제품특징
Geneious Prime 프로그램으로 당신에게 필요한 모든 생물 정보 도구들을 다룰 수 있습니다.
Powerful, Intuitive Sequence Analysis
Sanger Sequencing Analysis
직관적인 서열 어셈블리와 손쉬운 컨티그 편집으로 매핑 정확도를 높이고 분석 시간을 단축할 수 있습니다.
정밀한 SNP 탐지 및 변이 분석 기능을 통해 서열 불일치 구간을 신속하게 확인하고, 결과 해석의 신뢰도를 높여보세요.
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Next Generation Sequencing Analysis
유전체 주석과 어셈블리 결과를 시퀀스 뷰어로 직관적으로 확인하고 자유롭게 커스터마이징 하세요.
SNP 변이 분석, RNA-seq을 통한 발현 분석, amplicon 기반의 metagenomics 분석까지 다양한 분석을 하나의 플랫폼에서 빠르고 효율적으로 수행할 수 있습니다.
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NGS Pre-Processing, Assembly and Mapping
정교한 전처리 도구를 통해 신뢰도 높은 시퀀스 데이터를 확보하고 정확한 후속 분석을 진행하세요.
Short-read 부터 Long-read 까지 폭 넓게 지원하는 전용 mapping 알고리즘 및 de novo assembly 기능으로 유연하고 정확하게 데이터를 분석할 수 있습니다.
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Alignment
MAFFT, Clustal Omega 등 검증된 알고리즘을 기반으로 DNA와 단백질 서열의 정렬을 손쉽게 수행할 수 있습니다.
정렬의 정확도를 높이고, 유의미한 생물학적 인사이트 도출을 위한 분석 기반을 마련하세요.
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Phylogenetics
RAxML, PAUP* 와 같은 검증된 알고리즘을 활용하여 계통수를 구축하고 다양한 시각화 옵션을 통해 결과를 다채롭게 해석할 수 있습니다.
복잡한 진화적 관계도 직관적으로 분석하고 시각화하세요.
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Faster, More Accurate Molecular Biology
Cloning
가장 보편적인 Restriction cloning 부터 Golden Gate, Gateway, Gibson, Parts Cloning 등 정교함을 요구하는 다양한 방식의 클로닝 실험을 간편하게 시뮬레이션 하세요.
자동화된 서열 정렬 기반 시각화 도구를 사용하여 플라스미드 검증 또한 정확하고 빠르게 수행할 수 있습니다.
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Primer Design
PCR 과 시퀀싱을 위한 프라이머를 직접 설계하고 테스트하며, 나만의 프라이머 데이터베이스를 구축해보세요.
비특이적인 binding site 까지 검출되어 정확한 위치에 결합할 수 있는 정교한 프라이머를 설계할 수 있습니다.
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CRISPR
정확한 target site를 찾고, guide RNA 와 유전자 편집 결과를 강력한 CRISPR 도구를 통해 번거로운 작업까지 쉽게 수행하실 수 있습니다.
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Annotate and Predict
공개 및 로컬 데이터베이스 기반으로 새로운 유전체에 대해 주석을 부여할 수 있고, 유사도와 정렬 결과 기반으로 기존의 주석 데이터를 손쉽게 새로운 유전체에 이관할 수 있습니다.
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Microsatellite Analysis
자동화된 ladder fitting 과 peak calling 을 통해 microsatellite 시퀀스의 유전자형을 빠르고 정확하게 분석할 수 있습니다. 대립유전자(allele) 테이블을 자동으로 생성하고 내보내 보세요.
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The Backbone of Your Scientific Research
Geneious Cloud
Geneious Cloud 에서 안전하면서도 효율적으로 작업을 수행하세요.
모든 데이터, 주석, 분석 과정을 보안이 강화된 환경에서 동료들과 안전하게 공유할 수 있습니다.
Cloud Workspace에 데이터를 추가하여 언제 어디서든 손쉽게 협업을 시작하세요.
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Convert File Formats
GenBank, SnapGene, Excel, FASTQ 등 다양한 포맷을 드래그 앤 드롭만으로 쉽게 가져오고 내보낼 수 있으며, 복잡한 포맷의 변환을 요구하지 않고 효율적인 데이터 처리 및 분석 준비가 가능합니다.
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NCBI and BLAST
NCBI 데이터베이스에 직접 BLAST를 수행하거나, 사용자 정의 데이터베이스를 구축하고 로컬에서 BLAST 분석을 수행할 수 있습니다.
분석된 시퀀스를 GenBank에 바로 제출할 수 있어 간편한 연구 결과 공유 환경을 제공합니다.
또한, 외부 데이터베이스와 자동 연동 기능을 통해 최신 유전체, 염기서열, 단백질 구조에 대한 정보를 실시간으로 확인할 수 있습니다.
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Automated Workflows
워크플로우를 자동화하여 반복된 작업의 지루함을 해소하고 분석 효율을 높여보세요.
맞춤형 워크플로우를 직접 설계하거나, 기본 제공되는 자동화된 워크플로우를 활용해 작업 속도를 높이고 휴먼에러를 최소화할 수 있습니다.
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Command Line Interface
Geneious Prime의 주요 기능을 로컬 및 고성능 서버 내 CLI 환경에서 실행함으로써, 간편한 데이터 동기화와 대규모 분석 작업을 효율적으로 수행하세요.
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Customization & Plugins
어셈블리, 정렬, 계통분석을 포함하여 다양한 분석을 지원하는 전용 플러그인으로 기능을 쉽게 확장시켜 나갈 수 있습니다.
또한, 높은 호환성을 갖춘 API를 통해 기존 시스템과 연동하거나 사용자 정의 알고리즘을 직접 적용할 수 있어 맞춤형 분석 환경 구축이 가능해 집니다.
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Geneious Prime Has You Covered
Geneious Prime이 응용될 수 있는 분자생물학적 연구 및 서열 분석에 대한 목록을 확인하세요.
Mapping and de novo Assembly
- 매핑과 어셈블리를 위한 업계 최고의 알고리즘들을 간단히 사용 가능
- Illumina, PacBio 및 Oxford Nanopore를 포함한 모든 길이의 Sanger 및 NGS 데이터 어셈블리 지원
- 최적의 알고리즘 선택 보조
- 미생물 유전체, 플라스미드 등 원형 시퀀스를 어셈블리하여 원형 컨티그 생성 가능
- MAUVE 정렬을 통한 유전체 비교와 Genome finishing
- Geneious, Geneious for RNA-seq, BBMap, Minimap2, Bowtie2 및 STAR를 포함한 mapper
- Geneious, SPAdes, Flye, MIRA, Tadpole, Velvet을 포함한 새로운 어셈블리 알고리즘
Molecular Cloning
- 플라스미드 지도 시각화, 벡터 자동 주석 부여, 주석이 달린 시퀀스 복사 · 붙여넣기
- One-step GoldenGate (Type IIS) 및 제한효소 기반 클로닝
- Gibson, GeneArt 및 In-Fusion 을 포함한 상동성(homology) 기반 클로닝
- TOPO 클로닝
- 다중 부위 클로닝
- 클로닝 시뮬레이션 및 결과 검증(validation)
- 코돈 최적화 및 역번역(reverse translation)
- 침묵 돌연변이 분석을 통한 유전자 도입을 위한 잠재적인 제한효소 부위 탐색
- CRISPR gRNA 설계
- PCR, 절단, 라이게이션 시뮬레이션
Sequence Analysis
- Sanger 시퀀스 트리밍, 어셈블리 및 시각화
- 염기서열 보정 및 컨센서스 서열 생성
- 모티프(motif) · ORF · 반복 서열 주석
- 유전자 및 구조 예측
- 데이터베이스 유사성 검색 기반 주석
- 선택 영역 번역 · ORF 또는 프레임 단위 번역 시각화
- 등전점(pI) · 분자량 · 녹는점 · 아미노산 등 서열 특성에 대한 통계 및 그래프
Primer Design
- 전체 서열 또는 특정 영역에 대해 PCR · 시퀀싱 프라이머 및 혼성화(hybridization) 프로브 설계
- 시퀀스 뷰어에서 프라이머를 직접 추가
- 일반 및 퇴화성(degenerate) 프라이머 설계
- 프라이머 서열 확장 및 제거
- 프라이머 결합 특이성 검사
- 헤어핀(hairpin) · 다이머(dimer) 형성 여부 및 물리적 특성 검사
- 드래그 앤 드롭으로 FASTA, 스프레드시트, GenBank 형식 프라이머 데이터 불러오기
NGS Pre-Processing
- Illumina · PacBio · Oxford Nanopore 리드 불러오기
- 단일 및 페어드엔드(Single / Paired-End) 데이터 트리밍 · 필터링 · demultiplexing
- Paired read 병합
- 중복 제거
- 오류 보정 및 정규화
- 키메라(chimera) 서열 제거
Data Management and Collaboration
- Geneious Cloud Workspace 를 통한 보안 협업 및 백업
- 드래그 앤 드롭으로 엑셀을 포함한 다양한 파일 및 폴더 가져오기
- 스프레드시트 기반 메타데이터(metadata) 적용
- Smart NGS import 기능을 통한 SAM · BAM · GFF · BED · VCF 파일 불러오기
- 폴더 기반 직관적 프로젝트 구성
- 데이터베이스 내 모든 서열 및 메타데이터 대상의 빠른 검색
- 다양한 포맷의 내보내기
Variant Calling and Expression Analysis
- Geneious 또는 FreeBayes 를 이용한 SNP · 변이 호출
- 테이블 형식 결과에 대한 실시간 필터링과 연동되는 유전체 시각화
- RNA-seq 데이터 기반 발현량 계산 및 비교
- PCA 및 볼케이노 플롯 시각화
Searching and BLAST
- NCBI의 공개 데이터베이스에 대한 BLAST
- 로컬 데이터베이스 기반 사용자 지정 BLAST
- BLAST 결과 기반 자동 주석
- GenBank, UniProt 등 외부 데이터베이스 통합 검색
- GenBank에 서열 업로드
- PubMed 논문 검색
- 로컬 또는 공유 데이터베이스에 대한 고급 검색
Sequence Alignment
- DNA · 단백질 서열 pairwise 및 다중 정렬
- 전체 유전체 정렬
- Geneious Aligner, MUSCLE, MAFFT, Clustal Omega, MAUVE, LastZ 지원
- 실시간 번역 및 강조 기능을 포함한 정렬 시각화 및 편집
Automated Workflows
- 시각적 편집기를 활용한 대량 분석 자동화 워크플로우 생성
- 20개 이상의 다양한 분석에 대한 기본 워크플로우 제공
- 사용자 정의 코드로 기능 확장 가능
Phylogenetics
- Geneious Tree Builder · MrBayes · PAUP* · PhyML · RAxML 등 다양한 도구로 계통수 생성
- 계통수 시각화 · 편집 · 주석 추가 지원
- 상호작용이 가능한 거리 행렬(distance matrix) 뷰어 제공
- 논문 출판을 위한 고해상도 이미지로 내보내기
API & Developers
- Plugin Development Kit를 이용한 기능 확장 및 시스템 연동
- 사용자 정의 알고리즘 · 데이터베이스 · 시각화 도구 추가
- Geneious Prime GUI에서 실행 가능한 커맨드라인 프로그램 wrapping 지원
Microsatellite Analysis
- Raw ABI trace 파일 불러오기
- 피크 트리밍, 예측 및 수동 조정
- 피크를 대립유전자(allele)로 분류
- 대립유전자 결과를 표 형태로 출력