면 품질 점수 약 Q13 이하의 염기들이 잘리게 됩니다. 이 과정에서 잘린 부분은 주석(annotation)으로 표시되므로, 필요시 시각적으로 조정할 수 있습니다. trimming 후에는 변경 사항을 저장합니다.
   

2. De novo assembly 설정

   Align/Assemble → De novo Assemble을 선택하여 조립 메뉴로 들어갑니다. 여기서 “Assemble by name” 옵션을 사용합니다. F와 R 쌍이 이름에서 공통된 식별자를 가지는 경우, 이 공통 부분을 기준으로 pair를 조립할 수 있습니다.

   예를 들어 aru2_F 와 aru2_R 같은 이름일 경우 aru2가 공통 식별자이고 언더스코어 ( _ )로 구분되어 있으므로, 옵션을 “Assemble by 1st part of name, separated by _ (Underscore)”로 설정하면 됩니다.
   
   

3. Contig 생성 및 확인

   조립을 실행하면 각 쌍마다 하나의 contig 문서가 생성됩니다. 이 contig를 확인하여 F와 R read가 잘 정렬되어 있는지 확인할 수 있습니다.
   

4. Consensus 서열 생성
   조립 설정 시 미리 Save consensus sequences 옵션을 체크해두면 자동으로 consensus 서열이 생성됩니다. 혹은 조립 완료 후 contig들을 선택한 뒤 Tools → Generate Consensus Sequences 메뉴를 통해 별도로 consensus 서열을 생성할 수도 있습니다.

(2024년 업데이트)

Illumina 데이터를 기준으로 보면, 평균 read 길이가 100bp일 때 약 100만 개의 read를 조립하기 위해 1GB 정도의 RAM이 필요합니다.

메모리 부족이 우려되실 경우, 조립 옵션에서 "Custom Sensitivity & More Options"를 선택하여 민감도(sensitivity)를 조절하면 메모리 사용량을 줄일 수 있으며, 가장 낮은 민감도 설정 시 약 절반 수준으로 RAM 사용량이 줄어듭니다.

추가적으로, Geneious의 de novo assembler는 세균이나 소형 진핵생물 유전체 조립에 적합하도록 설계되어 있습니다. 대형 진핵생물 유전체를 조립하고자 할 경우에는 Velvet 플러그인을 사용하는 것을 권장드립니다.

Geneious de novo assembler는 일부 멀티스레딩을 지원하므로 코어 수가 많고 속도가 빠른 프로세서를 사용할수록 시간이 단축됩니다.

Geneious는 선택한 데이터에 대해 조립 전 예상되는 메모리 요구량을 최소치와 최대치로 제시합니다. 만약 예상 메모리가 부족할 경우에는 조립이 시작되지 않습니다.

높은 커버리지의 데이터를 조립할수록 더 많은 RAM이 필요하며, 품질이 낮은 데이터 또한 RAM 사용량을 증가시킵니다.

조립에 걸리는 시간은 사용자의 하드웨어 사양, 데이터 크기, 그리고 설정한 민감도 수준에 따라 달라집니다. 민감도를 낮추면 조립 시간이 줄어들지만, 그만큼 정확도는 떨어질 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime은 PacBio 또는 Oxford Nanopore MinION 데이터를 조립할 수 있는 기능을 갖추고 있으나, 데이터 유형과 품질에 따라 적절한 접근 방식이 달라집니다.

PacBio 시퀀서는 크게 두 가지 유형의 데이터를 생성하는데, 그중 PacBio CCS (Circular Consensus Sequence) 데이터는 품질이 상대적으로 높기 때문에 Geneious Prime에서의 조립에 적합합니다.

이 경우, Geneious의 “Map to Reference” 알고리즘이 해당 데이터를 비교적 잘 처리하며, de novo assembly 시에는 고급 설정에서 “Maximum Gap Size”를 최소 5 이상으로 조정하는 것이 권장됩니다. Geneious R10 이상 버전에서는 CCS 데이터 조립 성능이 향상되어 있습니다.

반면, PacBio CLR (Continuous Long Read) 및 Nanopore MinION 데이터는 read 길이는 길지만 오류율이 높아 Geneious의 기본 assembler로는 안정적인 조립이 어렵습니다. 다만 데이터 품질에는 상당한 편차가 있어, 어떤 데이터는 참조 맵핑(map to reference)에는 사용할 수 있을 정도인 반면, 어떤 데이터는 품질이 너무 낮아 Geneious에서 사용할 수 없습니다.

Geneious Prime 2020 버전부터는 이러한 noisy long read 데이터를 조립할 수 있도록 특별한 플러그인이 제공됩니다. Minimap2 (Prime 2020.0 이상)는 오류율이 높은 long read 데이터를 위한 참조 기반 맵퍼로 널리 사용되며, Flye (Prime 2020.1 이상)는 단일 분자 시퀀싱 데이터를 위한 de novo assembler입니다.

PacBio 또는 Nanopore 데이터를 Illumina short read와 함께 조합하여 하이브리드 조립을 수행하고자 할 경우, Geneious는 SPAdes 사용을 권장합니다.

마지막으로, Geneious는 Nanopore에서 생성된 fast5 포맷을 직접 불러올 수는 없습니다. 이를 해결하려면, fast5 파일을 Poretools 같은 도구를 사용하여 fastq 형식으로 변환한 후, 변환된 fastq 파일을 Geneious에 불러오면 됩니다. 자세한 내용은 http://poretools.readthedocs.org/en/latest/ 를 참고하면 도움이 됩니다.

(2025년 4월 업데이트)

SPAdes, Flye, 그리고 STAR와 같은 어셈블러는 일반적으로 64비트 리눅스나 Mac OS 환경에서만 실행이 가능합니다. 따라서 이러한 어셈블러를 Windows 10 또는 11의 64비트 시스템에서 실행하려면 Windows Subsystem for Linux(WSL)를 설치해야 합니다.

이를 위해서는 최신 업데이트가 모두 완료된 Windows 10 이상의 운영체제가 필요하며, Geneious Prime의 버전도 각각 SPAdes는 2019.2 이상, Flye는 2020.1 이상, STAR는 2023 이상이 요구됩니다. 설정 방법은 다음과 같습니다.

먼저, 시작 메뉴에서 PowerShell을 관리자 권한으로 실행한 후 다음 명령어를 입력합니다.Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux

설치가 완료되면 컴퓨터를 재시작합니다. 그 후 Microsoft Store 앱을 열어 ‘Ubuntu 22.04 LTS’를 검색하고 설치합니다.

설치 후 시작 메뉴에서 Ubuntu 22.04를 실행하면 초기 설정이 진행되며 사용자 이름과 비밀번호를 생성하라는 안내가 나옵니다. 이 정보는 Windows 계정 정보와 동일할 필요는 없습니다. Ubuntu 터미널이 열리면 sudo apt-get update && sudo apt-get install libgomp1 명령어를 입력해 필요한 라이브러리를 설치합니다.

Ubuntu를 닫고 SPAdes나 Flye를 Geneious에서 사용할 수 있으며, 처음 실행 전까지는 설정 안내 메시지가 계속 표시될 수 있습니다. Flye의 경우 외부 플러그인이므로 플러그인 메뉴에서 먼저 설치해야 합니다.

구버전 Geneious를 사용하는 경우, SPAdes와 Ubuntu 버전의 호환성에 유의해야 합니다. Geneious Prime 2020~2024에서는 Ubuntu 20.04, 2019.1 이하 버전에서는 Ubuntu 16.04가 필요합니다.

단, Ubuntu 16.04는 Microsoft Store에서 더 이상 제공되지 않습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에는 여러 가지 다중서열정렬(MSA, Multiple Sequence Alignment) 알고리즘이 탑재되어 있으며, 데이터셋의 크기와 특성에 따라 적절한 도구를 선택하는 것이 중요합니다. 간단히 각 알고리즘의 특징을 설명드리면 다음과 같습니다.

Geneious aligner는 Geneious 자체 알고리즘으로 ClustalW와 유사한 방식의 progressive pairwise 프로세스를 따릅니다. Geneious 내에서 가장 느린 정렬 도구이며, 50개 이하의 짧은 서열(1 kb 미만)을 다룰 때 추천됩니다.

MUSCLE은 빠른 거리 측정(k-mer 기반), 기대점수 및 계통수 기반 반복 정렬을 사용하는 도구로, 기본 설정은 정확도를 우선하도록 설계되어 있습니다. 최대 반복 수를 줄이면 처리 시간은 단축되며 정확도는 큰 손실 없이 유지됩니다.

중간~대규모 정렬(최대 약 1,000개 서열)에 적합하며, 서열 말단(N-말단/C-말단)에 상동성이 낮은 긴 extension이 있는 경우는 적합하지 않습니다.

알고리즘과 메뉴얼은 다음을 참고하세요.

http://nar.oxfordjournals.org/content/32/5/1792.full.pdf+html

http://www.drive5.com/muscle/manual/index.html

Clustal Omega는 ClustalW를 대체하며, mBed 가이드 트리와 HMM 기반 정렬 방식을 통해 감도와 정확도를 향상시킨 정렬도구로, 매우 빠르고 정확하며 대규모 데이터셋(2,000개 이상의 서열)에도 잘 작동합니다.

멀티스레딩을 지원해 속도도 빠르며, N-말단/C-말단 extension이 긴 서열에도 적합합니다. 그러나 큰 내부 InDel이 있는 서열 정렬에는 적합하지 않습니다.

MAFFT는 가이드 트리를 재추정해 거리 계산의 정확도를 높이는 방식의 정렬기입니다. 플러그인 형태로 설치해야 하며, 매우 빠르고 정확합니다. 최대 약 30,000개 서열 또는 소수의 긴 서열 정렬에 적합하고, 멀티스레딩을 지원합니다.

N-말단/C-말단 확장이 긴 서열뿐만 아니라 내부에 긴 gap이 포함된 서열에도 적합하며, 후자의 경우에는 L-ins-i 알고리즘을 선택하면 효과적입니다. 단, 서열 간 유사도가 낮고 길이가 긴 경우에는 MAFFT보다 Mauve나 LASTZ 같은 전장유전체 정렬도구가 더 적합할 수 있습니다.

(2021년 업데이트)

Geneious에서 서열 정렬(alignment) 상의 갭(gap)을 제거하려면, R10 버전 이상에서는 Tools → Mask alignment 기능을 사용하면 됩니다. 이 기능은 갭이 포함된 사이트를 제거하는 두 가지 방법을 제공합니다. 기존 파일 내에서 마스킹(annotate) 처리하여 표시만 해둘 수도 있고, 해당 사이트를 제거한 새로운 복사본을 생성할 수도 있습니다.

Sites containing 옵션 내 갭을 처리하는 기준은 다음과 같이 선택할 수 있습니다:

• All gaps: 전체가 갭으로만 구성된 사이트만 제거되며, residue가 포함된 열은 유지됩니다.
• Gaps (%): 입력한 비율 이상으로 갭이 포함된 사이트를 제거합니다.
• Any gaps: 하나라도 갭이 포함된 모든 사이트를 제거합니다.

만약 Annotate sites as Masked를 선택하면, 갭이 포함된 영역이 주석(annotation) 형태로 표시되며, 이후 계통 분석(phylogenetic analysis) 시 Exclude masked sites 옵션을 선택하면 마스킹된 사이트를 제외하고 분석할 수 있습니다.

Save as a copy with gaps stripped를 선택하면, 갭이 제거된 새로운 복사본이 생성되고, 해당 복사본을 그대로 계통수 작성에 사용할 수 있습니다.

Geneious R9 이하 버전에서는 같은 기능이 Tools → Strip Alignment Columns에 있으며, 이때는 마스킹 주석을 남기지 않고 곧바로 갭이 제거된 복사본만 생성됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서는 여러 개의 시퀀스를 참조서열(reference)에 정렬한 뒤 개별 시퀀스에 대해 SNP을 찾는 작업이 가능합니다. 하지만 기본적으로 Geneious의 Variant Caller는 많은 read 데이터를 기반으로 통계적으로 신뢰할 수 있는 변이 위치를 탐지하는 데 최적화되어 있으며, 단일 시퀀스 간 비교에서 SNP를 찾기 위해서는 특정 설정을 조정해야 합니다.

먼저, 개별 시퀀스와 참조 시퀀스를 한 쌍씩 정렬해야 합니다. 이때 두 서열이 충분히 유사하고, 큰 인델이나 재배열이 없다면 Align/Assemble → Map to Reference 기능을 사용할 수 있습니다. 이때 mapper는 “Geneious Mapper”로 설정해야 하며, 대부분의 다른 mapper는 긴 시퀀스를 read로 인식하지 못합니다. Map to Reference를 통해 만들어진 결과 파일을 기반으로 SNP 탐지가 가능합니다.

단순하게 pairwise 정렬을 사용할 수도 있습니다. 이 경우, MAFFT aligner를 설치해 사용하는 것이 좋습니다. MAFFT는 Geneious에서 가장 빠른 pairwise aligner 중 하나로, 긴 서열 간의 정렬에도 적합합니다.

정렬 후에는 Alignment 파일에서 참조서열을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하여 “Set as Reference Sequence”를 지정하고 저장합니다.

이후 Annotate & Predict → Find Variations/SNPs 메뉴에서 변이 탐지를 수행합니다. 이때 “통계 기반 검증” 관련 옵션은 반드시 꺼야 하며, 이는 대규모 read assembly에서만 유효한 옵션입니다.

SNP 탐지 후에는 결과가 reference에 연결된 track 형태로 저장되며, “Apply changes to originals” 옵션을 선택하면 이 track이 참조서열에 반영됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서는 DNA 시퀀스 전용 mapper만 제공되므로, 펩타이드를 단백질 서열에 직접 매핑하는 기능은 없습니다.

그러나 다음과 같은 절차를 통해 펩타이드를 단백질 참조 서열에 정렬할 수 있습니다. 이 방법은 다중 정렬(Multiple Alignment)을 이용한 일종의 편법과 같은 방식이며, 펩타이드의 시작 위치 기준으로 정렬까지 가능합니다.

먼저, 정렬하고자 하는 모든 펩타이드 서열과 참조 단백질 서열을 함께 선택한 뒤 Align/Assemble → Multiple Alignment 메뉴로 이동합니다. 여기서 정렬 도구로 Geneious Alignment를 선택하고, “More/Fewer Options”를 눌러 다음과 같이 설정합니다.

• Gap extension penalty: 0 (갭 확장을 허용하여 펩타이드가 단백질 서열 중간에 잘 정렬되도록 유도)
• Refinement Iterations: 3 이상 (정렬 정확도 향상)

정렬이 완료되면 새롭게 생성된 alignment 파일에서 참조 단백질 서열을 마우스 우클릭 → “Set as Reference Sequence”를 선택합니다. 해당 서열은 노란색으로 표시되며 기준이 됩니다.

그 다음, 정렬창 상단에서 참조 서열 이름을 드래그하여 최상단으로 이동시키고, 나머지 펩타이드는 “Sort → By Position”을 선택하여 정렬합니다. 이렇게 하면 펩타이드가 단백질 서열 상의 시작 위치 기준으로 순서대로 정렬됩니다.

마지막으로 저장하면, 마치 펩타이드를 단백질에 매핑한 것처럼 정렬된 문서를 확보할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Pairwise/Multiple alignment, de novo Assembly, 그리고 Map to Reference는 유전체 분석에서 각기 다른 목적과 데이터 특성에 따라 사용하는 기능입니다. 각각의 차이를 정리하면 다음과 같습니다.

Pairwise/Multiple Alignment

• 목적: 여러 서열 간의 상동성(homology)을 확인하고 비교하는 것.
• 사용 상황: 동일한 유전자나 유전체 구간을 포함하는 여러 서열을 정렬하여 변이, 보존된 영역, 삽입/결실 등을 분석하고자 할 때.
• 특징: 서열들을 가로 방향으로 정렬하며, 갭을 최소화하고 상동성을 극대화
• 주의점: 짧은 서열을 길게 이어붙이려는 목적에는 적합하지 않습니다. 프라이머 조각이나 단편 서열을 연결하려 할 경우, 오히려 모든 서열을 겹쳐 놓으려 하여 잘못된 정렬 결과를 초래할 수 있습니다.

de novo Assembly

• 목적: 참조 서열 없이, 서로 겹치는 서열 조각들을 연결해 컨티그(contig)를 만드는 것.
• 사용 상황: 새로운 생물종의 유전체 서열을 처음 조립하거나, 기존에 알려지지 않은 영역을 복원하고자 할 때.
• 특징: 계산량이 많고, 많은 메모리(RAM)를 요구함. 반복서열이나 저품질 데이터에 민감할 수 있음.

Map to Reference

• 목적: 알려진 참조 서열을 기준으로, 새로운 시퀀스를 정렬하여 변이(SNP, indel 등)를 찾거나 커버리지를 확인하는 것.
• 사용 상황: 동일 종 또는 근연종의 데이터를 기존 유전체에 정렬해 분석하고자 할 때.
• 특징: de novo보다 계산 속도가 빠르고, 결과 해석이 직관적. 그러나 참조와 큰 차이가 나는 서열은 정렬이 어려울 수 있음.

(2024년 업데이트)

Geneious에서 paired-end 시퀀싱 데이터를 어셈블하기 위해서는 먼저 forward / reverse 리드 파일을 서로 연결해주는 paired read 설정이 필요합니다.

이를 위해 두 개의 FASTQ 파일(하나는 forward reads, 다른 하나는 reverse reads)을 불러온 후, 둘을 함께 선택한 다음 Sequence 메뉴 → Set Paired Reads로 이동하여 페어링 설정을 진행합니다. 이때 read 쌍 사이의 예상 insert size를 설정해야 하며, 모든 리드가 정확히 같은 거리를 가질 필요는 없습니다. insert size의 범위가 존재한다면, 해당 범위의 중간값 정도를 설정하면 충분합니다.

이 과정을 거치면 Geneious는 forward read와 reverse read가 연결된 새로운 paired reads 파일을 생성합니다. 어셈블러는 이 pairing 정보를 활용해 복잡한 위치 결정 문제를 보다 정확하게 해결할 수 있습니다. 특히 삽입 거리가 예상 범위를 벗어나더라도, Geneious는 여전히 리드를 조립에 사용할 수 있도록 설계되어 있습니다.

Geneious R11 이후 버전에서는 fastq 파일을 불러올 때 시스템이 해당 파일이 paired reads일 가능성이 있다고 판단하면 자동으로 paired read 설정을 하도록 사용자에게 안내하는 기능도 탑재되어 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious의 de novo assembler는 R8 버전부터 paired-end read 정보를 이용한 scaffolding 기능을 지원합니다. 이 기능은 서로 겹치지 않는 contig들을 연결해 하나의 scaffold 구조를 만드는 데 사용되며, contig 사이의 알 수 없는 구간은 N 문자로 채워집니다.

이로 인해 유전체 내에서 contig 간의 상대적 위치와 간격을 파악할 수 있어, 완전한 유전체 조립을 위한 중간 단계로 유용하게 활용됩니다.

scaffolding을 수행하려면 먼저 Sequence 메뉴에서 "Set paired reads"를 통해 paired read 정보를 설정해야 합니다. FASTQ 형식의 forward 및 reverse read 파일을 함께 선택한 후, insert size 정보를 입력하여 pairing을 완료합니다. 이 정보를 기반으로 insert size보다 짧거나 긴 read 쌍도 유연하게 처리할 수 있습니다.

그다음 Align/Assemble 메뉴에서 "De novo assemble"을 선택하고, 고급 설정을 위해 "More Options" 버튼을 클릭한 후, "Produce Scaffolds" 옵션을 체크합니다.

이 옵션을 통해 Geneious는 contig 사이에 위치한 paired read 정보를 이용하여 두 contig를 scaffold로 연결하게 됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 고급 설정(Advanced Assembly Settings)을 사용하실 수 있으며, "De novo assemble" 또는 "Map to reference" 창에서 "More options" 버튼을 클릭합니다.

고급 설정을 활성화하려면 "Sensitivity" 드롭다운 메뉴에서 "Custom Sensitivity"를 선택해야 하며, 이렇게 하면 세부 조정 가능한 항목들이 나타납니다.

이전에 미리 정의된 표준 민감도 수준(Low, Medium, High 등)을 선택한 뒤 "Custom Sensitivity"로 변경하면, 해당 민감도에 따른 기본값이 설정 필드에 자동으로 채워지며, 설정의 출발점이 제공되어 편리한 조정을 수행하실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 시퀀스를 품질 기준으로 트리밍할 때, 소프트 트리밍(Soft trimming)과 하드 트리밍(Hard trimming) 중 선택할 수 있습니다.

소프트 트리밍은 트리밍된 영역을 실제로 삭제하지 않고, 해당 영역을 “Trimmed”라는 주석(annotation)으로 표시하는 방식입니다. 이 영역은 눈에는 보이지만 어셈블러와 같은 도구에서는 무시되며, 컨센서스 시퀀스에도 포함되지 않습니다.

사용자는 이 주석을 드래그하여 트리밍 범위를 조정하거나, 주석을 삭제함으로써 해당 영역을 다시 활성화할 수 있기 때문에, 유연한 편집이 가능합니다. 하지만 외부 소프트웨어 사용자에게는 이 데이터가 보이지만 분석에는 사용되지 않는다는 점이 혼란스러울 수 있습니다.

반면, 하드 트리밍은 선택된 품질 기준에 따라 시퀀스의 해당 영역을 실제로 삭제합니다. 즉, 트리밍된 부분은 파일에서 완전히 제거되며, 이후 분석에서도 사용할 수 없습니다. 이 방식은 보다 명확한 결과를 원할 때나, 외부 분석 툴로 내보내는 경우에 적합합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 정렬(Alignment)에 시간이 오래 걸리는 주된 이유는, 데이터셋에 적합하지 않은 정렬 알고리즘을 선택했기 때문인 경우가 많습니다.

기본 제공되는 Geneious aligner는 Dynamic Programming 기반으로 작동하며, 시퀀스가 길거나 수가 많은 경우 처리 속도가 매우 느려질 수 있습니다.

따라서 시퀀스 수가 많거나 길이가 긴 경우, Geneious aligner보다는 MUSCLE이나 MAFFT와 같은 고속 알고리즘을 사용하는 것이 훨씬 효율적입니다. 이들은 속도는 빠르면서도 대부분의 경우 충분한 정확도를 제공합니다.

특히 유전체 정렬을 수행하고자 한다면, 일반적인 다중정렬(MSA) 알고리즘보다 Mauve Genome Alignment 플러그인을 사용하는 것이 적절합니다. Mauve는 유전체 정렬에서 흔히 나타나는 역위(inversion)나 중복(duplication) 영역을 처리할 수 있도록 설계되어 있기 때문입니다.

또한 다수의 프라이머를 특정 시퀀스 집합에 대해 정렬하거나 매칭하는 경우도 느려질 수 있습니다. 이때는 ‘Test with Saved Primers’ 기능을 사용해야 하지만, 프라이머에 높은 degeneracy가 있거나 대상 시퀀스 수가 많다면 이 역시 속도 저하를 유발할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

이 오류 메시지는 Geneious가 필요한 수만큼의 파일을 동시에 열 수 없을 때 발생합니다. 이는 Unix 기반 운영체제(macOS, Linux)의 파일 핸들 제한 때문이며, 실제 보이는 파일뿐만 아니라 Geneious, OS, 그리고 기타 백그라운드 프로세스에서 사용하는 숨겨진 임시 파일들까지 포함된 제한입니다.

이 오류는 특히 많은 수의 참조 서열(reference sequences)에 대해 조립을 시도할 때 흔하게 나타납니다.

예를 들어, RNA-seq 데이터를 수천 개의 참조 전사체에 매핑하려고 할 경우, 참조 서열 하나당 여러 개의 파일이 열려야 하기 때문에 이 제한에 쉽게 도달할 수 있습니다.

macOS의 경우 시스템 기본 설정은 다음과 같습니다:

• 시스템 전체에서 열 수 있는 최대 파일 수: 12,288개
• 하나의 프로세스에서 열 수 있는 최대 파일 수: 10,240개

Linux의 경우 이 제한값은 배포판에 따라 다릅니다.

이 문제를 해결하는 방법은 두 가지가 있습니다

1. 시스템 설정에서 파일 디스크립터 수 늘리기

   • macOS 또는 Linux에서는 ulimit 명령어나 시스템 설정 파일(/etc/security/limits.conf 등)을 수정하여 파일 열기 제한을 높일 수 있습니다.

   • 예를 들어, macOS에서 터미널에 다음과 같이 입력할 수 있습니다:

     launchctl limit maxfiles 65536 200000 ulimit -n 65536

2. Geneious 작업 간소화

   • 한 번에 사용하는 참조 서열 수를 줄여서 조립/매핑 작업을 나눠서 실행함으로써, 동시에 열려야 하는 파일 수를 줄일 수 있습니다.

(2025년 6월 업데이트)

2025년 8월부터 NCBI BLAST는 새로운 기본 단백질 검색 데이터베이스인 ClusteredNR을 사용하게 되었습니다. 이 ClusteredNR 데이터베이스는 검색 속도를 높이고 결과의 중복을 줄이며, 더 넓은 분류군에 대한 검색 결과를 제공하는 장점이 있습니다.

현재 Geneious Prime은 여전히 이전의 nr 데이터베이스를 기본값으로 사용하고 있지만, 사용자가 ClusteredNR 데이터베이스를 수동으로 추가해 사용할 수 있습니다.

Geneious Prime에서 상단 메뉴의 Tools로 이동한 뒤, Blast > Add/Remove Databases > Setup Blast Services 로 진입합니다. 서비스 항목에서는 ‘NCBI’를 선택해야 하며, 이후 Edit Databases 버튼을 눌러 데이터베이스를 편집할 수 있습니다. 이때 새 데이터베이스의 이름은 정확히 ‘clustered_nr’로 입력해야 하며, 그 외 다른 필드들은 사용자가 원하는 대로 입력할 수 있지만 공란으로 두어서는 안 됩니다.

(2024년 업데이트)

2024년 8월부터 NCBI BLAST는 새로운 기본 핵산 검색 데이터베이스인 core_nt를 사용하게 되었습니다. 이 데이터베이스는 기존의 nt 데이터베이스를 대체하며, Geneious Prime 2025 버전부터는 기본값으로 포함되어 있습니다.

Core_nt 데이터베이스는 대부분의 검색에 대해 중복도를 줄이고 유사한 상위 결과를 더 빠른속도로 얻으실 수 있으며, standalone BLAST 사용 시 더 쉬운 다운로드와 적은 저장 용량을 요구합니다.

기본값으로 설정되어 있지 않거나 이전 버전을 이용하시는 경우 Blast > Add/Remove Databases > Setup Blast Services 로 진입합니다. 서비스 항목에서는 ‘NCBI’를 선택해야 하며, 이후 Edit Databases 버튼을 눌러 데이터베이스를 편집할 수 있습니다. 이때 새 데이터베이스의 이름은 정확히 ‘core_nt’로 입력해야 하며, 그 외 다른 필드들은 사용자가 원하는 대로 입력할 수 있지만 공란으로 두어서는 안 됩니다.

(2024년 업데이트)

NCBI 내에서 데이터베이스 구조에 일부 변경이 발생할 경우 Geneious 에서 수행 중단이 발생하는 현상이 있습니다.

Geneious 는 이 문제에 대해서 인지하고 있고, 이를 해결하는 동안 NCBI 웹사이트에서 genome을 직접 다운로드하여 Geneious로 가져오는 것을 제안드리고 있습니다.

NCBI genome은 여러 형식으로 다운로드 할 수 있으며, 메타데이터를 포함해서 Geneious로 쉽게 가져오기 위해서 RefSeq 또는 GenBank 파일 소스를 선택하고 FASTA 및 GFF/GTF 를 선택합니다.

다운로드 파일의 압축을 해제하고 폴더 내 fna(fasta) 파일과 gff(annotation) 파일을 Geneious 로 드래그하여 주석을 포함한 시퀀스를 가져오실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

보유 중인 서열이나 외부에서 다운로드한 FASTA 파일을 활용하여 직접 BLAST용 커스텀 데이터베이스를 설정할 수 있습니다.

먼저, BLAST+ 서비스를 로컬 환경에 설정해야 합니다. 이를 위해 BLAST 위치 옵션에서 Custom Blast를 선택한 후, Setup Custom Blast을 클릭하여 설정을 진행해 주세요.

팝업 창이 나타나면 드롭다운 메뉴에서 "Custom BLAST" 서비스를 선택했는지 확인하고, Blast+ 프로그램이 설치될 적절한 위치를 지정해 주세요. 이 위치는 이후 커스텀 데이터베이스가 저장되는 장소로도 사용됩니다.

Let Geneious do the setup 항목은 체크된 상태로 유지한 후, OK 버튼을 클릭해 주세요.

이 과정을 통해 Blast+ 프로그램이 자동으로 다운로드 및 설치됩니다. 설치가 완료되면, 이제 커스텀 데이터베이스를 추가할 수 있습니다.

먼저 Geneious에서 데이터베이스로 만들고자 하는 서열만 포함된 폴더를 생성하는 것이 좋습니다.

해당 폴더 내 모든 서열 문서를 선택한 뒤, Tools > Add/Remove Databases > Add BLAST database로 이동합니다.

팝업 창 서비스 드롭다운에서 "Custom Blast"를 선택하고, 데이터베이스에 적절한 이름을 지정한 후, 선택한 서열을 내용으로 설정합니다. 이후 데이터베이스 유형을 선택하고 OK 버튼을 클릭해 주세요.

(또는 컴퓨터에 저장된 FASTA 파일로부터 직접 데이터베이스를 생성할 수도 있습니다.)

위와 같은 과정을 통해 선택한 서열로부터 커스텀 BLAST 데이터베이스가 생성되며, 이후 Custom BLAST 위치의 'database' 항목에서 해당 데이터베이스를 선택하여 BLAST 검색에 사용할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious에서는 Custom BLAST 기능을 통해 NCBI에서 제공하는 사전 포맷된 BLAST 데이터베이스를 로컬에서 사용할 수 있습니다.

먼저, BLAST 실행 파일을 설정하려면 Tools 메뉴에서 Add/Remove Databases → Set Up BLAST Services → Custom BLAST 순으로 이동합니다.

"Let Geneious do the setup" 옵션을 체크한 상태로 OK를 클릭하면, 사용자 계정 내 Geneious Data 폴더에 BLAST 전용 폴더가 생성됩니다.

NCBI에서 제공하는 사전 포맷된 BLAST 데이터베이스는 아래 링크에서 다운로드할 수 있습니다:

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

이곳에는 nr/nt, EST, refseq, 16S Microbial, environmental samples 등, Geneious의 NCBI BLAST 기능에서 검색 가능한 대부분의 데이터베이스가 포함되어 있습니다.

이 데이터베이스들을 Geneious의 Custom BLAST에 연동하려면, 원하는 .tar.gz 파일을 다운로드하고 압축을 해제한 뒤, 생성된 파일들(데이터베이스 하나당 약 8개의 파일)을 Geneious Data 폴더 내 BLAST/data 폴더에 넣어주세요.

압축을 해제한 후 Geneious를 재시작하면, Custom BLAST 실행 시 해당 데이터베이스가 목록에 표시되어 바로 사용할 수 있습니다.

아래는 NCBI 16S Microbial 데이터베이스를 압축 해제한 뒤 Custom BLAST 폴더에 위치시킨 예시입니다.

사용하려는 데이터베이스가 여러 개의 볼륨으로 구성되어 있는 경우(refseq_genomic.00, refseq_genomic.01 등), 모든 볼륨 파일을 다운로드하고 압축을 해제해야 합니다.

해제된 파일들은 BLAST/data 폴더 안에 바로 넣어야 하며, 하위 폴더를 만들어 그 안에 넣어서는 안 됩니다.

해당 파일들 중에는 .pal 또는 .nal 확장자를 가진 파일이 하나 포함되어 있어야 하며, 이 파일은 여러 볼륨을 하나의 데이터베이스로 인식하게 만드는 데 반드시 필요합니다. 이 파일은 하나만 있으면 됩니다.

또한, nr 또는 nt와 같은 대용량 데이터베이스의 경우, 일반 개인용 컴퓨터에서는 로컬 BLAST 사용을 권장하지 않습니다.

이들 데이터베이스는 용량이 너무 크고, NCBI에서는 수천 개의 고성능 서버 코어에서 분산 처리되기 때문에 로컬에서 실행할 경우 속도가 매우 느릴 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

NCBI는 정기적으로 보안 및 시스템 구성을 변경하고 있으며, 이로 인해 Geneious에서 NCBI에 연결할 때 문제가 발생할 수 있습니다.

Geneious에서는 이러한 변경 사항을 가능한 한 빠르게 반영하고, 지원 중인 버전에 대해서는 업데이트 패치를 제공하고 있습니다.

이 게시물에서는 NCBI 연결과 관련해 발생할 수 있는 주요 문제들과 그 해결 방법을 간략히 안내드립니다.

1. Geneious R8 이해 버전 사용 시 2016년 9월 30일부로 NCBI가 통신 방식을 HTTP에서 HTTPS로 변경했기 때문에 Geneious R8 이하 버전에서는 더 이상 NCBI 서비스를 사용할 수 없습니다. 관련 내용은 NCBI의 HTTPS 전환 공지사항을 참고하실 수 있습니다.

Geneious R9 이상 버전을 사용하시는 경우, 현재 사용 중인 버전에 제공되는 최신 패치가 적용되어 있는지 확인해 주시기 바랍니다.

2. Geneious를 새로 설치했거나, 한 번도 NCBI에 연결된 적이 없는 경우

Geneious에서 NCBI에 연결하려면, 필요한 경우 소속 기관의 프록시 서버 설정이 올바르게 구성되어 있어야 합니다.

Geneious는 포트 443을 사용하는 URL을 통해 BLAST 요청을 전송하지만, 방화벽으로 인해 직접 연결이 차단되어 있을 경우 프록시 서버를 통해 연결해야 합니다.

사용 중인 네트워크에 프록시 설정이 필요한지 여부는 기관의 IT 관리자에게 문의해 주세요.

확인된 프록시 정보를 Geneious 내에서 설정하려면, 메뉴의 Preferences → General 탭 → Connections 설정 항목에 해당 정보를 입력해 주시면 됩니다.

"브라우저 연결 설정 사용(Use browser connection settings)" 옵션은 플랫폼에 따라 작동하지 않을 수 있습니다.

Windows 환경에서는 Internet Explorer에 프록시가 설정되어 있는 경우 정상적으로 작동할 수 있습니다.

또한, Use auto config file 옵션을 통해 PAC 파일이 지정되어 있다면, Geneious는 해당 PAC 파일에서 호스트 주소와 포트 정보를 자동으로 읽어와 설정 필드를 채워줍니다.

연결 설정 구성에 대한 보다 자세한 내용은 다음을 참고하실 수 있습니다. (Geneious Prime 설치 관련 > Geneious Prime 내에서 인터넷 연결 설정을 하고 싶어요)

3. Geneious 11.0 이하 버전에서 발생하는 NCBI 다운로드 오류

현재 NCBI는 API 키 없이 요청을 보내는 사용자에 대해 초당 3건 이하의 요청 속도 제한을 적용하고 있습니다.

Geneious 11.0 이하 버전은 NCBI API 키 사용을 지원하지 않기 때문에, IP 주소에서의 요청 속도가 제한을 초과하면 “Server returned HTTP response code: 429 for URL:” 같은 오류가 발생할 수 있습니다.

API 키 사용과 관련된 자세한 내용은 다음 공지사항을 참고하실 수 있습니다.(https://support.geneious.com/hc/en-us/articles/360020791091-NCBI-services-transition-to-API-keys)

또한, 2018년 1월 NCBI의 시스템 변경으로 인해, Geneious R11.0.4 이하 또는 R10.2.3 이하 버전에서는 NCBI Genomes 및 Nucleotide 데이터베이스에서 서열을 다운로드할 수 없습니다. 이전 버전 사용자는 해당 데이터베이스에서 다운로드 시 “Download failed - Unexpected end of file null” 과 같은 오류 메시지가 나타날 수 있습니다.

4. Geneious 11.1 및 Geneious Prime에서 발생하는 NCBI 다운로드 오류

NCBI API 키가 없는 상태에서 동일 IP 주소에서 초당 3건을 초과하는 요청을 보낼 경우, “Search failed - NCBI received too many requests from your IP” 과 같은 오류 메시지가 나타날 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Entrez Query 필드를 사용하면 NCBI BLAST 검색 결과를 특정 생물 종에 한정할 수 있습니다.

이 기능을 사용하려면, BLAST 설정 창에서 "More Options" 버튼을 클릭하고, Entrez Query 입력란에 검색을 제한할 생물 종의 이름을 입력 후 뒤에 [Organism]을 붙여 주세요.

예를 들어, Saccharomyces cerevisiae로 검색을 제한하고 싶다면 다음과 같이 입력합니다.

이외에도 [Organism] 태그는 다양한 분류학적 수준에서도 사용할 수 있습니다.

예를 들어 "Ascomycota[Organism]"라고 입력하면, 전체 Ascomycota 계통의 균류에 대해서만 검색 결과가 제한됩니다.

또한 Entrez Query는 생물 종뿐만 아니라 날짜, 서열 길이, 유전자 특성 등 다양한 조건을 기준으로 검색 결과를 필터링하는 데 사용할 수 있습니다.

AND, OR, NOT 연산자를 함께 활용하면 복합적인 조건의 고급 검색도 가능합니다.

자세한 사용 방법은 NCBI의 Entrez 검색 가이드를 참고하실 수 있습니다.

Entrez Query 기능은 NCBI BLAST에서만 사용 가능하며, 로컬 Custom BLAST에서는 지원되지 않습니다.

(2024년 업데이트)

BLAST 검색 결과는 Hit Table 또는 Query Centric alignment 형식으로 표시할 수 있습니다. Hit Table을 CSV 파일로 내보내려면, 문서 테이블에서 내보낼 항목들을 모두 선택한 후, 메뉴에서 File → Export → Selected Documents를 클릭하세요.

파일 형식으로 .csv를 선택하고, 저장할 파일 이름을 입력하세요. 그 다음 나타나는 메뉴에서 내보낼 column을 선택할 수 있으며, 선택한 열만 포함하여 CSV 파일로 저장됩니다.

내보낼 항목(필드)을 선택한 후, OK를 클릭하면 파일이 CSV 형식으로 저장됩니다.

여러 개의 서열에 대해 수행한 batch BLAST 결과를 하나의 표로 내보내고자 하는 경우, BLAST 검색을 설정할 때 Results 항목에서 "Query-centric alignment only" 옵션만 선택해 주세요. 이렇게 하면 전체 결과가 하나의 표 형식으로 정리되어 내보내기 용이합니다.

이 설정을 사용하면 쿼리당 하나의 정렬 결과가 반환되며, 정렬된 각 히트에는 BLAST 검색 결과에 대한 정보(설명, E-value, 유사도 % 등)가 포함된 Search Hit annotation이 표시됩니다.

모든 쿼리의 정보를 CSV 파일 하나로 내보내고자 하는 경우, Annotations 테이블을 활용하면 됩니다. BLAST 결과로 반환된 모든 정렬(alignment)을 선택하면 시퀀스 뷰어 하단에 해당 결과들의 테이블이 표시되며, 여기에서 전체 주석 정보를 확인하고 한 번에 내보낼 수 있습니다.

Types → Show One → Search Hit을 선택하면, 테이블에 BLAST 검색 결과만 표시되도록 설정할 수 있습니다.

상단의 Columns 버튼을 클릭하면, % Pairwise Identity, E-value 등 원하는 항목을 추가하거나 제거하여 테이블에 표시할 수 있습니다.

테이블 구성이 완료되면, Export Table 버튼을 클릭하여 해당 내용을 CSV 형식으로 내보낼 수 있습니다.

(2023년 업데이트)

1. 네트워크 드라이브에 Geneious “Custom BLAST” 구성하기

“미리 포맷된 NCBI 데이터베이스 로컬 사본으로 BLAST하려면 어떻게 해야 하나요?” 에서 확인할 수 있는 것처럼, 필요한 데이터베이스의 로컬 복사본과 BLAST 실행 파일을 간단히 설정할 수 있으며, BLAST 실행 파일과 관련 데이터베이스를 네트워크 드라이브에 위치 시킴으로써 공유 데이터베이스를 만들 수 있습니다. 이후 각 사용자는 동일한 Custom BLAST 설정 절차를 따라, 해당 네트워크 드라이브의 데이터베이스에 접근하면 됩니다.

이때 각 사용자의 CPU가 검색 연산을 수행하게 되며, 데이터는 중앙에서 관리됩니다.

단, 네트워크 환경에 따라 성능 저하가 발생할 수 있으며, 데이터 소유권 관리 및 사용자가 임의로 데이터베이스를 추가하지 않도록 제한하는 설정이 필요할 수 있습니다.

Geneious 외부에서 데이터베이스를 직접 생성할 수도 있습니다.

명령줄에서 BLAST+ 실행 파일의 makeblastdb 명령어를 사용해 데이터베이스를 만들고,

생성된 파일을 기존 Custom BLAST 데이터베이스가 위치한 BLAST/data 폴더에 넣으면 Geneious에서 인식됩니다.

단, makeblastdb로 수동 생성한 데이터베이스는 정렬 결과에 주석(annotation)이 포함되지 않으며, Geneious 내에서 생성한 경우에는 검색 후 정렬 결과에 자동으로 주석을 표시할 수 있는 추가 파일이 함께 생성됩니다.

2. 네트워크 드라이브에 원본 파일 공유

또 다른 방법은, FASTA 형식의 서열 파일을 네트워크 드라이브에 공유하여 사용자 각자가 자신의 컴퓨터에서 Custom BLAST 데이터베이스를 생성하도록 하는 방식입니다.

필요 시 FASTA 파일을 업데이트할 수 있지만, 이 경우 모든 사용자가 업데이트된 파일을 바탕으로 데이터베이스를 다시 생성해야 한다는 점에 유의해야 합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious의 GenBank 제출 도구는 BankIt 시스템을 기반으로 하며, 다음과 같은 간단한 유형의 서열을 소규모로 제출할 때 사용됩니다:

• 게놈 DNA에서 유래한 서열
• 세포소기관 서열
• ncRNA
• 플라스미드
• 기타 바이러스
• 박테리오파지
• 일부 mRNA
• 합성 서열

다음과 같은 항목은 NCBI GenBank Submission 포털을 통해서만 제출 가능하며, Geneious에서는 제출할 수 없습니다.

• SARS-CoV-2
• 리보솜 RNA (rRNA), 또는 rRNA-ITS
• 동물 COX1 유전자
• 진핵생물 nuclear mRNA
• 인플루엔자 바이러스
• 노로바이러스
• 뎅기바이러스
• 진핵 및 원핵 생물의 전체 유전체 (WGS 또는 완전한 유전체)
• 전사체 샷건 어셈블리(TSA)
• 조립되지 않은 시퀀스 리드 (SRA)
• locus_tag 또는 BioProject 등록이 필요한 대형 유전체 (박테리아 및 진핵생물 염색체)
• ESTs (발현 서열 태그)
• STSs (서열 태그 부위)
• GSSs (유전체 조사 서열)
• HTGs (고처리 유전체 서열)
• WGS (전체 유전체 샷건 서열)
• TSA (전사체 샷건 어셈블리 서열)
• 차세대 시퀀싱 플랫폼으로부터 생성된 raw read

GenBank에서 수용하지 않는 데이터 유형은 다음과 같습니다.

• 이어지지 않은(noncontiguous) 서열
• 프라이머 서열
• 상응하는 뉴클레오타이드 정보 없이 단독으로 존재하는 단백질 서열
• 게놈 서열과 mRNA 서열이 혼합된 경우
• 물리적 근거가 없는 서열 (consensus 서열)
• 길이가 200nt 미만인 서열

(2024년 업데이트)

1. This file cannot be submitted. Tbl2asn produced a submission file with no sequences.

세부 정보에 아래와 같은 메시지가 포함될 수 있습니다.

• Tbl2asn Output
• [NULL_Caption] This copy of tbl2asn is more than a year old. Please download the current version.
• [tbl2asn 25.6] SeqID lcl|xxxx is present on multiple Bioseqs in record

첫 번째 경고 메시지(tbl2asn이 1년 이상 된 버전)는 무시해도 되며, 제출에는 영향을 주지 않습니다. tbl2asn을 새로 다운로드할 필요는 없습니다.

실제 오류는 마지막 줄의 메시지로, 제출하려는 서열 중 두 개 이상이 동일한 Sequence ID를 갖고 있어 유효하지 않다는 의미입니다.

제출 시 모든 서열은 고유한 Sequence ID를 가져야 하며, 이는 GenBank에서 고유 accession number를 부여하기 전까지 서열을 식별하는 데 사용됩니다. GenBank Submission 설정 창에서 Sequence ID로 선택한 필드가 각 서열마다 고유한 값을 갖는지 확인하세요.

2. Inconsistent taxnames

이 오류는 GenBank 제출 창에 입력한 생물종 이름과 시퀀스의 Source annotation에 포함된 종 이름이 서로 다를 때 발생합니다. 종종, 다른 서열에서 복사된 Source annotation이 본인의 서열에 남아 있어서 오류가 발생하는 경우가 있습니다.

Annotations 패널에서 "Source" 항목의 체크박스가 비활성화되어 있으면 이 주석이 보이지 않을 수 있습니다. 잘못된 source annotation을 삭제하거나 해당 annotation의 생물종 이름을 제출하려는 이름과 정확히 일치하도록 수정하세요.

3. Illegal start codon used

NCBI는 CDS annotation에 대해 transl_table과 codon_start 정보를 바탕으로 자동으로 단백질 번역을 수행합니다. 번역 결과의 첫 아미노산이 개시 코돈(M)이 아닐 경우, CDS가 partial로 표시되지 않았다면 오류가 발생합니다.

Edit Annotations 창에서 transl_table과 codon_start 값을 조정하여 첫 코돈이 시작 코돈이 되도록 수정하거나 해당 CDS가 partial 서열일 경우, Edit Annotations 창에서 annotation 구간을 더블 클릭하고 5' 말단이 절단됨(truncated) 상태임을 지정하세요.

4. Missing stop codon

CDS annotation의 자동 번역 결과가 stop codon 없이 끝나고, partial로 표시되어 있지 않다면 오류가 발생합니다. 해당 CDS의 reading frame과 translation table이 올바른지 확인하고 필요 시 수정하거나 partial CDS일 경우, Edit Annotations 창에서 annotation 구간을 더블클릭한 뒤 3' 말단이 절단됨으로 설정하세요.

일부 미토콘드리아 유전체의 CDS는 DNA에 stop codon이 존재하지 않는 경우가 있습니다. 이러한 경우, 전사 후 polyadenylation을 통해 'TAA' stop codon이 형성됩니다. 이와 같은 비표준 CDS는 추가 속성이 필요하며, transl_except 속성을 CDS에 추가해야 합니다.

CDS의 말단이 'T'일 경우 (pos:123, aa:term) 과 같이 지정하시고, 'TA'일 경우 (pos:123..124, aa:term) 과 같이 지정하실 수 있습니다.

pos는 해당 염기의 위치를 의미하며, aa:term은 poly-A tail로 인해 stop codon이 형성된다는 뜻입니다.

5. Missing qualifiers or features

주석(annotation)에 사용되는 qualifier는 반드시 소문자로 작성해야 하며, 대문자가 포함될 경우 인식되지 않아 오류가 발생할 수 있습니다. 예를 들어, CDS 또는 tRNA와 같은 아미노산 관련 feature에는 "product" qualifier가 필수인데, 이를 "Product"와 같이 대문자로 작성하면 다음과 같은 오류 메시지가 나타날 수 있습니다.

• Missing encoded amino acid qualifier in tRNA feature
• No protein BioSeq given FEATURE:CDS
• Expected CDS Product absent

올바른 형식: product 잘못된 형식: Product, PRODUCT 등

6. Sequence x is lacking a reference" 오류 – reference 생성 방법

이 오류는 정렬된 시퀀스를 GenBank에 제출하려는 경우, 해당 정렬에 포함된 하나 이상의 서열이 원본 시퀀스 문서와 연결되어 있지 않을 때 발생합니다. 주로 정렬 파일을 Geneious로 외부에서 import한 경우, 또는 정렬 내의 서열을 수정한 후 변경 사항을 원본 문서에 저장하지 않았을 때 이 연결이 끊어집니다.

정렬된 서열이 원본 시퀀스 문서와 연결되어 있는 경우, 정렬 화면의 시퀀스 이름 왼쪽에 파란색 화살표 아이콘이 표시됩니다. 이를 클릭하면 해당 서열의 원본 문서로 이동할 수 있습니다.

연결이 없는 서열에 대해 참조 시퀀스를 새로 생성하려면, 다음과 같이 수행하실 수 있습니다.

1. 정렬 화면에서 해당 서열 이름을 클릭하여 전체 서열을 선택합니다.
2. 상단의 Extract 버튼을 클릭합니다.
3. 새 시퀀스 문서가 생성되며, 제출에 필요한 추가 정보는 이 문서에 입력하면 됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious의 GenBank 제출 플러그인에서는 제출 시 직접 공개일을 설정할 수 없습니다. 하지만, 제출 후 약 2 영업일 이내에 GenBank로부터 제출 파일의 Preview 확인 메일이 발송되며, 이때 서열의 공개를 원하는 날짜를 GenBank 측에 알려 공개일을 지정할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

NCBI 웹사이트에서는 프라이머나 펩타이드처럼 짧은 서열(31nt 이하)을 입력하면 자동으로 짧은 서열에 적합한 BLAST 설정으로 조정됩니다. 하지만 Geneious에서는 자동으로 이러한 조정이 이루어지지 않습니다.

따라서 Geneious에서 짧은 DNA 또는 단백질 서열로 BLAST 검색을 수행할 경우, BLAST 설정을 수동으로 변경해주면 정확도를 향상시킬 수 있습니다.

짧은 DNA 서열 BLAST 검색하기

아래 스크린샷은 30nt 이하의 짧은 DNA 서열에 대해 NCBI 웹사이트에서 사용하는 BLAST 설정과 동일한 값을 Geneious에서 적용하는 예시를 보여줍니다. 해당 설정을 통해 짧은 DNA 서열에 대한 BLAST 검색 정확도를 높일 수 있습니다.

설정을 변경한 후에는, BLAST 설정 창 왼쪽 하단에 있는 톱니바퀴 아이콘을 클릭하고 Save current settings을 선택하여 해당 설정을 Profile로 저장해 두세요. 이후에도 다른 짧은 DNA 서열을 검색할 때 이 profile을 불러와 재사용할 수 있습니다.

주의할 점

짧은 서열을 검색할 때 BLAST는 모든 일치 항목을 완전히 탐지하지 못할 수 있습니다. DNA 서열 검색에서 설정 가능한 최소 워드 크기인 7을 사용하더라도, 서열 길이가 20bp인 경우 약 40%의 일치 항목을 놓칠 수 있다는 통계적 한계가 존재합니다.

또한 BLAST에서 검색된 결과는 일반적으로 서열 전체에 대한 정렬이 아니라 국소 정렬(local alignment)로 제공됩니다. 이로 인해 짧은 프라이머나 올리고를 정밀하게 비교하는 데는 한계가 있습니다.

‘Test with Saved Primers’ 기능은 계산량이 많아 속도가 느릴 수 있으므로, 대신 짧은 서열의 정밀한 매칭에 최적화되어 있어 프라이머 테스트에 효과적인 ‘Map to Reference’ 기능을 사용하는 것을 권장합니다.

프라이머에 5' 말단에 extension 서열이 포함되어 있다면, 이 부분은 서열에 정확히 annotation 되어 있어야 합니다. Geneious는 프라이머 테스트 시 확장 부위는 자동으로 무시하지만, annotation이 누락될 경우 프라이머 매칭이 실패할 수 있습니다. 따라서, 프라이머에 5’ extension 부위가 있다면 반드시 올바르게 annotation 해주셔야 합니다.

짧은 단백질 서열 BLAST 검색 하기

아래 스크린샷은 30aa 이하의 펩타이드 서열을 BLAST로 검색할 때, NCBI BLAST 웹사이트에서 사용하는 설정과 동일한 값을 Geneious에서 적용하는 예를 보여줍니다.

설정을 변경한 후에는, BLAST 설정 창 왼쪽 하단의 톱니바퀴 아이콘을 클릭하고 Save current settings을 선택하여, 해당 설정을 다른 짧은 단백질 서열 검색에도 사용할 수 있도록 profile로 저장할 수 있습니다.

(2023년 업데이트)

Primer Specificity Testing 기능을 사용하면, 표적(Target) 서열에 특이적인 프라이머를 설계하면서 동시에 off-target 서열에 대한 특이성 검증을 한 번에 수행할 수 있습니다.

이 기능은 Geneious BLAST를 활용하여, 표적 서열과 off-target 서열 간 유사성이 높은 영역을 자동으로 탐지하고 제외합니다. 그 후, Primer3를 사용하여 설정한 조건에 따라 유사성이 낮은 영역에 특이적인 프라이머를 설계합니다.

1. Specificity Testing 도구 사용 방법

표적 서열에 특이적인 프라이머를 설계하려면, 표적 서열을 선택한 후 Primers > Design New Primers로 이동하세요. 여기서 Specificity Testing 옵션을 체크하고, off-target 으로 테스트할 서열을 선택합니다. 프라이머는 단일 서열(정렬된 Alignment 포함), 서열 목록, 혹은 여러 서열이 들어 있는 폴더를 대상으로 테스트할 수 있습니다.

2. Off-target 결합 조건 설정

다음 단계에서는 어떤 조건을 off-target binding으로 판단할지를 설정합니다.

이 조건에 따라, off-target 결합 가능성이 있다고 판단된 프라이머는 결과에 포함되지 않습니다.

어떤 옵션을 설정해야 할지 잘 모를 경우, 기본값(default)을 먼저 사용해보고 이후 필요에 따라 조정하는 것을 권장합니다.

입력한 첫 번째 드롭다운 값보다 적은 수의 불일치(mismatch)를 가진 프라이머는 off-target 서열에 결합할 가능성이 높다고 간주되며, 표적 서열의 프라이머 후보에서 제외됩니다.

두 번째 드롭다운 값은 첫 번째 값의 하위 조건으로, annealing chemistry의 특성상 불일치가 발생한 위치에 더 많은 가중치를 부여합니다.

세 번째 드롭다운은 불일치가 발생한 위치를 지정합니다. 특히 3' 말단에서의 결합은 초기 template 결합에 필수적이므로, 이 위치에서의 불일치는 프라이머 특이성에 큰 영향을 미칩니다.

네 번째 드롭다운에 설정한 수 이상의 불일치(mismatch)를 가진 프라이머 후보는 off-target 서열에 결합할 가능성이 낮다고 판단되어, 표적 서열에 사용할 수 있는 유효한 프라이머 후보로 인정됩니다.

다섯 번째 드롭다운에 설정한 길이보다 큰 amplicon을 생성하는 off-target 프라이머 쌍은, PCR 효율이 증폭산물 크기에 따라 감소하기 때문에 표적 프라이머 후보로 간주됩니다.

프라이머 결과를 얻을 확률을 높이는 방법

Geneious Prime과 Primer3 간의 작동 방식 특성상, 프라이머 결과가 전혀 나오지 않는 경우에는 "생성할 프라이머 쌍 수(pairs to generate)"를 늘려보는 것이 가장 간단한 해결 방법입니다.

이 방법으로도 결과가 없다면, 생성할 프라이머 쌍 수를 늘리는 것과 함께, 설정한 조건의 stringency를 낮추는 것도 도움이 될 수 있습니다. 다만, 이는 상황에 따라 적절한 경우에만 적용하는 것이 좋습니다.

전체 유전체 서열을 off-target 데이터베이스로 사용하는 방법

전체 유전체를 대상으로 off-target 테스트를 수행하려면, Geneious Prime에 유전체 서열을 다운로드하거나 import 한 후, 이를 off-target 데이터베이스로 지정하면 됩니다.

설정 시, 유전체 서열이 포함된 폴더 전체를 선택하거나, 해당 폴더 내의 개별 염색체 서열을 선택할 수 있습니다.

※ 대용량 off-target 데이터베이스를 사용하는 경우 성능에 영향을 줄 수 있습니다.

정렬(Alignment)된 서열에서 프라이머를 설계하는 방법

이제 정렬된 서열 중 하나에만 특이적으로 결합하고, 나머지 서열에는 결합하지 않는 고유 프라이머를 설계할 수 있습니다. 가장 간단한 방법은, 프라이머를 설계할 정렬 문서 자체를 off-target 서열로 지정하는 것입니다. 이때 “동일한 서열이 감지되었다” 라는 경고가 표시되더라도 무시하셔도 됩니다.

또한, 정렬된 각 서열마다 고유한 프라이머 쌍을 설계하고 싶다면, “Design primers on: Every Sequence” 옵션을 선택해야 합니다.

설계된 프라이머는 반드시 in silico 테스트를 진행하는 것을 권장하며, 예로는 Test with Saved Primers 도구를 활용해 확인할 수 있습니다.

참고로 Primer Specificity Testing은 프라이머 쌍(pair) 기준으로 작동하므로, 설계 조건에 따라 짝이 없는 단일 프라이머가 정렬된 다른 서열에도 결합하는 경우가 발생할 수 있습니다. 이러한 단일 프라이머는 실제로는 효율적인 증폭을 일으키기 어렵지만, 보다 엄격한 설계 기준을 원할 경우 확인하는 것이 좋습니다.

성능에 영향을 주는 요인

• 오프타깃 데이터베이스의 크기가 클수록
• 프라이머를 설계할 대상 서열의 길이나 크기가 클수록

실행 속도가 느려질 수 있습니다.

(2025년 6월 업데이트)

Geneious Prime에서는 프라이머가 oligo라는 특수 파일 형식으로 저장됩니다. 프라이머 document는 document table에 초록색 화살표 아이콘으로 표시되며, 일반적으로 다음과 같은 두 부분으로 구성됩니다.

• Binding region: 실제로 주형 서열에 결합하는 영역 (annotation으로 표시됨)
• 5’ extension (선택 사항): 어댑터 서열, 제한효소 절단 부위 등 필요한 요소들을 포함할 수 있음.

프라이머를 Geneious에 추가할 때는 반드시 프라이머 형식(oligo)으로 저장되어야 합니다. 그렇지 않으면 프라이머 관련 기능을 사용할 수 없습니다.

이 문서에서는 기존 프라이머를 Geneious Prime에 등록하는 방법을 안내합니다.

1. 프라이머 서열 수동으로 입력

직접 서열을 입력하고자 할 경우, 상단 메뉴에서 File → New → Sequence로 이동하고, 새 창(New Sequence)이 열리면 프라이머 서열을 입력한 후 Type을 Primer로 설정합니다.

프라이머에 5' extension이 있는 경우에는, 실제로 결합하는 부분인 binding region에 해당하는 영역을 드래그로 선택한 다음, "Binding region:" 버튼을 눌러 해당 영역을 바인딩 영역으로 지정해 주세요.

프라이머 생성 후 5′ extension을 나중에 추가할 수도 있습니다. 이 경우, 앞서 설명한 방식대로 프라이머를 생성하되, 처음에는 extension 부분을 제외하고 생성하세요. 프라이머가 생성되면, 해당 프라이머를 선택한 후 상단 메뉴에서 Primers → Add 5′ Extension을 클릭합니다.

이 기능을 통해 제한효소 인식 서열, Gateway 서열 등 다양한 요소를 주석(annotation)으로 추가된 형태로 extension에 삽입할 수 있습니다.

2. 스프레드시트나 텍스트 파일로부터 여러 개의 프라이머 가져오기

프라이머 서열이 정리된 스프레드시트(예: Excel)나 구분자 기반 텍스트 파일(.tsv, .csv 등)을 통해 여러 개의 프라이머를 한 번에 간편하게 가져올 수 있습니다.

• Primers 툴바에서 Import Primers 사용
• 상단 메뉴에서 File → Import → Files…
• Geneious 창에 파일을 드래그 앤 드롭
• 또는 스프레드시트에서 복사 후 Geneious에 붙여넣기(CTRL+V 또는 command+V)

프라이머 이름, 프라이머 서열 (5′ → 3′ 방향) 을 포함한 최소한 두 개의 열(column)이 필요합니다.

Import Primers 또는 File 메뉴에서 가져오는 경우 Excel, .tsv(탭 구분), .csv(쉼표 구분) 형식을 지원합니다. 가져오기 후 Geneious는 데이터가 테이블 형식임을 인식하고 가져오기 형식을 확인하는 창을 띄우며, 확인 후 Import Sequences 창이 열립니다.

복사-붙여넣기 방식으로 가져오는 경우 Excel이나 텍스트 파일에서 프라이머 데이터를 복사(CTRL+C 또는 command+C) 한 뒤, Geneious에서 붙여넣기(CTRL+V 또는 command+V) 하면, 마찬가지로 Geneious가 자동으로 테이블 데이터를 인식하고 형식을 확인한 뒤 Import Sequences 창이 열립니다.

Import Primers 창에서는 가져올 프라이머 데이터의 미리 보기가 표시되며,

다음과 같은 필드에 각 열을 매핑할 수 있습니다.

• Name (프라이머 이름)
• Sequence (프라이머 서열)
• Description (설명, 선택 사항)
• Primer Extension (5′ extension, 선택 사항)

프라이머 서열에 binding region과 extension을 구분하는 구분자(delimiter)가 포함되어 있다면, Detect Extension 옵션을 체크하고, 구분자를 지정하거나 AUTO를 선택하면 Geneious가 자동으로 extension 부위를 인식해 annotation 합니다.

또는 extension 정보를 별도의 열에 넣은 경우, 해당 열을 "Primer Extension" 필드에 매핑하면 됩니다.

모든 설정을 마친 후 OK를 클릭하면 프라이머가 Geneious에 등록됩니다.

3. 시퀀스에 프라이머 추가하기

Geneious 데이터베이스에 없는 논문 기반 프라이머 서열이 특정 시퀀스에 결합 가능한지 확인하고 싶을 때, Primers 메뉴의 'Add primers to sequence' 기능을 사용하면 됩니다.

프라이머 서열을 직접 입력하거나 붙여넣기한 후, 허용할 불일치 수(mismatch allowance)를 설정하고 OK를 클릭하면 해당 시퀀스에서 프라이머 결합 여부를 테스트할 수 있습니다.

일치하는 시퀀스가 발견되면, 프라이머가 해당 시퀀스에 주석(annotation)으로 표시됩니다. 원하는 경우, 이 프라이머를 추출하여 Geneious 데이터베이스에 저장할 수도 있습니다.

※ 이 기능은 5′ extension이 없는 프라이머에 적합합니다. Extension이 포함된 프라이머는 정확하게 인식되지 않을 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

프라이머 세트는 탭 또는 쉼표로 구분된 파일(TSV/CSV)을 통해 쉽게 Geneious로 가져올 수 있습니다.

먼저, 프라이머를 저장할 새 폴더를 Geneious 데이터베이스에 생성하고 프라이머 세트별로 별도 폴더를 사용하는 것을 권장합니다.

그다음, 프라이머가 포함된 TSV 또는 CSV 파일을 Geneious 창으로 드래그 앤 드롭하여 파일을 놓으면 Geneious에서 파일 형식을 묻는 창이 표시되며, 이때 TSV 또는 CSV 형식을 선택하면 됩니다.

다음 단계에서 표시되는 창에서는, 파일 내 각 열이 Geneious의 올바른 필드에 매핑되었는지 확인해야 합니다. 예를 들어, 프라이머 이름이 포함된 열은 Name 필드에, 프라이머 서열이 포함된 열은 Sequence 필드에 지정해야 합니다.

가져오기 유형은 "Primer"로 설정하고, "Determine Characteristics" 옵션을 선택하면 프라이머 서열에 대해 Tm값을 자동으로 계산하여 추가할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서는 정렬된 서열을 기반으로 퇴화 프라이머(degenerate primers)를 설계할 수 있으며, 이를 위해 Primers → Design New Primers 기능을 사용합니다.

• 프라이머 Tm을 약 54°C로 설정하고

• PCR product 최소 길이를 150bp로 지정하며

• 전체 정렬 서열 길이가 684bp이고

• 허용 가능한 degeneracy를 32로 설정하고자 할 경우,

  아래와 같은 설정을 적용할 수 있습니다.

요약 하자면

• Allow Degeneracy 옵션을 체크하고, 원하는 최대 degeneracy 값을 입력하세요.

• Design primers on 항목을 Consensus로 설정하세요.

• Consensus Options 버튼을 클릭 후

  • 모든 변이 염기를 degenerate 프라이머에 반영하고자 할 경우, Consensus threshold를 100%로 설정 (각 염기 위치가 모든 서열에서 동일해야만 그 염기가 프라이머에 반영)
  • 90% 이상의 서열에서 동일한 염기를 기준으로 유연한 디자인을 하고자 할 경우, threshold를 90%로 설정

  이렇게 하면, 10개 서열 중 9개가 동일한 염기를 갖는 경우에는 가장 흔한 염기만 사용하고,

  단 하나의 변이 염기는 degenerate 염기로 처리하지 않고 무시하게 됩니다.

Design New Primer 도구는 degenerate 프라이머 디자인에 적합할 수 있지만, 프라이머의 3’ 말단 근처에도 degenerate 서열을 허용할 수 있다는 점을 주의하셔야 합니다.

3’ 말단은 실제 PCR에서 프라이밍 효율에 매우 중요한 역할을 하기 때문에 전체적인 degeneracy가 낮더라도 3’ 말단에 degenerate 서열이 포함되면 효율이 크게 낮아질 수 있습니다. 따라서 3’ 말단 부분에 degenerate 서열이 포함되지 않도록 주의하는 것이 좋습니다.

Degenerate 프라이머를 수동으로 디자인하기

1. 정렬(Alignment)을 선택하고 Consensus View가 켜져 있는지 확인 후 degeneracy 수준에 맞게 Consensus Threshold 값을 설정합니다.

Highlighting 기능을 활성화하면, 염기 간 차이를 쉽게 시각적으로 확인할 수 있어 디자인에 도움이 됩니다.

2. Identity 그래프를 참고하여 degenerate 프라이머 후보 영역을 시각적으로 찾고 Alignment view에서 Identity 그래프를 확대해보면, 염기 간 차이가 적은 구간을 식별할 수 있으며, 퇴화 프라이머를 설계하기에 적합한 구간을 찾을 수 있습니다.

특히, 가능하다면 프라이머 3' 말단에 완전히 보존된(clamp) 영역이 존재하는 곳을 선택하는 것이 좋습니다.

3. Alignment의 Consensus 라인에서 프라이머 영역을 선택합니다.

Forward 프라이머를 만들고자 한다면 왼쪽에서 오른쪽으로 드래그 Reverse 프라이머는 오른쪽에서 왼쪽으로 드래그하여 선택하세요.

Geneious Prime 2019 이상 버전에서는, 선택한 구간 위에 Floating Tooltip이 표시되며 여기에서 해당 구간의 계산된 Tm 값과 함께 "Add Primer" 버튼도 함께 나타납니다. 이 버튼을 클릭하면 선택한 영역을 프라이머로 바로 지정할 수 있습니다.

다소 이전 버전을 사용하시는 경우엔 선택한 구간에 Floating Tooltip이 나타나지 않을 수 있습니다. 이런 경우에 Alignment에서 프라이머로 사용할 구간을 선택하신 후, 우측 Statistics 패널을 열어 선택된 구간의 Rough Tm 값을 확인합니다. 이후 상단 메뉴에서 Primers → Characteristics for Selection을 클릭하면 선택한 영역을 기반으로 프라이머를 새롭게 추가시킬 수 있습니다.

4. Add Primer 버튼을 클릭하면, Add Annotation 창 이 열립니다. 이 창에서는 선택한 프라이머에 대한 Tm 범위, degeneracy에 따른 특성 값 등 다양한 계산 정보를 확인할 수 있습니다.

만족할 만한 프라이머가 완성되었다면, Name 필드에 프라이머명을 입력 후 OK 를 눌러 Consensus 서열에 프라이머를 주석으로 추가할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

클로닝용 프라이머를 설계할 때는, 프라이머가 CDS의 시작과 끝 지점에 정확히 위치해야 하는 경우가 많습니다.

Geneious R8 이상 버전에서는 Design New Primers 도구에 선택한 영역의 양 끝에 정확히 프라이머를 설계하는 옵션(Task: Precise)이 포함되어 있습니다. CDS annotation을 선택한 다음 Primers → Design New Primers를 실행합니다. Task를 "Precise"로 변경하고, "Included Region" 박스를 체크하면 해당 필드에 CDS의 좌표가 자동으로 입력됩니다.

Number of pairs to return 값을 "1"로 설정하면 CDS 전체를 증폭하는 한 개의 프라이머 세트가 생성됩니다.

필요한 경우 5′ extension(제한효소 인식 서열이나 어댑터 등)은 Design New Primers 의 Advanced 탭을 열어 추가할 수 있습니다.

특정 위치에 프라이머를 수동으로 생성하는 것도 가능합니다. 이 기능을 사용하려면 프라이머가 결합하길 원하는 염기 서열을 마우스로 드래그하여 선택하면 됩니다. 선택한 영역 위에 Selection Hint라고 하는 작은 창이 뜨고 선택된 염기의 길이와 예상 Tm 값을 표시해 줍니다.

해당 위치와 Tm이 적절하다고 판단되면, 우측의 Add Primer 버튼을 클릭하여 Add Annotation 창을 통해 프라이머 이름 등을 입력하면 선택한 위치에 프라이머가 주석으로 추가됩니다.

Add Primer 버튼을 클릭하면 새로운 프라이머 생성을 위한 설정이 포함된 Add Annotation 창이 열립니다. 여기서 프라이머의 이름을 지정할 수 있고, 방향(Direction)을 설정할 수 있으며, 필요한 경우 5′ extension도 추가할 수 있습니다. 또한 Primer3에서 계산한 프라이머의 특성 정보가 Characteristics 섹션에 표시되어, 해당 프라이머가 목적에 적합한지 확인할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime는 R8 버전부터 이노신(Inosine)을 지원합니다. 즉, 뉴클레오타이드 서열이나 프라이머 서열에 포함된 “I” 문자를 인식할 수 있으며, Geneious 내 여러 기능(프라이머 특성 계산 등)을 수행할 때 이노신은 “D”로 처리됩니다.

주의할 점은, 이노신이 포함된 문서는 Geneious의 구버전(R8 이전 버전)과는 호환되지 않을 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 "Test with Saved Primers" 기능을 실행했을 때 프라이머(oligo)가 보이지 않는 이유는 대부분 프라이머가 'Oligo' 형식으로 저장되지 않았기 때문입니다. 이 기능은 녹색 화살표 아이콘이 표시된 oligo 문서에만 적용됩니다.

만약 프라이머 서열이 일반 DNA 서열로 저장되어 있다면, Primers 메뉴의 “Convert to Oligo” 기능을 사용해 해당 서열을 oligo로 변환해야 합니다. 변환 후에는 "Test with Saved Primers" 기능에서 정상적으로 인식됩니다.

간혹 Geneious 내부의 인덱서(Indexer)가 실행 중이거나 일시 중지된 경우에도 oligo가 검색되지 않을 수 있습니다. 이 경우, 화면 왼쪽 하단 Sources 패널 아래쪽을 확인해 인덱서 상태를 확인하시어, 인덱서가 일시 중지(paused)되어 있다면 클릭하여 재시작하고, 인덱싱이 완료될 때까지 기다리면 oligo가 다시 정상적으로 표시됩니다.

관련 내용은 "indexer 가 계속 실행이 돼요" 문서를 참고하실 수도 있습니다.

(2024년 업데이트)

프라이머 수가 많은 경우, 특히 degenrate 프라이머를 사용하거나 프라이머를 쌍으로 테스트할 때 테스트 시간이 매우 오래 걸릴 수 있습니다. 쌍으로 테스트하는 경우에는 가능한 모든 조합을 검사해야 하기 때문에, 원래 몇 초면 끝날 작업이 몇 시간까지 걸릴 수 있습니다.

프라이머 테스트 도구를 실행하기 전에, 어떤 프라이머가 시퀀스와 일치하는지 빠르게 확인하고 싶다면 "Map to Reference" 도구를 사용하는 것이 가장 효율적입니다. 이 도구는 원래 short reads를 기준 시퀀스에 정렬하는 기능이지만, mismatch를 허용하면서 전체 서열을 기준에 매핑할 수 있기 때문에 프라이머 테스트에도 유용합니다.

사용 방법은 먼저 프라이머를 테스트할 기준(reference) 시퀀스를 선택하는 것입니다. 만약 여러 개의 시퀀스를 기준으로 사용하려면 이들을 sequence list로 결합해야 합니다.

이후 프라이머 서열을 reads로 지정하고, medium setting으로 어셈블리를 실행하면 됩니다. 이 방식은 매칭되는 프라이머를 기준 시퀀스에 정렬하면서, 매칭되지 않는 영역은 유지합니다.

단, 기준 시퀀스의 antisense strand에 매칭되는 프라이머는 자동으로 reverse complement 처리되므로, 정렬 결과를 해석할 때에는 프라이머 annotation을 기준으로 방향을 확인해야 합니다.

또, 특정 프라이머가 시퀀스 내 여러 위치에 매핑되지 않는지 확인하고자 한다면, ‘More Options’ 메뉴에서 ‘Custom Sensitivity’를 선택하고 ‘Map multiple best matches’ 옵션을 활성화해야 합니다.

참고로 BLAST는 프라이머나 짧은 서열을 테스트하기에 적합하지 않습니다.

이유는 BLAST 섹션의 "프라이머나 짧은 DNA 시퀀스 및 펩타이드까지 BLAST를 수행할 수 있나요?" 항목에서 참고하실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious에서 여러 개의 프라이머를 한 번에 추출하려면, Tools → Extract Annotations 기능을 사용하면 됩니다. 이때 조건 설정에서 Match any of the following을 선택 후, Annotation type is primer bind와 Annotation type is primer bind reverse를 추가합니다.

이 설정을 통해 시퀀스 내에 있는 모든 forward 및 reverse 프라이머 주석이 한 번에 추출되며, 각각의 프라이머가 별도의 oligo 문서로 생성되어 oligo 데이터베이스에 저장됩니다.

시퀀스에서 프라이머 하나만 개별적으로 추출하고 싶은 경우에는, 해당 프라이머 주석(annotation)을 선택한 뒤 “Extract” 버튼을 클릭하는 방식을 추천 드립니다. 이 방법은 선택한 프라이머를 바로 oligo 형식으로 추출해줍니다.

(2024년 업데이트)

Geneious에서는 프라이머가 항상 5'에서 3' 방향으로 표시되기 때문에, 프라이머를 reverse complement 처리하면 시퀀스 뷰어에서 reverse strand가 보여지고 프라이머 방향 화살표도 왼쪽에서 오른쪽에서, 오른쪽에서 왼쪽으로 전환됩니다. 하지만 text view에서는 실제 프라이머 서열이 변경되지 않고 여전히 원래 서열 그대로 유지됩니다.

만약 프라이머를 실제로 reverse strand에 맞게 변경하고자 한다면, 현재의 주석(annotation)이 시퀀스와 일치하지 않게 되므로 ‘Characteristics for Selection’ 도구를 다시 실행해야 합니다. 이 작업 전에 기존의 프라이머 주석을 삭제한 다음, ‘Characteristics for Selection’을 실행하면 현재 시퀀스 방향에 맞는 새로운 프라이머 주석이 생성됩니다. 이렇게 하면 프라이머가 실제로 시퀀스의 반대 가닥에 맞게 재설정됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서는 다양한 Maximum Likelihood 계통수 작성 도구를 사용할 수 있습니다. 대표적으로 PHYML, RAxML, PAUP*, FastTree가 있으며, 각각의 특성과 적합한 사용 상황이 다릅니다.

• PHYML 속도와 정확성의 균형이 잘 잡힌 도구로, 일반적인 DNA나 단백질 계열 분석에 적합합니다.
• RAxML 대규모 데이터를 다룰 수 있는 성능, 유연성을 갖추고 있어 수천 개 이상의 서열을 처리할 때 유리합니다.
• PAUP* Maximum Parsimony, Distance, Maximum Likelihood 등 다양한 방법을 지원하지만 Geneious에서는 단백질을 이용한 ML 트리를 만들 수 없으며, 사용자가 별도로 프로그램을 설치해야 합니다.
• FastTree 매우 큰 데이터셋을 빠르게 처리할 수 있는 장점이 있어, 100만 개 이상의 서열을 다룰 때 유용합니다.

데이터 크기가 작고 일반적인 분석이라면 PHYML을, 대용량 데이터를 빠르게 분석하려면 FastTree를, 보다 정확한 결과를 원하면 RAxML을 사용하는 것을 고려해 보실 수 있습니다.

논문용 분석이라면 정확성과 재현성을 위해 RAxML이나 PHYML을 사용하는 것을 추천드립니다.

(2024년 업데이트)

부트스트랩 퍼센트를 계통수에 표시하려면, Consensus tree에서 Show Branch Labels 옵션을 선택하고, Display를 Consensus support (%) 또는 Bootstrap support (%)로 설정하면 됩니다. (사용한 계통수 작성 도구나 플러그인에 따라 이름이 다를 수 있습니다.) 또한, Show next to node 상자를 선택하면 부트스트랩 값이 브랜치 중간이 아닌 노드 옆에 표시되도록 조정할 수 있습니다.

해당 옵션은 부트스트랩 분석을 수행하여 컨센서스 트리(Consensus tree) 를 생성하도록 지정한 경우에만 활성화됩니다. Geneious 트리 빌더를 사용할 경우, Resample Tree 옵션이 선택되어 있어야 하며, Resampling method는 반드시 Bootstrap으로 설정해야 합니다.

다른 계통수 빌더에서의 부트스트랩 설정 방법은 다음과 같습니다.

PHYML에서는 Branch Support 옵션에서 Bootstrapping을 선택해야 합니다.

PAUP*에서는 Perform Bootstrapping 박스를 체크해야 부트스트랩이 적용됩니다.

RAxML에서는 Algorithm을 "Rapid bootstrapping and search for best-scoring ML tree"로 설정해야 부트스트랩이 적용됩니다.

(2024년 업데이트)

(phylogenetic tree에는 종종 트리의 내부 노드나 브랜치에 관련된 정보가 포함됩니다.

예를 들어, 아래의 파충류 계통수에서는 브랜치에 부트스트랩 값이 표시되어 있으며, 내부 노드에는 Amniotes, Archosaurs와 같은 상위 분류군 이름이 할당되어 있습니다.

위와 같은 정보는 Nexus 또는 Newick 형식의 텍스트 기반 계통수 파일에 포함될 수 있지만, 이 두 형식은 내부 노드와 내부 브랜치에 연결되어야 할 값을 구분하지 않습니다. 따라서 이러한 파일을 Geneious에 불러올 때, 해당 속성을 branch support values로 처리할지, 또는 node labels로 처리할지를 사용자에게 선택하라는 메시지가 표시됩니다.

브랜치 또는 노드에 support value를 할당할 때의 영향

계통수를 생성하거나 불러온 후, 가장 먼저 해야 할 작업은 보통 계통수를 올바르게 루팅(rooting)하는 것으로써, 대부분의 계통수 추론 방법은 루트의 초기 위치가 임의로 설정되기 때문에, 이를 적절히 조정해주는 과정이 필요합니다.

내부 노드와 브랜치에 할당된 값은 루트의 위치에 따라 다르게 작동하기 때문에, Geneious는 해당 값이 node support value인지, 아니면 branch label인지 사용자가 명확히 지정해야 합니다. 그래야 다시 루팅된 트리에서 정보가 정확한 위치에 표시됩니다.

아래 계통수를 살펴보시면 왼쪽 트리 (a)는 사람(Human) 브랜치를 루트로 임의 설정한 모습입니다. 인간과 침팬지를 나머지 분류군에서 분리하는 브랜치에 대한 부트스트랩 값이 85인 것을 보면, 이 루트는 부자연스럽긴 하지만, 사람 + 침팬지(Hominini)계통도를 지지하는 값임을 나타냅니다.

이 값을 branch support 으로 간주하면, 오른쪽 트리 (b)처럼 트리를 다른 포유류 가지를 루트로 재루팅하더라도, 85% 지지값은 여전히 Hominini 분기를 정확히 나타내는 위치에 표시됩니다.

만약 부트스트랩 지지값을 노드와 연관된 값으로 처리했더라면, 계통수를 루팅할 때 이 값들은 잘못된 노드에 연결되었을 것입니다.

아래 그림처럼, 이 경우 85%의 부트스트랩 지지값이 Great Apes 노드에 표시되어, 마치 이 값이 Hominini(사람 + 침팬지)가 아닌 Great Apes 클레이드(사람 + 침팬지 + 고릴라 등)에 대한 지지인 것처럼 잘못된 정보를 주게 되는 것에 유의하셔야 합니다.

(2023년 업데이트)

Geneious Prime에서 래더(ladder)를 인식하지 못하는 경우, 먼저 확인할 점은 래더가 트레이스(trace)의 마지막 dye 채널에 있어야 한다는 것입니다. 예를 들어, 4 dye run을 수행한 경우 트레이스 파일에는 4개의 dye만 포함되어야 하며, 래더는 반드시 마지막 dye 채널에 위치해야 합니다.

4 dye run을 수행했지만 Geneious에서 해당 데이터를 5 dye로 인식하도록 설정되어 있는 경우, 마지막 dye 채널이 비어 있게 되어 Geneious가 래더를 인식하지 못합니다.

트리밍 설정이 잘못되어 있거나, 래더 피크 신호가 너무 약하거나, 피크가 누락되었거나 추가된 경우에도 래더를 인식하지 못할 수 있습니다. 아래 단계를 따라 수동으로 피크를 확인 및 조정해보세요

• 래더를 제외한 모든 dye 채널을 비활성화합니다.

• ‘Show Traces’, ‘Show Peak Calls’, ‘Show Peak Labels’ 옵션을 활성화하고,

  Y축 스케일을 최대로 조정하여 피크 높이를 명확하게 확인하고,

  X축 스케일도 확대하여 피크가 넓게 보이도록 설정합니다.

• 피크가 누락된 경우, 해당 위치를 클릭한 후 툴바의 ‘Add Peak’ 버튼을 클릭해 피크를 추가합니다.

  불필요한 피크가 있을 경우, 해당 피크를 선택하고 ‘Remove Peak’ 버튼을 클릭해 삭제합니다.

  특히 stutter 피크(유사한 피크가 두 개 나란히 있는 경우)는 짧은 쪽 피크를 제거하세요.

여러 피크를 수동으로 편집하면, Geneious가 자동으로 래더 유형을 인식하기 시작하며, 오른쪽 패널의 dye 이름 아래에 래더 이름이 표시됩니다.

만약 사용하는 래더가 커스텀 래더이거나 표준이 아닌 마이크로새틀라이트 래더일 경우, Geneious에 해당 래더 정보를 직접 추가해야 인식할 수 있습니다.

이 경우 “저만의 커스텀 마이크로위성 래더를 사용할 수 있나요?” 를 참조해 주세요.

(2023년 업데이트)

Geneious Prime에서는 사용자 정의 마이크로새틀라이트 래더를 사용할 수 있습니다.

plugin 버전 1.2 이상부터는 사용자 래더를 직접 추가할 수 있으며, 래더 정보는 ladders.txt 라는 텍스트 파일에 저장되어 있습니다. 첫 번째 필드는 래더 이름, 뒤로는 해당 래더의 피크 크기(염기쌍 단위)가 나열되어 있습니다.

"CustomLadder 50 75 100 150 200 300"과 같은 형식입니다.

이 파일을 직접 수정하여 새로운 래더를 추가할 수 있으며, 변경 사항이 적용되려면 Geneious를 재시작해야 합니다.

또한 Geneious는 래더가 반드시 트레이스의 마지막 dye 채널에 있어야 인식할 수 있기 때문에 주의가 필요합니다. 4 dye run을 수행했다면 트레이스에는 정확히 4개의 dye만 있어야 하고, 그중 마지막 dye가 래더여야 합니다.

4 dye run을 했지만 트레이스가 5 dye로 설정되어 있다면 마지막 채널이 비어 있게 되어 Geneious는 래더를 감지하지 못하게 됩니다.

ladders.txt 파일 수정하기

Tools → Plugins에서 Microsatellites 플러그인을 설치합니다.

플러그인이 설치되어 있다면, ladders.txt 파일을 수정하기 위해 Microsatellites 플러그인의 설치 디렉토리를 찾아야 합니다. 이 디렉토리의 위치는 사용하는 운영체제(OS)와 Geneious가 관리자 권한으로 설치되었는지 여부에 따라 달라집니다.

Microsatellites 플러그인 폴더 이름은 com.biomatters.plugins.microsatellite.MicrosatellitePlugin 과 같으며, com\biomatters\plugins\microsatellite\data 다음과 같은 하위 디렉토리로 구성되어 data 폴더 안에 ladders.txt 파일이 존재합니다.

이 파일을 메모장과 같은 일반 텍스트 편집기로 열고, 기존에 있는 형식을 참고하여 사용자 정의 래더를 같은 형식으로 추가한 후, Geneious 를 재시작하여 변경 사항을 적용할 수 있습니다.

• Windows

  • C:\Program Files\Common Files\Geneious\plugins
  • C:\Users\<사용자이름>\AppData\Local\Geneious\plugins

  AppData 폴더는 기본적으로 숨겨져 있으므로, Windows 제어판의 폴더 옵션 → 보기 탭에서 “숨김 파일, 폴더 및 드라이브 표시” 옵션을 활성화 하셔야 합니다.

• macOS

  • /Library/Application Support/Geneious/plugins
  • /Users/<사용자이름>/Library/Application Support/Geneious/plugins

  Users/<사용자이름>/Library 폴더는 macOS 최신 버전에서 기본적으로 숨겨져 있으므로, Finder에서 ”command + shift + . “ 단축키를 통해 숨김 파일을 표시하셔야 합니다.]

• Linux

  • (Geneious 설치 경로)/data/plugins
  • ~/.geneious_plugins

(2023년 업데이트)

Geneious Prime은 마이크로새틀라이트 트레이스(trace) 파일에 포함된 dye 정보를 그대로 인식합니다. 즉, 트레이스 파일에 어떤 dye가 포함되어 있느냐에 따라 Geneious가 이를 자동으로 감지합니다.

중요한 점은, 래더(ladder)는 반드시 트레이스의 마지막 dye 채널에 있어야 한다는 것입니다. 예를 들어 4 dye run을 수행한 경우, 트레이스에는 정확히 4개의 dye가 있어야 하며, 그 중 마지막 dye가 래더로 지정되어 있어야 Geneious가 정상적으로 래더를 호출할 수 있습니다.

만약 4 dye run을 수행했음에도 트레이스 파일이 5 dye 형식으로 구성되어 있다면, 마지막 dye는 비어 있게 되고 Geneious는 래더를 인식하지 못합니다. 따라서 올바른 래더 인식을 위해서는 트레이스 파일의 dye 구성이 실험 조건과 일치하는지 확인해야 합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime의 Microsatellites 플러그인에서는 버전 1.1부터 데이터의 ploidy(배수성)를 설정할 수 있는 기능이 제공됩니다. 이 옵션은 Locus Info 창에서 설정할 수 있으며, 분석하려는 샘플이 diploid, triploid 등 여러 배수성을 가질 수 있는 경우 이에 맞춰 조정할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

이는 Genescan 500 래더에서 잘 알려진 문제로, 해당 조각(fragment)이 제대로 migration 되지 않아 발생합니다.

소프트웨어가 잘못된 위치에 있는 피크로 인식하여 제거를 권장하는 것으로, 래더 자체의 특성에 기인한 현상입니다. 다음을 참고하실 수 있습니다. (링크)

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 트레이스 시작 부분에 보이는 회색 영역은 무시되어야 할 노이즈 영역을 나타냅니다. 이 구간은 일반적으로 분석에 포함되지 않으며, 필요에 따라 조정할 수 있습니다.

회색 영역을 드래그하여 조절할 수 있으며, 상단 툴바의 Set trim 버튼을 통해 선택된 모든 document 에 대해서 trim 영역을 일괄로 설정할 수도 있습니다.

(2024년 업데이트)

Locus Document는 Geneious Prime에서 locus 정보와 bin 설정 값을 저장하는 문서입니다. 사용자가 트레이스 데이터에서 locus 정보와 bin을 설정하면, 이 내용이 Locus Document로 저장됩니다.

설정 완료 시 이름을 지정하라는 메시지가 표시되며, 생성된 문서는 트레이스 문서들과 함께 저장됩니다. 이후 이 Locus Document는 문서 테이블에서 다른 트레이스들과 함께 선택하거나, ‘Loci:’ 박스를 통해 선택하여 적용할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 먼저 검색하고자 하는 폴더를 선택합니다. (전체 폴더에서 찾고 싶다면 루트 폴더인 "Local"을 선택합니다.)

이후 창 오른쪽 상단의 "Search" 버튼을 클릭하고, 나타나는 검색 패널에서 "More Options"를 클릭한 후 "Document Type"을 "Locus Document"로 설정하면 해당 유형의 문서만 필터링되어 표시됩니다.

(2024년 업데이트)

Locus Document를 삭제하려면, 먼저 해당 문서를 폴더에서 찾아야 합니다.

"Search" → "More Options" → "Locus Document” 를 통해 Locus Document를 찾은 뒤, 문서 목록에서 해당 파일을 선택하고 삭제할 수 있습니다.

“내가 가진 모든 Locus Documents를 찾고 싶어요” 를 참고하실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Microsatellite Plugin은 Locus Document를 찾기 위해 Geneious 검색 인덱스를 사용하며, ‘Loci:’ 콤보박스 옆에 회전하는 아이콘이 표시되는 경우 이는 인덱싱이 완료되기를 기다리고 있다는 의미입니다.

왼쪽 하단에 있는 “Searching” 메시지에 마우스를 올려보면 자세한 정보를 확인할 수 있습니다. 손상된 문서가 인덱싱을 방해하고 있을 수 있으며, 이 경우 해당 문서를 삭제해야 합니다.

“indexer 가 계속 실행이 돼요” 항목을 참고하실 수 있습니다.

(2025년 1월 업데이트)

해당 플러그인의 매뉴얼 링크 입니다.

Geneious 에서 제공하는 튜토리얼 또한 참고하실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

해당 기능은 현재로써는 구현이 되어 있지 않습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime의 Gibson Assembly 도구를 사용하면 벡터 간 부품을 교체하는 시뮬레이션을 수행하면서 동시에 필요한 오버랩 프라이머도 생성할 수 있습니다.

예를 들어, 제한효소 절단 부위가 적절하지 않은 두 플라스미드 간에 selection marker 등의 구성 요소를 교환해야 할 경우 Gibson Assembly를 사용할 수 있습니다.

위 작업을 수행하려면 먼저 donor plasmid에서 전달할 요소를 선택한 뒤, Extract 기능을 사용해 해당 영역만 포함하는 새로운 시퀀스 문서를 생성합니다. PCR 프라이머를 따로 만들 필요는 없지만, 필요하다면 PCR을 통해 추출하는 방식으로도 생성할 수 있습니다.

다음으로, recipient plasmid를 준비해야 합니다. 먼저 교체될 부위를 선택한 뒤, 마우스 오른쪽 클릭 → Inverse selection 을 선택합니다. 이렇게 선택한 영역에 대해 precise primers 세트를 생성하고, 해당 부위의 PCR 산물을 추출합니다.

다음으로, 두 개의 fragment를 선택한 후 Gibson Assembly 도구를 실행하면 됩니다. 일반적으로 더 큰 fragment가 자동으로 backbone으로 선택되지만, 구성 요소를 드래그하거나 backbone 드롭다운 메뉴에서 원하는 구성 요소를 선택하여 변경할 수 있습니다.

PCR product를 생성할 때 필요한 상동 말단을 가진 오버랩 프라이머를 저장하려면 “save unique primers”를 선택하고, “Generate Constructs”을 클릭하면 어셈블리가 완료됩니다.

(2024년 업데이트)

사용자 지정 제한효소 목록(custom restriction enzyme list)을 삭제하려면, 해당 목록은 데이터베이스 어딘가에 문서 형식으로 저장되어 있으므로 이름으로 검색하여 찾아야 합니다.

검색과 같은 결과를 통해 document table에 나타나면 해당 문서를 삭제하면 목록에서 더 이상 보이지 않게 됩니다. 완전히 삭제하려면 Shift + Delete 키를 사용하시면 됩니다.

(2025년 4월 업데이트)

먼저 시퀀싱 결과(reads)를 시각적으로 클론(clones) 단위로 그룹화한 다음, 이를 reference에 매핑해야 합니다.

만약 시퀀싱 결과와 reference 이름이 아래 조건을 충족하는 형식을 따른다면, 자동화할 수 있습니다. 아래의 사전 작업들을 참고하여 본인의 워크플로우에 맞게 진행하세요.

Cloning Validation 도구를 자동으로 사용하기 위한 이름 형식 요구사항

• 모든 read는 동일한 수의 구성 요소를 포함하고, 각 구성 요소의 위치와 유형도 동일해야 합니다.

  • reference0-clone1_forwardprimer_A01.ab1

  이러한 형식을 따르면 Geneious는 각 read가 어떤 reference 및 clone에 속하는지 자동으로 인식하여 매핑 및 검증을 자동화할 수 있습니다.

• 모든 reference는 동일한 수의 구성 요소를 포함하고, 각 구성 요소의 위치와 유형도 동일해야 합니다.

  • experiment1_reference0_location1_A1

  일관된 형식을 유지하면 Cloning Validation 도구가 reference들을 자동으로 인식하고 적절히 매핑할 수 있습니다.

• 클론으로 그룹화하려면, read 이름에 클론을 지정하는 부분이 포함되어야 합니다.

  • reference0-clone1_forwardprimer_A01.ab1
  • reference0-clone1_reverseprimer_B01.ab1
  • reference0-clone2_forwardprimer_C01.ab1
  • reference0-clone2_reverseprimer_D01.ab1

  위 경우는 clone1 과 clone2 라는 두 개의 클론으로 그룹화 할 수 있습니다.

• 동일한 클론 이름이 서로 다른 reference에 매핑된다면, Cloning Validation 도구를 사용할 때 reference와 clone 모두 식별할 수 있는 이름 부분을 함께 선택해야 합니다.

  • reference0-clone1_forwardprimer_A01.ab1
  • reference0-clone1_reverseprimer_B01.ab1
  • reference1-clone1_forwardprimer_C01.ab1
  • reference1-clone1_reverseprimer_D01.ab1

  위 경우는 clone1 이라는 이름이 reference0과 reference1에 각각 존재하고 있으므로 단순히 clone1 만으로는 클론을 구분할 수 없게 됩니다. 따라서 reference 를 식별할 수 있는 reference0, 1 과 clone을 식별할 수 있는 clone1 을 함께 선택하여 정확하게 클론을 분류할 수 있습니다.

• 자동으로 리드(read)를 reference 서열에 매핑하려면, read 이름과 reference 이름 사이에 일치하는 부분이 존재해야 합니다.

  • 1_reference0-clone1_forwardprimer_A01.ab1
  • reference0-clone1

  위 경우에 두 이름 모두 “reference0-clone1” 이라고 하는 공통된 부분이 포함되어 있으므로, Cloning validation 도구는 이를 기반으로 자동으로 매핑을 수행할 수 있습니다.

Cloning Validation 을 수행하는 방법은 다음을 참고하실 수 있습니다.

https://www.geneious.com/tutorials/cloning-validation

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 CRISPR의 오프타겟 검색을 설정하려면 먼저 사용할 오프타겟 데이터베이스를 만들어야 합니다. 이 데이터베이스는 일반적으로 관심 있는 생물의 전체 유전체지만, 타겟팅 벡터나 다른 서열을 포함할 수도 있습니다.

새로운 빈 폴더를 Geneious 내에 생성한 뒤, off-target 검색에 사용할 서열들을 해당 폴더에 가져옵니다. Geneious는 기본적으로 전체 유전체를 포함하고 있지 않으므로, 좌측 Sources 패널 하단의 NCBI 폴더에서 직접 다운로드하거나 Sample Documents에 있는 Genomes 폴더의 링크를 통해 인간, 쥐 유전체 등을 가져올 수 있습니다.

또는 fasta나 GenBank 형식의 파일을 외부에서 다운로드해 가져오는 것도 가능합니다. 이렇게 구성된 off-target 데이터베이스는 서열 수나 용량에 제한은 없지만, 데이터 양이 많을수록 CRISPR site 탐색 시간이 길어질 수 있습니다.

데이터베이스를 준비한 후에는 "Find CRISPR Sites" 설정 창에서 "Off-target database" 옆 버튼을 클릭해 해당 서열 폴더를 선택하면 됩니다.

(2024년 업데이트)

자주 사용하는 특정 제한효소가 있다면, Geneious Prime에서 사용자 정의 효소 세트를 생성할 수 있습니다.

1. Find Restriction Sites 인터페이스에서 만들기 Advanced 옵션을 클릭하고 원하는 효소들을 선택한 다음, Save Selected Enzymes 버튼을 눌러 세트 이름을 지정하면 됩니다.
2. 직접 새로운 효소 세트 document 만들기 메뉴에서 Cloning → New Enzyme Set 또는 File → New → New Enzyme Set을 선택한 후, 세트 이름을 입력하고 OK를 누릅니다. 그러면 빈 효소 세트 문서가 생성되며, Add Enzymes 버튼을 클릭해 목록에서 원하는 효소를 추가할 수 있습니다.

생성된 효소 세트는 작업 중인 폴더에 document 로서 저장되지만 데이터베이스 내 모든 효소 세트는 Find Restriction Sites 인터페이스의 Candidate Enzymes 드롭다운 목록에서 사용하실 수 있습니다.

(2025년 4월 업데이트)

커스텀 코돈 테이블은 Geneious Prime 2019 이후 버전에서 두 가지 파일 형식 중 하나를 가져와서 생성하실 수 있습니다.

• EMBOSS cusp (*.cusp)
• GCG CodonFrequency (*.cod)

위 파일들은 Geneious 외부에서 GCG CodonFrequency 또는 EMBOSS cusp 명령어를 사용하여 커맨드라인을 통해 생성하거나, Kazusa 코돈 사이트에서 GCG 형식을 다운로드 할 수 있습니다.

또한 http://www.bioinformatics.org/sms2/codon_usage.html , http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/cusp 와 같은 사이트를 참고하실 수 있습니다.

위와 같은 방법을 통해 코돈 테이블을 가져오게 되면, 해당 테이블이 하나의 document로 나타나며, 다른 document 처럼 이동, 복사, 변경 및 삭제가 가능한 형태가 됩니다. 폴더 내 위치와 관계없이, 모든 코돈 테이블 document는 Back Translate 및 Optimize Codons 기능을 사용할 때 옵션 목록에 자동으로 표시되게 됩니다.

데이터베이스마다 계산 방식이 약간 상이하므로 소수점 반올림 등으로 인해 일부 값이 다를 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

non-cutting 제한효소를 찾으려면 DNA 서열 document를 선택하고, Cloning → Find non-cutting enzymes 메뉴로 이동하시면 됩니다. 여기에서 원하는 제한효소 세트를 선택하면, non-cutting 제한효소들 목록이 포함된 새로운 문서 테이블이 생성됩니다.

또는, 이미 특정 제한효소 세트를 서열에 적용한 경우에는 해당 서열 문서의 Enzymes 탭으로 이동한 다음, Show non-cutters 버튼을 클릭하면 해당 세트 중에서 서열을 절단하지 않는 효소들의 목록을 확인할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious 6.0 이상 버전에서는 플라스미드에 일반적인 프로모터, 종결자, 클로닝 사이트, 제한효소 절단 부위, 리포터 유전자, affinity 태그, selection 마커 유전자, 복제 개시점, ORF 등을 자동으로 annotation 할 수 있습니다. 플라스미드를 주석 처리하려면 Annotate and Predict → Annotate From Database..를 선택하세요.

Geneious Prime 2020.0 및 이전 버전에서는 PlasMapper에서 사용된 데이터베이스에 있는 feature들을 기반으로 플라스미드를 주석 처리하게 됩니다.

Geneious Prime 2020.1부터는 Sample Documents/Plasmapper features 폴더가 제거되고, Geneious Plasmid Features라는 새로운 locked database reference feature 로 바뀌었습니다. 이 데이터베이스는 더욱 확장된 플라스미드 공통 feature 목록을 포함하며, Annotate from database 도구의 기본 데이터베이스로 설정되어 있습니다.

이 데이터베이스의 내용은 좌측 Sources 패널의 Reference Features 아래에서 확인할 수 있습니다.

플라스미드에 주석을 추가하려면, Annotate From Database 설정에서 Reference Features 또는 Geneious Plasmid Features가 Source로 설정되어 있는지 확인하세요.

Similarity 항목을 조정하여 주석을 전이할 때 사용할 최소 일치 비율(%)을 설정할 수 있습니다. insertion과 deletion은 불일치로 간주되며, 애매한 염기 간의 일치(N vs. A 등)는 부분 불일치로 계산됩니다 (N과 A의 비교는 0.75개의 mismatch로 계산).

Similarity는 annotation 전체 길이를 기준으로 계산되므로, 해당 주석이 절반만 일치할 경우 similarity는 50%가 됩니다.

주석을 실제로 시퀀스에 적용하려면 Apply를 누르고, 변경사항을 문서에 저장하려면 Save를 클릭하세요. 저장하기 전까지는 주석이 시퀀스에 영구 적용되지 않으며, 화면상에서 흐리게(faded) 표시됩니다. 또한 Advanced... 버튼을 클릭하면 시퀀스 주석 방법에 대해 보다 정밀한 설정을 조정할 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime이 제한효소 목록을 찾지 못하는 이유는 인덱서가 실행 중이거나 일시 정지되어 있기 때문일 수 있습니다. 이 경우, 화면 왼쪽 아래 Sources 패널 하단을 확인하세요.

인덱서가 일시 정지되어 있다면 클릭하여 다시 시작할 수 있으며, 완료되면 제한효소 데이터베이스가 다시 표시됩니다.

“데이터베이스 관련 질문” 섹션의 “indexer 가 계속 실행이 돼요”을 참고하실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

가상의 gel ladder는 Geneious Prime R7 버전부터 추가할 수 있습니다. 사용자 정의 gel ladder를 추가하려면, 시퀀스의 Virtual Gel 탭을 통해 사용 가능한 래더가 표시된 드롭다운 상자 옆에 있는 "?" 버튼을 클릭합니다.

버튼을 클릭하면 현재 저장된 gel ladder를 확인할 수 있는 창이 나타납니다. 이를 통해 새로운 ladder를 추가하거나 기존 ladder를 수정할 수 있습니다.

(2025년 7월 업데이트)

M 시리즈(ARM) 기반 Apple 컴퓨터에서 Geneious를 사용할 때 Apple의 에뮬레이션 소프트웨어가 설치되어 있지 않으면 일부 기능을 실행할 때 "error=86, Bad CPU type in executable (Rosetta is Required)" 오류가 발생할 수 있습니다.

• softwareupdate --install-rosetta

터미널을 열고 위와 같은 명령어를 실행함으로써 필요한 에뮬레이터인 Rosetta를 설치하실 수 있습니다.

해당 프로그램에 대해 더 많은 정보를 원하시면 다음 링크를 참고하실 수 있습니다.

https://en.wikipedia.org/wiki/Rosetta_(software)

https://support.apple.com/en-au/102527

(2024년 업데이트)

Geneious Prime에서 크래시가 발생하거나 이상한 동작을 보일 경우, 오류 리포트 창이 나타나면 가능한 많은 정보를 입력하고 Send 버튼을 클릭하여 주세요. 문제의 진행 상황을 추적하고 싶다면 incident number를 기록해두시면 됩니다. 또는 Geneious 지원 웹사이트를 통해 지원 요청을 제출할 수 있으며, 이때 관련된 상세 설명과 crash.log 파일(있는 경우)을 함께 첨부하는 것이 좋습니다.

만약 문제가 파일을 가져오는 중 발생한 것이라면, 해당 파일도 함께 geneious에 제공해주시면 도움이 됩니다.

crash.log 파일은 일반적으로 사용자의 홈 디렉터리에 위치한 Geneious X.Y Data 폴더(X.Y는 사용 중인 Geneious 버전)에 저장되어 있습니다.

(2020년 업데이트)

macOS Catalina 10.15 이상 버전에서는 보안 정책이 강화되어 Geneious Prime 외부에서 다운로드한 커맨드라인 도구는 추가 조치를 취하지 않으면 실행되지 않습니다.

Geneious 내에서 해당 도구를 실행하려 하면 "can't be opened because its integrity cannot be verified” 와 같은 메시지가 표시됩니다. “해당 파일은 무결성을 확인할 수 없기 때문에 열 수 없다” 라는 의미이며, 도구에 따라 다른 형태의 실패 메시지가 추가로 나타납니다.

Geneious 외부에서 다운로드한 실행 파일은 macOS의 보안 정책에 따라 차단되므로, 별도로 사용자 측에서 해당 실행 파일에 대해 신뢰 또는 권한을 부여해야 합니다.

다음을 따라 문제를 해결하실 수 있습니다.

1. Geneious 외부에서 Finder를 열고 실행하려는 앱이나 실행 파일의 위치로 이동합니다.
2. 해당 앱/실행 파일을 오른쪽 클릭하고 “열기(Open)”를 선택합니다.
3. 그 후 다음 중 하나의 메시지가 나타납니다:
   • “정말 열겠느냐”는 메시지가 뜨면, 해당 앱을 신뢰하는 경우 “열기”를 클릭하면 됩니다. 이후 Geneious에서 해당 도구를 정상적으로 실행할 수 있으며, 추가 조치는 필요 없습니다.
   • “열기” 옵션 없이 차단되는 경우, 보안 우회 설정이 필요합니다. 이 경우 Terminal을 사용해야 하며, macOS의 보안 제어(Gatekeeper)를 일시적으로 비활성화하고 실행한 뒤 다시 활성화하는 방식이 일반적입니다.

영향을 받는 프로그램들은 다음과 같습니다.

• cap3
• phobos
• PAUP*
• PolymorphicSSR
• Mauve
• USearch
• MUSCLE
• EMBOSS 플러그인

(2024년 업데이트)

이 오류는 인터넷에 연결되어 있지 않거나 프록시 서버에 있을 때 발생할 수 있습니다. Geneious는 기본적으로 프록시 설정을 자동으로 감지하지만, 자동으로 감지하지 못할 경우 수동으로 설정해줘야 합니다.

이 작업을 위해서, 인터넷 브라우저를 열고 연결 설정으로 이동합니다.

• Internet Explorer(edge): 설정 → 고급 설정 보기 → 오픈 프록시 설정
• Google Chrome: 설정 → 시스템 → 컴퓨터 프록시 설정 열기
• Safari: 환경설정 → 고급 → 프록시 (설정 변경)
• Firefox: 도구 → 옵션 → 연결 설정

만약 브라우저 설정에 프록시 서버나 자동 구성 스크립트가 지정되어 있다면, 해당 정보를 Geneious의 환경설정에도 동일하게 입력해야 합니다. Geneious에서 Tools 메뉴 → Preferences → General 탭으로 이동한 후, Connection Settings 항목에서 브라우저의 설정과 동일하게 프록시 정보를 입력하세요.

(2024년 업데이트)

이 오류는 일반적으로 다음과 같이 “Error saving data for completed operation, it will not show up in the Operations Table after restarting Geneious” 또는 “Unable to read saved list from disk. Some previously run local operations will be missing from the Operations Table” 으로 나타나며, 완료된 작업을 저장하는 데 오류가 발생하거나 저장된 데이터를 불러들이는 데에 문제가 발생한 경우입니다.

이러한 오류는 이전에 분석을 수행하는 도중 Geneious가 디스크에 데이터를 기록하는 과정에서 데이터베이스 연결이 중단되었을 때 발생합니다.

이로 인해 operationTableCallbackRows.xml 파일이 불완전한 상태가 되었고, 오류를 해결하려면 해당 파일을 삭제해야 합니다. 해당 파일은 Geneious의 Data 폴더 안에서 찾을 수 있습니다.

(2023년 업데이트)

해당 오류는 일반적으로 데이터베이스 내 파일이 손상되어 더 이상 열 수 없음을 나타냅니다. 흔한 원인은 네트워크 드라이브, 플래시 드라이브 또는 Dropbox와 같은 동기화 프로그램에 데이터베이스를 저장한 경우입니다. 이러한 저장 방식은 데이터베이스에 파일을 올바르게 기록할 만큼 빠르거나 안정적인 연결을 제공하지 못하기 때문에 문제가 발생할 수 있습니다.

손상된 파일은 일반적으로 복구가 불가능하지만, 데이터베이스를 로컬 드라이브로 옮기고 새로운 데이터베이스를 생성하여 오류를 제거함으로써 추가적인 문제를 예방할 수 있습니다.

추가적인 사항은 데이터베이스 관련 질문 섹션의 데이터를 외부 드라이브나 네트워크 드라이브에 저장하고 싶어요 또는 데이터가 손상된 경우 어떻게 다시 만들 수 있나요? 를 확인하실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

“flxActAppActivationSend - (0,0,0)” 오류는 라이선스 코드가 올바르게 설치되지 않았음을 나타냅니다. Geneious 내에서 Help → Install FLEXnet을 선택하여 FLEXnet을 설치한 다음, Help → Activate License에서 라이선스 정보를 입력해보세요.

Mac을 사용하는 경우에도 이 오류가 계속 발생한다면, 터미널을 열고 다음 명령어를 입력하세요

• sudo mkdir -p "/Library/Preferences/FLEXnet Publisher" ; sudo chmod 777 "/Library/Preferences/FLEXnet Publisher"

위 방법으로도 해결되지 않는다면, Adobe 소프트웨어가 이미 해당 디렉터리를 잘못된 권한으로 생성했을 가능성이 있습니다. 아래 명령어를 터미널에 입력하여 권한을 수정하세요.

• sudo chmod 777 "/Library/Preferences/FLEXnet Publisher/FLEXnet"

이 명령어는 FLEXnet의 권한을 올바르게 설정하여 라이선스를 정상적으로 활성화할 수 있도록 도와줍니다.

(2024년 업데이트)

“java.lang.OutOfMemoryError” 오류가 발생하는 경우, 이는 업그레이드 시 메모리 설정이 기본값으로 초기화되어 Geneious 데이터베이스 내의 대용량 파일을 처리하기에 부족할 때 발생합니다.

Geneious의 메모리 할당량을 재설정해야 하며, 이를 위해 vmoptions 파일을 열어 -Xmx 설정 값을 원하는 메모리 용량(MB 단위)으로 증가시켜야 합니다.

Mac의 경우, 이 설정은 Geneious.app 폴더 내 info.plist 파일에 있으며, 해당 앱을 오른쪽 클릭한 후 "패키지 내용 보기(Show Package Contents)"를 선택하고 Contents 폴더로 들어가면 찾을 수 있습니다.

Windows에서는 Program Files 내 Geneious 폴더에 위치한 Geneious.default.64bit.vmoptions 또는 Geneious.in.use.vmoptions 파일에서 설정을 수정하면 됩니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime이 공식적으로 지원하는 Linux 구성은 다음과 같습니다.

• Ubuntu Desktop LTS (20.04 and 22.04).

Geneious R10 이상의 버전은 Ubuntu 18.04 이상에서 실행하실 수 있으며, Geneious Prime 설치 관련 섹션의 Ubuntu 에서 실행이 되나요? 항목을 참고하실 수 있습니다. 이보다 더 이전 버전의 Geneious 사용자는 Ubuntu 16.04를 사용해야 합니다.

또한 Geneious R10 이상 버전은 64비트의 리눅스 환경이 요구 됩니다.

기타 요구 사항은 다음과 같습니다.

• 기본 데스크탑 환경
• 배포판 저장소의 최신 버전으로 모든 패키지가 업데이트된 환경
• Linux standard base (lsb) 패키지
• Geneious와 함께 제공된 Java

Geneious는 다른 Linux 운영 체제에서도 실행될 수 있지만, Geneious 측에서는 Ubuntu에서만 테스트하므로 테스트 시스템에서 재현할 수 없는 문제에 대해서는 지원이 어려울 수 있습니다.

Linux Standard Base는 다음과 같이 설치하실 수 있습니다.

• Ubuntu
  • sudo apt-get install lsb
• RedHat, CentOS 및 기타 Red Hat 계열 시스템
  • sudo yum install redhat-lsb-core

기존 FlexNet 기반 라이선스는 Ubuntu 24.04 LTS 및 Red Hat Enterprise Linux 9을 포함한 최신 Linux 버전에서 더 이상 활성화할 수 없습니다. 자세한 내용은 Geneious 본사의 공지사항인 "End of support for FlexNet licensing on Linux" 문서를 참조하세요.

(2024년 업데이트)

DESeq2를 사용한 RNA-Seq 데이터 분석 옵션은 Geneious R10.1 이상 버전에서 제공됩니다. Linux 컴퓨터에서 이를 사용하려면 먼저 R과 DESeq2 패키지를 설치해야 합니다.

이 작업은 Linux 시스템에서만 필요하며, Windows와 macOS에서는 Geneious가 처음 DESeq2를 실행할 때 자동으로 R을 설치합니다. DESeq2 통합 기능을 사용하려면 Geneious 2023.1.1 이상이 필요합니다.

R이 설치되면 Geneious에서 다른 작업처럼 DESeq2 방법을 사용하여 발현 수준을 비교할 수 있습니다. R이 시스템 PATH에 없을 경우, DESeq2 옵션에서 R 실행 파일의 위치를 수동으로 지정해야 할 수 있습니다. Ubuntu, CentOS 또는 Red Hat Enterprise Linux에서 R을 설치하려면 sudo 또는 루트 권한이 필요합니다. 루트 권한이 없는 경우에는 R을 소스에서 컴파일하여 홈 디렉토리에 설치할 수 있습니다.

R 설치

R 4.3 이상 버전을 설치해야 합니다. 자세한 내용은 R Project 공식 웹사이트를 참조하세요.

• Ubuntu 에서 R 설치하기

  • 터미널에 다음 명령어를 입력합니다.

    • sudo apt-get update
    • sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libssl-dev
    • sudo apt-get install r-base r-base-dev

    명령어를 입력하신 후 아래의 DESeq2 설치 단계로 넘어가실 수 있습니다.

• CentOS 또는 Red Hat Enterprise Linux에서 R 설치

  • 터미널에 다음 명령어를 입력합니다.

    • sudo yum install curl
    • sudo yum install libcurl libcurl-devel
    • sudo yum install libxml2 libxml2-devel
    • sudo yum install R

    명령어를 입력하신 후 아래의 DESeq2 설치 단계로 넘어가실 수 있습니다.

• 루트 권한이 없는 경우: 사용자 홈 디렉토리에 R을 소스에서 설치

  1. R 프로젝트 웹사이트에서 R소스 압축 파일 다운로드
  2. 다운로드한 디렉토리로 이동
  3. 압축 해제
     • tar -xvzf R-4.3.Y.tar.gz
  4. 소스 디렉토리로 이동
     • cd R-4.3.Y
  5. 컴파일 및 설치
     • ./configure --prefix=$HOME/R
     • make
     • make install

  설치가 완료되면 R은 $HOME/R/bin에 설치되며, 다음 명령어로 실행할 수 있습니다:

  • ~/R/bin/R
  • 또는 환경변수에 추가하여 어디서든 실행 하실 수 있습니다.

  아래의 DESeq2 설치 단계로 넘어가실 수 있습니다.

DESeq2 설치

1. R 실행: 터미널에서 “R”을 입력하여 R을 실행합니다.
2. Bioconductor 설치
   • if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
3. DESeq2 설치
   • BiocManager::install("DESeq2")
4. 설치 완료 후 R 종료
   • 설치 완료 후 Ctrl + D 를 통해 R을 종료합니다.

R에서 DESeq2 버전 1.14.1 이 설치되지 않은 경우

• DESeq2 1.14.1 버전은 Geneious 와 호환성이 좋으므로 이를 수동으로 설치하려면 다음을 따를 수 있습니다.

1. DESeq2 1.14.1 다운로드

   • https://www.bioconductor.org/packages/3.4/bioc/src/contrib/DESeq2_1.14.1.tar.gz

2. R 실행

   • R

3. 기존 DESeq 제거

   • remove.packages("DESeq2")

4. 특정 버전 수동 설치

   • install.packages("/path/to/DESeq2")
   • 예: install.packages("/home/geneious/Downloads/DESeq2_1.14.1.tar.gz")

5. R 종료

   최종적으로 Geneious 에서 DESeq2 를 실행하실 수 있으며, 위 4단계에서 설정된 경로에서 DESeq2 를 수행하실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Prime의 Phobos 플러그인은 Linux에서 실행하는 데 필요한 Phobos 실행 파일 또는 C++ 라이브러리를 포함하고 있지 않습니다.

필요한 C++ 라이브러리(libstdc++6)를 설치하려면 터미널에서 다음 명령어를 실행하세요

• apt-get install libstdc++6

Phobos 실행 파일을 다운로드하려면 http://www.ruhr-uni-bochum.de/ecoevo/cm/cm_phobos.htm 으로 이동하신 후,

Download Phobos를 클릭하고 Linux binaries (updated September 2017) 를 선택하세요. 해당 파일은 zip 또는 tar.gz 형식으로 다운로드하실 수 있습니다.

압축을 해제한 폴더를 원하는 위치에 저장합니다.

Geneious에서 Phobos를 처음 실행할 때, 실행 파일의 경로를 설정해야 합니다. Annotate and Predict → Locate Tandem repeats with Phobos로 이동한 뒤, Browse 버튼을 클릭하세요. 압축을 해제한 폴더로 이동하여, 64비트 Linux의 경우 /bin 폴더에 있는 phobos_64_libstdc++6 실행 파일을, 32비트 Linux의 경우 phobos-linux-libstdc++6 실행 파일을 선택하세요.

(2024년 업데이트)

Geneious R10부터는 모든 기능이 64비트 실행 파일을 사용하므로 32비트 호환 라이브러리가 필요하지 않습니다.

그러나 Geneious 이전 버전에서는 일부 기능을 사용하려면 Linux 표준 기반 패키지와 함께 32비트 호환 라이브러리를 설치해야 합니다. 이 라이브러리가 설치되지 않은 경우, 실행 파일 또는 바이너리가 누락되었다는 오류가 발생할 수 있습니다.

다음을 통해 설치하실 수 있습니다.

• RedHat, CentOS 및 Red Hat 계열 시스템
  • sudo yum install redhat-lsb-core.i686 redhat-lsb-core
• Ubuntu
  • sudo apt-get install libc6.i386 lsb-release

(2024년 업데이트)

Geneious Prime 내의 웹 링크가 Linux에서 작동하지 않는 경우, 환경 변수인 BROWSER를 사용자의 브라우저 이름으로 설정해야 합니다.

사용하는 브라우저와 쉘의 종류에 따라 설정 방법이 달라지는데, 예를 들어 Mozilla 브라우저와 bash 쉘을 사용하는 경우에는 사용자 홈 디렉토리에 있는 .bashrc 파일에 export BROWSER=mozilla라는 줄을 추가해 주어야 합니다.

반면에 csh 계열 쉘을 사용하는 경우에는 .cshrc 파일에 setenv BROWSER mozilla라는 줄을 추가하면 됩니다.

이렇게 설정하면 Geneious 내에서 웹 링크가 올바르게 작동할 수 있게 됩니다.

(2025년 8월 업데이트)

사용 기관에 따라 Academic / Commercial 로 구분하여 제공드리고 있습니다.

라이선스 유형 간 차이점을 확인하고 싶으시면 라이선스 관련 질문 섹션의 라이선스 유형 간의 차이점을 알고 싶어요 를 참고하실 수 있습니다.

(2025년 8월 업데이트)

견적서 발행 이후 거래 의사가 확인되어 온라인으로 구매하시게 되면 대금 청구를 위하여 세금계산서가 발행됩니다.

(2025년 8월 업데이트)

플랜의 구독이 종료되기 이전에 라이선스를 갱신해 주셔야 합니다.

플랜이 종료되기 전 저희가 확인 메일을 발송해 드리고 있으며, 라이선스 갱신 의사가 있으신 경우, 절차에 따라 안내하여 드립니다.

(2025년 8월 업데이트)

사용을 원하시는 시기에 맞추어 라이선스를 제공해 드리고 있습니다.

라이선스 키는 메일로 발송해 드리고 있으며, 라이선스 키를 받지 못하신 경우 연락 부탁드립니다.

(2025년 8월 업데이트)

30일 무료 체험판(데모)를 이용하실 수 있습니다.

홈페이지 상단 배너를 통해 간단한 인적사항만 입력하면 메일을 통해 데모에 관련된 안내를 받으실 수 있습니다. 결제에 관련된 정보는 필요하지 않습니다. 따라서 데모가 종료되어도 자동으로 결제되거나 하지 않습니다.

주의사항으로는 데모는 개인 PC 당 한 번만 활성화 하실 수 있으며, 이후 다른 계정으로 데모를 이용하시더라도 같은 PC 에서는 사용하실 수 없습니다.

(2025년 8월 업데이트)

https://geneious.co.kr/purchase/list/academic/

위 사이트에 방문하셔서 온라인으로 구매하실 수 있습니다.

(2020년 업데이트)

PO는 구매자가 제품이나 서비스 구매를 위한 제안서 역할을 하도록 작성된 상업적 문서입니다.

PO에는 상품의 유형, 수량, 가격, 청구지 주소 등 세부 정보가 포함될 수 있으며, 발주 확인 및 승인 시 당사자들과의 판매 계약이 성사됩니다. PO 가 존재하는 주문의 경우에 결제가 완료되기 전에 라이선스 제품 발송이 이루어 질 수도 있습니다.

(2025년 8월 업데이트)

구매주문서(PO)는 당사에서 작성 및 보관하며, 따로 제공해 드리지 않고 있습니다.

(2024년 업데이트)

공유 데이터베이스가 적합한 솔루션인지 고민 중이시라면, 서버의 설치나 지속적인 관리가 전혀 필요 없는 대안으로 Geneious Cloud를 고려할 수 있습니다.

Geneious의 공유 데이터베이스는 Microsoft SQL Server, PostgreSQL, Oracle, MySQL을 공식 지원하며, 다른 데이터베이스 시스템도 데이터베이스 드라이버를 제공하면 사용할 수 있습니다.

현재 Geneious에서 테스트를 마친 SQL 데이터베이스 버전은 다음과 같습니다.

• Microsoft SQL Server 2019 및 2022
• PostgreSQL 15
• Oracle Database 19c
• MySQL 8.0

동시에 많은 사용자가 공유 데이터베이스에 접속할 경우 연결 실패를 방지하려면, 기본 connection pool 값을 사용자당 6개의 연결을 수용할 수 있도록 조정해야 합니다. 대부분의 경우 사용 중인 SQL 데이터베이스의 기본 설정만으로도 충분하지만, 아래와 같은 몇 가지 예외 상황에서는 기본 설정 변경을 권장합니다.

문자 집합 및 인코딩(Character Set / Encoding)

• MS SQL Server는 기본값을 사용하면 됩니다.
• 그 외 데이터베이스는 UTF-8을 사용해 특수 문자가 포함된 문서 인덱싱 문제를 방지해야 합니다.
• MySQL 5.6 및 5.7은 기본 인코딩이 latin1이므로, 이를 CHARACTER SET utf8과 COLLATE utf8_unicode_520_ci로 변경해야 합니다.

MySQL 성능 최적화 권장 설정 (my.cnf에서 변경)

• innodb_buffer_pool_size = 전용 데이터베이스 서버의 경우 물리 메모리 크기의 최대 80%까지 설정 가능
• innodb_flush_log_at_trx_commit = 2
• query_cache_limit = 2M
• query_cache_size = 128M
• max_allowed_packet = 1073741824 (1GB, 대용량 파일 처리 시 오류 방지)

(추가 성능 개선 옵션)

• innodb_log_file_size = 256M

• innodb_log_buffer_size = 16M

  ※ innodb_log_file_size를 변경한 경우, 서버 재시작 전 기존 로그 파일을 삭제해야 합니다.

Microsoft SQL Server 권장 설정

기본 설정만으로도 대체로 충분하지만, Snapshot Isolation 기능 사용을 강력히 권장합니다.

Snapshot Isolation은 여러 사용자가 동시에 공유 데이터베이스를 사용할 때 발생할 수 있는 데드락(Deadlock) 문제를 방지하며, 일부 작업 실패를 줄여줍니다.

특히 동시 접속자가 많을 경우 적극적으로 고려해야 하며, 자세한 내용은 다음과 같이 관련 문서를 참고하면 됩니다. https://learn.microsoft.com/en-us/dotnet/framework/data/adonet/sql/snapshot-isolation-in-sql-server

(2024년 업데이트)

공유 데이터베이스가 적합한 솔루션인지 고민 중이시라면, 서버 설치나 지속적인 관리가 전혀 필요 없는 대안으로 Geneious Cloud를 고려할 수 있습니다.

아래 첨부된 자료에는 PostgreSQL을 사용하여 SQL 직접 연결 방식으로 Geneious 공유 데이터베이스를 설정하는 단계별 가이드가 포함되어 있습니다.

• 데이터베이스 생성
• 데이터베이스 관리자 및 신규 사용자 추가
• 그룹과 역할(Role) 정의

Geneious 공유 데이터베이스는 PostgreSQL 버전 9~15에서 테스트가 완료되었습니다.

첨부문서: Example_-_shared_DB.pdf

(2024년 업데이트)

최적화된 성능을 원하시면, 공유 데이터베이스를 로컬 서버에 호스팅하는 것을 권장합니다. 다만, 클라우드 환경에 설치가 필요한 경우, 이 문서에서는 Amazon RDS(PostgreSQL 기반)를 활용하는 간단한 설정 가이드를 제공합니다.

장단점

장점

• 서버 하드웨어나 운영체제를 직접 유지보수할 필요가 없습니다.
• 보안 및 백업 설정이 비교적 간단합니다.
• 필요에 따라 컴퓨팅 자원을 자유롭게 확장 또는 축소가 가능합니다.

단점

• 네트워크 지연(latency)으로 인해 성능이 저하될 수 있으며, 특히 대용량 파일이나 폴더 작업 시 문제가 될 가능성이 있습니다.
• On-premise 서버보다 일반적으로 비용이 더 높습니다.

요구 사항

• 본인의 Amazon AWS 계정
• 로컬 SQL 클라이언트(psql 또는 SQL Workbench 등). 이 문서에서는 psql 을 전제로 설명합니다.

보안 고려 사항

• AWS 내에서 RDS 인스턴스 전용 보안 그룹(Security Group)을 구성하는 것이 좋습니다. 최소한, 로컬 IP 주소가 RDS 데이터베이스의 5432번 포트에 접근 가능해야 합니다.

RDS 데이터베이스 생성

• AWS 문서에서 제공하는 첫 두 단계의 지침을 따라 데이터베이스를 생성합니다. 다음을 참고하실 수 있습니다.

1. 공개(public) 인스턴스와 새 보안 그룹을 생성하라는 지침이 있을 수 있는데, 이는 상황에 따라 적합할 수 있으나, 앞서 언급한 보안 고려 사항을 반드시 확인해야 합니다.
2. Free tier 구성을 사용하라는 안내가 있을 수 있는데, 이는 CPU 1개, RAM 1GB 서버를 제공합니다. 최소한 CPU 2개, RAM 4GB 이상을 권장합니다.
3. Availability Zone을 기본값으로 두는 것을 권장하고 있으나, 공개 서버에는 적합하지만, VPC를 사용하는 비공개 서버에는 그렇지 않을 수 있습니다. EC2 인스턴스를 함께 사용하며 VPC 내부에서만 운영하려면 EC2 인스턴스와 동일한 가용 영역에 생성해야 합니다.
4. 관리자 계정(username, password)은 RDS 데이터베이스용이며, 이후 생성할 Geneious 공유 데이터베이스와는 별개입니다.

• RDS 데이터베이스 생성 후에는 ping 명령과 로그인 테스트로 연결을 확인할 수 있습니다.

  • ping my_database.fsiufs87.rds.amazonaws.com
  • psql -U username -p 5432 -h my_database.fsiufs87.rds.amazonaws.com

  정상적으로 설정되었다면, 지정한 사용자 이름의 비밀번호 입력을 요청받게 됩니다.

빈(empty) 데이터베이스 생성

• RDS에 성공적으로 로그인(psql 또는 SQL Workbench)한 뒤, 빈 Geneious 공유 데이터베이스를 생성합니다.

• 아래 예시는 데이터베이스 이름은 geneious, 관리자 계정은 geneious_admin으로 설정한 경우 입니다.

  • create database "geneious" with owner "username" encoding 'utf8';
  • create user geneious_admin with encrypted password 'my_password';
  • grant all privileges on database geneious to geneious_admin;

  이제 Geneious에서 geneious_admin 사용자로 서버에 로그인할 수 있습니다. Geneious는 데이터베이스가 비어 있음을 감지하고, Geneious 데이터베이스를 생성할지 묻게 됩니다.

서버 관리

데이터베이스에 새로운 사용자를 추가하려면, geneious_admin 생성 절차와 유사하게 데이터베이스 내에서 사용자 계정을 생성해야 하며, 각 사용자에게는 데이터베이스 사용에 필요한 최소 권한(SELECT, INSERT, UPDATE, DELETE)만 부여해야 합니다.

(2024년 업데이트)

Geneious의 백업 기능은 공유 데이터베이스 전체를 그대로 백업하는 용도로는 적합하지 않습니다. 대신, 아래 안내된 방법을 따라 주시는 것이 좋습니다.

만약 데이터베이스 용량을 줄이기 위해 일부 데이터를 보관하고 싶으시다면, 가장 간단한 방법은 Geneious에서 필요한 폴더나 문서를 .geneious 형식으로 내보내기(export) 하여 안전한 위치에 저장하는 것입니다. 복원할 때는 해당 .geneious 파일을 Geneious 데이터베이스로 드래그 앤 드롭하시면 됩니다.

직접 SQL 연결 방식의 공유 데이터베이스를 사용 중이라면, 사용하는 SQL 데이터베이스의 표준 백업 절차(예: PostgreSQL의 pg_dump)를 이용해 정기적으로 백업하실 것을 권장드립니다. 이 과정 동안에도 데이터베이스는 계속 작동하며, 다른 사용자들은 Geneious를 통해 정상적으로 데이터에 접근할 수 있습니다.

Geneious 서버 데이터베이스를 백업하실 경우에는 SQL 데이터베이스와 서버 파일 시스템의 서버 데이터 두 가지를 모두 백업해 주셔야 합니다.

• SQL 데이터베이스는 표준 백업 절차를 이용해 백업하며, 기본 데이터베이스 이름은 "geneiousserver"입니다. 다만 실제 이름은 /home/HOSTNAME/.geneiousServerConfig/ 경로에 있는 database.properties 파일에서 확인하실 수 있습니다.
• 서버 데이터는 /home/HOSTNAME/.geneiousServerX.Ydata 디렉토리를 백업해야 하며, 여기서 "HOSTNAME"은 서버의 실제 호스트 이름이고 "X.Y"는 Geneious Server의 주·부 버전 번호입니다. 예를 들어 11.1.5 버전을 사용 중이라면 "11.1"이 됩니다. 이 디렉토리에는 SQL 데이터베이스에 전부 저장하기에는 너무 큰 문서들의 실제 내용이 보관되어 있습니다.

(2024년 업데이트)

Microsoft SQL Server를 사용하는 공유 데이터베이스라면 Windows 인증(Windows Authentication)을 이용해 로그인하실 수 있습니다. Geneious Prime 2019.2.1 버전부터는 추가 드라이버 설치 없이 바로 Windows 인증을 사용할 수 있습니다.

이 기능을 사용하시려면, 데이터베이스 유형에서 Microsoft SQL Server를 선택하시고 Use Windows authentication(Windows 인증 사용) 옵션을 체크하시면 됩니다.

만약 Geneious Prime 2019.1.3 버전 이하에서 Windows 인증을 사용하시려면, Microsoft JDBC 드라이버를 설치하고 공유 데이터베이스 연결 설정에서 커스텀 연결 URL을 지정해 주셔야 합니다. 아래 방법을 참고하실 수 있습니다.

1. Microsoft 다운로드 센터에서 드라이버 패키지를 내려받아, 컴퓨터의 원하는 위치에 압축을 풀어주세요.
2. 본인 Geneious 버전에 맞는 sqljdbc_auth.dll 파일을 찾아야 합니다. 이 파일은 압축을 푼 폴더의 \auth\[arch] 경로에 있으며, [arch]는 32비트 Geneious를 쓰신다면 x86, 64비트라면 x64입니다. 이 dll 파일을 다음 위치 중 한 곳에 복사해 주세요.
   • C:\Windows\system32
   • Geneious 설치 디렉토리 (단, Geneious를 재설치하면 다시 복사해야 합니다)
3. 연결 옵션을 설정 이미지 예시와 동일하게 변경해 주세요. 예시에서 [yourservername]과 [yourdatabasename] 부분은 실제 사용 중인 서버 호스트 이름과 데이터베이스 이름으로 바꾸셔야 합니다. 또한 Driver .jar 파일 경로는 다운로드한 패키지에 포함된 sqljdbc4.jar 파일을 지정해 주셔야 합니다
   

(2024년 업데이트)

Geneious Prime 2021 버전부터는, 같은 공유 데이터베이스(Shared Database)에 접근할 수 있는 사용자와 문서 링크를 간편하게 공유할 수 있도록, 해당 문서의 URN 웹 링크를 바로 복사하는 기능이 추가되었습니다.

공유 데이터베이스에서 링크를 만들고 싶은 문서를 마우스 오른쪽 클릭한 뒤 “Copy link to Document”를 선택하세요. 이 작업은 문서를 하나만 선택했을 때 뿐 아니라, 여러 개를 동시에 선택했을 때도 가능합니다.

이렇게 복사한 링크는 웹 브라우저, 메신저, 전자연구노트(ELN) 등 다른 프로그램에 붙여넣어 공유할 수 있습니다. 다른 프로그램에서 이 링크를 클릭하거나 열면, Geneious Prime이 자동으로 실행되면서 해당 문서들이 선택된 상태로 열립니다.

또한, 이 링크를 Geneious Prime의 검색창에 붙여넣으면 해당 문서를 바로 찾을 수도 있습니다.

동일한 공유 데이터에 접근 권한을 가진 사용자는 누구나 해당 문서 링크를 사용하실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

이 오류는 최근 버전의 mysql-connector JDBC 드라이버(8.0 이상, Geneious Prime 2020.2 이후 버전에 포함)에서 발생할 수 있습니다.

이 버전부터는 지역/도시(Region/City) 형식으로 지정된 타임존(time zone)을 CEST, PDT 등과 같은 타임존 ID로 자동 매핑하지 않기 때문에 문제가 생깁니다.

두 가지의 해결 방법이 있습니다.

Geneious 연결 설정에서 직접 타임존 지정하기

1. "Specify a custom connection URL" 체크박스를 선택합니다.
2. 연결 URL에 다음 형식을 입력합니다.
   • jdbc:mysql://HOSTNAME:PORT/DBNAME?serverTimezone=Region/City
   • HOSTNAME, PORT, DBNAME은 원래 사용하던 호스트, 포트, 데이터베이스 이름으로 바꿔 적습니다.
   • Region/City는 TZ 데이터베이스의 값을 사용해야 하며, 예시는 아래 표를 참고하세요
3. 이 방식은 데이터베이스에 연결하는 모든 Geneious 설치본에서 각각 설정해야 합니다.

MySQL 서버에서 타임존 설정 변경하기 (root 권한 필요)

1. root 권한으로 다음 명령어를 실행하여 타임존 정보를 MySQL에 로드합니다.
   • mysql_tz_info_to_sql /usr/share/zoneinfo | mysql -u root mysql
2. MySQL 셸에 접속합니다.
   • mysql -u root
3. 타임존을 변경합니다.
   • SET GLOBAL time_zone = 'Region/City';
4. 변경된 타임존을 확인합니다.
   • SELECT @@global.time_zone;
5. MySQL 셸을 종료합니다.

이 방식은 서버 측에서 타임존이 설정되기 때문에, 각 사용자가 Geneious 연결 설정에서 커스텀 URL을 따로 지정할 필요가 없습니다.

Region/City 타임존

타임존의 전체 리스트는 다음 링크를 참고하실 수 있습니다.

https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_tz_database_time_zones

(2024년 업데이트)

플로팅 라이선스(Floating license)는 Geneious 프로그램 안에서 직접 활성화하는 것이 아니라, 반드시 Geneious Floating License Manager(FLM)에서 활성화해야 합니다. FLM은 FLEXnet 기반의 라이선스 서버이며, 모든 Geneious 클라이언트 컴퓨터가 접속할 수 있는 고정 IP 주소를 가진 서버에 설치되어야 합니다. 설치 과정 중에는 라이선스를 활성화하라는 안내가 표시됩니다.

FLM 설치가 완료되면, Geneious를 사용할 각 컴퓨터에 Geneious를 다운로드하여 설치해야 합니다. 다만, 아래 제공되는 FLM 버전은 Geneious Prime 2019.2.3 이상에서만 호환됩니다.

이전 버전의 Geneious에서 사용하는 영구 플로팅 라이선스(perpetual floating license)를 가지고 계신 경우, 지원팀에 문의하셔서 해당 버전에 맞는 FLM 설치 파일을 받으셔야 합니다.

Geneious를 FLM에 연결하려면, Geneious를 실행한 뒤 Help → Activate License 메뉴로 들어갑니다. 여기서 “License server”를 체크한 후, FLM이 설치된 서버의 주소와 포트(기본값 27001)를 입력하면 됩니다. 또한 클라이언트 컴퓨터에서 FLM에 정상적으로 접속하려면 27001번 포트와 49630번 포트가 모두 열려 있어야 합니다.

Floating License Manager 설치 프로그램

• Windows (64-bit)
• Linux (64-bit)
• macOS - 아래를 참고해주세요

Floating License Manger 매뉴얼

• 매뉴얼

Geneious Floating License Manager는 macOS에서는 지원되지 않습니다. 만약 Windows나 Linux 기기에 설치할 수 없다면, Ubuntu가 설치된 가상 인스턴스(VirtualBox 등)를 사용하는 것을 권장합니다.

• 참고: Windows용 설치 파일은 서명되지 않았기 때문에, 설치 시 Windows Defender에서 경고 메시지가 표시될 수 있습니다. 이 경우 “More info(자세히 보기)” 버튼을 클릭해 경고를 무시하면 설치를 진행할 수 있습니다.

만약 라이선스 키를 텍스트 파일 형태로 받으셨다면, FLM은 필요하지 않습니다. 이 경우 Geneious에서 “License key” 옵션을 통해 직접 라이선스를 활성화하시면 됩니다.

(2024년 업데이트)

Floating License Manager (FLM) 를 새로운 컴퓨터 등으로 이전을 원하시면 다음을 따를 수 있습니다.

1. 기존 서버와 새 서버 모두 인터넷에 연결되어 있어야 합니다. FLM의 라이선스를 해제하고 활성화 하려면 서버 컴퓨터가 표준 HTTPS 포트를 통해 https://licensing.biomatters.com 라이선스 서버에 연결할 수 있어야 합니다.
2. 기존 서버에서 FLM 이 설치된 위치로 이동합니다. Windows를 예를 들면 보통 C:\Program Files\Geneious Floating License Manager 과 같은 폴더에 설치되어 있습니다.
3. 기존 서버에서 FLM 소프트웨어에 포함된 제거 프로그램 또는 스크립트를 실행하여 FLM 을 제거합니다. 이 과정에서 Geneious 라이선스 서버와 연결되어 현재 활성화된 플로팅 라이선스가 해제됩니다.
4. 새로운 서버에서 “Geneious Floating License Manager 다운로드 링크 및 설치 방법” 문서에 제공된 링크를 참고하여 운영체제에 맞는 FLM 설치 프로그램을 다운로드 합니다.
5. 기존 서버에서 라이선스가 해제된 후, 보유하고 있는 플로팅 라이선스 정보를 사용하여 새로운 서버에 FLM 을 설치 및 활성화 하실 수 있습니다.

• 참고: FLM을 새로운 IP 주소나 호스트 이름을 가진 컴퓨터로 이전한다면, 모든 Geneious Prime 사용자들은 다음 작업이 필요합니다.

• Geneious Prime 메뉴에서 Help → Activate license
• “floating license server” 항목에 새로운 IP 주소 또는 호스트 이름 업데이트

또는 관리자가 각 사용자의 컴퓨터에 있는 geneious.properties 파일에서 직접 FLM의 IP주소/호스트 이름을 수정할 수도 있습니다. 이 방법에 대한 자세한 내용은 Geneious Prime 매뉴얼의 Advanced Administration 을 참고하실 수 있습니다.

(2024년 업데이트)

Geneious Floating License Manager(FLM)을 사용하시는 중에 플로팅 라이선스를 업그레이드하여 새로운 라이선스 키를 받으셨다면, 아래 절차에 따라 새로운 라이선스를 활성화하실 수 있습니다.

이 작업을 수행하기 전에는 모든 Geneious 사용자들이 프로그램을 종료하는 것이 좋습니다. 다만 일부 사용자가 FLM에 연결되어 있는 상태에서도 작업을 진행할 수 있으며, FLM이 재시작된 이후 Geneious는 자동으로 새로운 seat 정보를 인식하게 됩니다.

만약 FLM 재시작이 지연될 경우, Geneious 클라이언트는 일시적으로 제한 모드로 전환될 수 있으나, 이 경우에도 진행 중이던 작업은 완료되고 저장됩니다.

운영 체제에 따른 지침은 하기 하여 드리는 Geneious Floating License Manger 유저 가이드 문서를 참고하실 수 있습니다.

이 작업은 관리자 권한이 필요합니다. Windows에서는 명령 프롬프트를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하여 “관리자 권한으로 실행”을 선택해야 하며, Linux에서는 일부 명령어 앞에 sudo를 붙이고 요청 시 관리자 비밀번호를 입력해야 합니다.

또한 인터넷 연결이 필요하며, FLM이 기존 라이선스를 해제하고 새 라이선스를 등록할 수 있도록 https://licensing.biomatters.com 서버에 포트 443을 통해 접근할 수 있어야 합니다.

1. Geneious FLM 설치 디렉토리로 이동합니다.
   • Windows: cd "C:\Program Files\Geneious Floating License Manager"
   • Linux: cd /opt/GeneiousFloatingLicenseManager
2. 기존 라이선스를 해제합니다.
   • Windows: floatingLicenseManager -release
   • Linux: sudo ./floatingLicenseManager -release
3. 새로운 라이선스 키 활성화
   • Windows: floatingLicenseManager -activate -activationID XXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXX
   • Linux: sudo ./floatingLicenseManager -activate -activationID XXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXX
4. FLM 프로세스 재시작
   • Windows:
     • sc stop geneiouslm
     • sc start geneiouslm
   • Linux
     • sudo service geneiouslm stop
     • sudo service geneiouslm start

(2024년 업데이트)

Floating License Manger (FLM) 에 연결하지 못하는 가장 큰 원인은 방화벽에서 필요한 두 포트(27001 또는 49630) 가 열려 있지 않거나, 사용자가 라이선스 활성화 창에 잘못된 hostname과 포트 정보를 입력했기 때문입니다.

사용자는 FLM을 설정한 담당자에게 해당 정보가 올바른지 확인하여야 하며, 동시에 라이선스 서버가 실제로 실행 중인지도 점검 요청하여야 합니다.

또 다른 일반적인 원인은, 기관 또는 조직 내 프록시 설정이 모든 네트워크 트래픽을 외부로 우회시키기 때문에 Geneious 프로그램이 로컬 컴퓨터에서 실행 중인 라이선스 서버를 인식하지 못하는 경우가 있습니다.

(2024년 업데이트)

Wrapper Plugin Creator를 사용하여 CLI 기반 프로그램을 플러그인 wrapper 시스템에 통합할 수 있으며 다음이 요구됩니다.

• Geneious Prime에서 내보낼 수 있는 형식의 input 시퀀스 파일을 디스크에서 읽을 수 있어야 합니다.
• Geneious Prime에서 가져올 수 있는 형식으로 디스크에 출력 파일을 생성해야 합니다.
  • 작은 보고서 형태의 단순 텍스트 파일도 Geneious에서 불러올 수 있습니다.
  • 프로그램 자체에서 파일 저장 옵션을 제공하지 않는 경우, 표준 출력(Standard Output)을 디스크 파일로 리디렉션하여 사용할 수 있습니다.
• 단일 명령으로 실행 가능한 프로그램이어야 하며, 실행 전에 인덱싱 등 여러 명령어를 순차적으로 실행해야 하는 프로그램은 지원되지 않습니다.
• 실행 중 사용자 상호작용이 없어야 하며, command line 입력이나 GUI 상의 프롬프트를 요구하는 프로그램은 지원되지 않습니다.

추가적으로 다음 사항이 고려됩니다.

• 플러그인을 다른 사용자에게 프로그램과 함께 배포하려면, 해당 프로그램은 완전한 이식성(portability)을 갖추어 다른 사용자 환경에서도 추가 설정 없이 바로 사용할 수 있는 상태이어야 합니다.
• Wrapper 플러그인 시스템은 Geneious에서 새 문서 생성만 지원하며, 기존 문서의 편집 또는 주석 추가는 지원하지 않습니다.
• 보다 복잡한 통합이 필요한 경우 Plugin Development Kit을 사용해야 합니다.

(2025년 4월 업데이트)

Geneious Enterprise에서는 REST API를 통해 Geneious로 데이터를 직접 업로드할 수 있습니다. 이 기능에 관심이 있으신 경우, 당사에 문의하여 상담하시기 바랍니다.

Geneious Prime의 로컬 및 공유 데이터베이스(shared database) 솔루션은 현재 직접 데이터에 접근하기 위한 API(REST 등)를 제공하지 않습니다. 그러나, 간접적으로 연동할 수 있는 몇 가지 방법은 있으며, 이에 대한 내용은 “ELN(전자연구노트) 또는 bioregistry 와 연동하기 위한 최적의 방법을 알고 싶어요” 문서에서 확인할 수 있습니다.

Geneious Prime 공유 데이터베이스는 관계형 데이터베이스(Relational Database)를 기반으로 하지만, SQL을 통한 직접 접근은 지원하지 않습니다.

데이터베이스 스키마가 문서화되어 있지 않고, 예고 없이 변경될 수 있으므로 직접 접근은 강력히 비추천합니다.

.geneious 파일 형식은 문서화되어 있지 않으며 언제든 변경될 수 있으므로, 다른 프로그램에서 이를 직접 파싱하는 방식 역시 권장하지 않습니다.

(2021년 업데이트)

Geneious Prime은 ELN, 레지스트리, LIMS 또는 인벤토리 시스템과 여러 방식으로 통합할 수 있습니다. 아래는 가장 단순하고 쉽게 구현 가능한 방법부터 가장 고급 통합 방식까지 단계별로 정리한 옵션입니다.

또한 시스템 통합은 꽤 많은 노력이 필요한 작업이므로, 사전에 저희에게 문의해 주시면 사용자의 요구를 검토한 후 최적의 통합 방식을 함께 결정하는 데 도움을 드릴 수 있습니다.

* Geneious Prime은 현재 REST API와 같은 웹 API를 통한 데이터 접근을 지원하지 않습니다. 해당 기능이 필요한 경우, 문의해 주시면 더 적합한 솔루션을 논의해 드립니다.

URN 링크

• Geneious Prime의 Shared Database를 사용 중이라면, 플러그인 개발 없이 통합할 수 있는 가장 간단한 방법은 URN(Unique Resource Name) 을 사용하는 것입니다.
• Shared Database의 각 문서는 고유한 URN을 가지며, 이 URN을 다른 시스템(ELN, LIMS, 바이오레지스트리 등 등)에 저장하여 Geneious에 있는 시퀀스 데이터를 참조할 수 있습니다.
• LIMS에 URN을 저장하면, 웹 브라우저에서 해당 URN을 클릭해 Geneious Prime에서 바로 데이터를 열 수 있는 하이퍼링크를 생성할 수 있습니다.

Submission Operation

• 플러그인 개발 키트(Plugin Development Kit, PDK)를 사용해 직접 플러그인을 작성할 수 있다면, 우선적으로 시퀀스를 선택해 LIMS로 전송하는 메뉴 또는 툴바 버튼을 추가하는 것을 권장합니다. 이때 LIMS로 전체 시퀀스 데이터를 보낼 수도 있고, URN만 저장한 뒤 시퀀스는 Geneious 내에 유지할 수도 있습니다.
• 이 방식은 구현 난이도가 낮고, 시스템 통합을 시범적으로 테스트하기에 적합합니다.
• PDK 내 “BackTranslationPlugin” 예제를 시작으로, GitHub에서 제공하는 https://github.com/Biomatters/geneious-example-lims-connector 도 참고하실 수 있습니다.

Database Service (검색용)

• Geneious Prime에서 LIMS 데이터를 직접 검색하고 불러오고 싶다면, Database Service를 구현하는 방법을 권장합니다.
• 이를 통해 사용자들이 Geneious 내에서 LIMS 데이터를 NCBI 데이터베이스를 검색하듯 브라우징할 수 있으며, 원하는 시퀀스를 드래그 앤 드롭으로 로컬 또는 공유 데이터베이스에 불러와 작업한 뒤, 위의 Submission Operation 기능으로 다시 LIMS에 업로드할 수 있습니다.
• Development Kit 의 “ExampleGeneiousService” 예제 플러그인을 참고하실 수 있습니다.

Shared Database Listener

• 또 다른 방법으로 Geneious Prime에서 지정된 폴더를 모니터링하는 플러그인을 개발하는 방법이 있습니다.
• 사용자가 해당 폴더에 문서를 추가하면, 해당 데이터를 자동으로 LIMS와 동기화할 수 있습니다. 반대로 LIMS에서 변경된 데이터도 Geneious의 해당 폴더와 자동으로 동기화할 수 있습니다.
• Development Kit에 포함된 LimsListenerPlugin.java 예제를 통해 간단한 구현 방법을 참고하실 수 있습니다.
• 이 방식은 가장 나은 수준의 사용자 경험을 제공하지만 동기화 하는 과정에 있어서 크래시 또는 상태를 관리하는 데 더 세심한 처리를 요구합니다. 사용자가 LIMS 데이터를 실수로 수정할 가능성도 있다는 점에 유의하셔야 합니다.

Writable Database Service (고급 사항)

• 상기의 방법들로는 충분하지 않고 완전한 통합 환경이 필요하시다면, Geneious의 로컬 또는 공유 데이터베이스처럼 작동하지만 실제로는 LIMS를 백엔드로 사용하는 Writable Database Service를 구현하실 수도 있습니다.
• 이 방식은 구현 난도가 매우 높고, 공식 예제도 제공되지 않으며, 유지보수 부담이 크기 때문에 권장하지 않습니다.